Iskoláit szülőfalujában kezdte, 1662-től Nagybányán, 1666-tól pedig Nagyenyeden folytatta, ahol praeceptori, contrascribai és seniori tisztet is viselt. 1677-ben lektornak ment Fogarasra; innen három év múlva ismereteinek gyarapítása és egy új Biblia nyomásának felügyelete végett külföldre ment. Teológiai tanulmányainak folytatása helyett azonban Amszterdamban kizárólag a könyvnyomtatás mesterségét kezdte tanulni, melyet művészetté fejlesztve sajátított el. 1686-ra az 1645. évi amszterdami kiadású magyar nyelvű Bibliát adta ki saját költségén 3500 példányban, úgy a maga egészében (1684), mint belőle külön a Zsoltárokat és külön az Újszövetséget is közel 4500 példányban. A Blaeu-nyomdában betűmetszéssel és betűöntéssel foglalkozva még három évet töltött Amszterdamban. 1689 őszén visszaindult hazájába. 1690-ben megtelepedett Kolozsváron, ahol 1693-ban nyomdát alapított. Csaknem kezdettől fogva haláláig könyvek kiadásával, valamint azok javításával és bővítésével foglalkozott.
Cosimo de’ Medici az ő műhelyében rendelte meg firenzei új nyomdájának teljes betűkészletét. Antikva latin betűin kívül, amit róla neveztek el, megbízást kapott egyéb betűtípusok metszésére is. Tervezett héber, görög és örmény betűket és elkészítette az első grúz nyomtatott ábécét.
Mint a református egyház nyomdáinak kezelője, sokat fáradozott a latin iskolai tanítási nyelvnek magyarra való fölcserélésén, amivel, és Apologia Bibliorum című művével maga ellen zúdította a református papság és a professzorok nagyobb részét. Mivel a Bibliában helyesírási és egyéb kisebb javításokat végzett, azzal vádolták, hogy annak a szövegét meghamisította. A folytonos vádaskodások 1698-ban Mentség című könyve megírására késztették, azonban még ebben az évben a zsinat elé idézték, mely arra kényszerítette őt, hogy Apologiáját és Mentségét visszavonja.
Kegyességgel, Betsülettel, közönséges Munkával érdemlett igazság koronája (Bethlen Elek halálára írt gyászversek). Mellette külön czímlappal: «Ehez adattatik egy közönséges halotti oratio» (Kolozsvár, 1697)
Apologia Bibliorum Anno 1684. Amstelodami impressorum, út & Orthographiae in iis observatae … (Claudiopoli, 1697)
Maga személyének, életének, és különös tselekedetinek Mentsége. Mellyet Az Irígyek ellen kik a közönséges Jónak eránt meggátolói, irni kénszeríttetett (Kolozsvár, 1698) [1]
Erdélyi féniks. Misztótfalusi Kis Miklós öröksége; tan., jegyz. Jakó Zsigmond, versford. Tóth István; Kriterion, Bukarest, 1974
Tótfalusi Kis Miklós halotti kártája; tan. Tolnai Gábor, Haiman György, latin szöveggond. Kulcsár Péter, ford. Jakó Zsigmond, Tóth István, Weöres Sándor; hasonmás kiad.; Akadémiai, Budapest, 1978
Apologia Bibliorum. Kolozsvár, 1697. Hasonmás és fordítása magyar nyelvre; előszó Makkai László, ford. Fekete Csaba; Református Zsinati Iroda, Budapest, 1985
Tótfalusi Kis Miklós Mentsége; szerk., tan., jegyz. Haiman György, szöveggond. Szelestei N. László, közrem. Jakó Zsigmond; Helikon, Budapest, 1987
Erdélyi féniks. Tótfalúsi Kis Miklós avagy Profes. Pápai P. Ferentznek a 'könyv nyomtatás' mesterségének találásáról, és folytatásáról, a 'Tótfalusi Kis Miklós' emlékezetére irott versei, mellyeket szükséges és emlékezetes dolgokkal bövitvén ki-botsátani kivánt F. Tsernátoni Bod Péter; A Magyar Nyelv és Kultúra Nemzetközi Társasága – Anyanyelvi Konferencia, Budapest, 2002
M. Tótfalusi K. Miklosnak maga személyének, életének, és különös tselekedetinek mentsége; utószó Tolnai Gábor; hasonmás kiad.; Gyomai Kner, Gyomaendrőd, 2002
Szakats mesterségnek könyvetskéje. Mellyben külömbkülömbféle válogatott tzifra, jó, egésséges, hasznos, tiszta és szapora étkeknek megkészítése, sütése és fözése, mintegy élés-kamarában, rövideden leirattatik, és kinek-kinek hasznára leábrázoltatik; hasonmás kiad.; Kossuth, Budapest, 2003 (Amor librorum)
Számvetés a helyesírásról / Ratiocinatio de orthographia; ford. Fekete Csaba, átdolg., előszó, jegyz. C. Vladár Zsuzsa; hasonmás kiad.; ELTE Magyar Nyelvtudományi és Finnugor Intézet–Magyar Nyelvtudományi Társaság, Budapest, 2011 (A Magyar Nyelvtudományi Társaság kiadványai)
A nyomdász-író jelentőségére már kortársai felfigyeltek. Amikor Amszterdamba ment a nyomdászat titkait eltanulni, Bethlen Miklós azzal biztatta: "Csak lopd el Hollandiának mesterségeit és tsináljunk Erdélyből egy kis Hollandiát", s a misztótfalusi jövevényből az idegenben olyan mester lett, akitől a georgiai fejedelem, a toscanai herceg, sőt a Vatikán is betűket rendelt. A maga elé tűzött hivatás, hogy az elmaradt erdélyi magyar parasztság műveltségét emelje, hazahozta Kolozsvárra, ahol nyomdát állított fel. Ha itthon alul is maradt küzdelmeiben, enyedi kollégista társa, Pápai Páriz Ferencversben búcsúztatta halálakor, s ezt Erdélyi Féniks Tótfalusi Kis Miklós... c. alatt Bod Péter 1767-ben ki is adta Nagyenyeden.
Németh László drámája, az Eklézsiamegkövetés (1946) Misztótfalusi tragédiáját dolgozta fel. Válogatás jelent meg műveiből Tordai Zádor bevezetőjével (1954); Jancsó ElemérMisztótfalusi Kis Miklós öröksége címmel írt róla az Utunkban (1954/10); Szabó LajosMentség c. drámában elevenítette fel a közel három évszázados nyomdász-tragédiát (1955), a darab azonban csak jóval később került színre Temesvárt, amikor is a főhőst Sinka Károly, Pápai Páriz Ferencet Fábián Ferenc és Bethlen Miklóst Mester András játszotta (1970).
Az 1970-es évek elején a Papír- és Nyomdaipari Műszaki Egyesület a kiemelkedő teljesítményt nyújtó könyvművészek, tipográfusok, grafikusok számára Tótfalusi Kis Miklós-díjat alapított a tiszteletére.
A Misztótfalusi Kis Miklós emlékezete folytonosságának új szakaszát nyitotta meg az értékes örökséget feltáró Erdélyi féniks (1974) c. kötet Jakó Zsigmond bevezetésével és jegyzeteivel, melyek a híres nyomdász helyét tisztázzák a magyar művelődéstörténetben. A kötet szerkesztőjét előadásra hívta meg a nagybányai magyar szabadegyetem (1978); a szülőfaluban irodalmi múzeum alakult Molnár József református lelkész fáradozásai nyomán. Ennek a gyűjteménynek 1990 óta lelkes adományozója támadt Molnár József nyomdász-író, a müncheni új Látóhatár szerkesztőjének személyében, aki Tótfalusi Kis Miklós firenzei betűinek nyomában c. alatt lapjában szakmailag illusztrált és nemzetközi bibliográfiával ellátott tanulmányban tárta fel neves elődje nyomdaművészeti jelentőségét. Az általa egész Európából összegyűjtött anyag átadására és a régi parókia épületében elhelyezett, megújított múzeum avatására 1991. szeptember 7-én került sor Misztótfaluban. A múzeum falára emléktábla került, s az adományozó felolvasta Misztótfalutól a világhírig c. írását. A müncheni adományt Sütő András köszönte meg, s Bálint Tibor értékelte az örökséget, amely "csiszoltabb anyanyelvhez juttatott, Európához segített közelebb bennünket". A szimpóziumon Jakó Zsigmond és Szíj Rezső könyvtörténész is előadott.
A felújult Misztótfalusi Kis Miklós emlékezete szellemében a Helikon Szöveggyűjtemény rovatában tett közzé anyagot (1991/8), a Korunk pedig magyar fordításban jelentette meg Horst HeiderhoffA betűművész Kis Miklós modern felfedezése c. tanulmányát (1992/6).
Ugyancsak 1991-ben Misztótfalusi Kis Miklós Közművelődési Egyesület alakult Nagybányán, a város és a vidék művelődésének fellendítésére. Az Egyesület, amelynek elnöke Pohl Antal, majd Dávid Lajos, szerepet vállalt az évenkénti koltóiPetőfi-nap, a nagysomkútiSzilágyi Domokos-, a koltói Teleki Sándor-évfordulók megszervezésében, a környék magyar művelődési együtteseinek támogatásában, egy nagybányaiEMKE-könyvtár és EMKE-otthon létrehozásában, egy nagybányai EMKE-füzetek c. könyvsorozat kiadásában.
Ligeti Ernő: Misztótfalusi Kis Miklós (Erdélyi csillagok; Arcok Erdély szellemi múltjából, Erdélyi Szépmíves Céh, Kolozsvár, 1934, Az Erdélyi Szépmíves Céh 10 éves jubileumára kiadott díszkiadás)
Haiman György, Nicholas Kis, a Hungarian punch-cutter and printer, 1983
Haiman György, Ballér Piroska, „Megegyeztetvén a három kollégiumokat...”, Magyar Könyvszemle, 1983
Beke György: Boltívek teherbírása. Barangolások Máramaros és Szatmár megyében. 1983. 31-32.
Haiman György, Nicholas Kis and the designer of Enschedé’s Greek without ligature, Quaerendo, Amszterdam, 1983
Haiman György, Nikolaus Kis und die „Original-Janson-Antiqua”, Philobiblon, Stuttgart, 1985
Tótfalusi Kis Miklós. Az Amszterdami Biblia kiadásának háromszázadik évfordulója alkalmából megtartott konferencia. Debrecen, 1985. április 25-27. Előadások; szerk. Gomba Szabolcsné, Haiman György; KLTE Könyvtár, Debrecen, 1985
Sipos Gábor, Tótfalusi Kis Miklós betűhagyatéka a kolozsvári református nyomdában, Magyar Könyvszemle, 1987
Kovács Sándor Iván, A Tótfalusi-kurziválások és az elveszett „Valedictoria” részletei a „Mentség”-ben, Magyar Könyvszemle, 1987
Molnár József: Tótfalusi Kis Miklós firenzei betűinek nyomában. Új Látóhatár, München 1989/4.
Folyóiratot teremteni. Beszélgetés Molnár Józseffel. Lejegyezte Heim András. Korunk 1990/12.
Winter Péter: 300 év után újra itthon. Jakó Zsigmond: A védőpajzsot köszönöm. Művelődés 1991/9.
Haiman György: Nagy Sándor dolgairól. Haller János Hármas Istóriájának I. könyve, Kis Miklós legszebb kiadványának hasonmásával; Zrínyi Ny., Budapest, 1992
Imerlisvili Vanó: Magyarok Grúziában és grúzok Magyarországon. Művelődés 1992/1.
Hampel Polixénia, A halhatatlan betűk. Tótfalusi Kis Miklós élete, 1998
Molnár József: Misztótfalusi Kis Miklós; bibliográfia összeáll. Zvara Edina; Balassi Kiadó–Európai Protestáns Szabadegyetem, Budapest–Berlin, 2000, ISBN 963-506-329-6
Molnár József Károly: Misztótfalusi Kis Miklós bölcsőhelyének üzenete...; Mentor, Marosvásárhely, 2007
Persovits József: Misztótfalusi Kis Miklós; Optima Téka, Budapest, 2009 (Nyomdász könyvtár)