Betxíben született, Castellón tartományban. Pályafutását a Villarreal utánpótlásában kezdte, majd 1979-ben a másodosztályú Castellón csapatához igazolt. Két évvel később a Valencia szerződtette, ahol 1981 és 1986 között játszott. Az 1985–86-os szezon végén a Valencia kiesett az első osztályból, Fernández pedig távozott és a Barcelonához igazolt. Első idényében 40 mérkőzés alatt 10 alkalommal volt eredményes.[1] A spanyol kupát kétszer, a KEK-serlegét pedig egyszer sikerült megnyernie csapatával. 1990-ben visszatért a Valenciához, ahol öt éven keresztül játszott. Ezt követően 1995 és 1999 között a Villarreal, majd 1999 és 2001 között a Córdoba játékosa volt.