Էստոնիայի հատուկ պահպանվող տարածքները կարգավորվում են «Բնության պահպանության մասին օրենքի» (էստ․՝ Looduskaitseseadus) միջոցով։ Օրենքը անցել է Էստոնիայի խորհրդարանը (էստ․՝ Riigikogu) 2004 թվականի ապրիլի 21-ին և ուժի մեջ մտել՝ 2004 թվականի մայիսի 10-ին[1][2]։
Համաձայն օրենքի՝ հատուկ պահպանվող տարածքները պահպանվում են մարդու գործունեությունից և հատուկ պահանջների համար օգտագործվելուց։ Այստեղ բնական միջավայրը պաշտպանվում է, պահպանվում, վերականգնվում, հետազոտվում և ուսումնասիրվում[1]։ Էստոնիայում տարբերում են հատուկ պահպանվող տարածքների հետևյալ ձևերը՝
Ինչպես սահմանում է օրենքի §10.1 կետը՝ Որևէ տարածք հատուկ պահպանվող տարածք կարող է դառնալ միայն Էստոնիայի Հանրապետության կառավարության որոշմամբ[1]։
Օրենքը սահմանում է նաև պահպանվող տարածքների հետևյալ տեսակները[1].
Էստոնիայի ԽՍՀ-ի տարիներին, գոյություն ունեին միայն 5 հատուկ պահպանվող տարածքներ (արգելավայրեր) (էստ․՝ zapovednik). Վիլսանդի, Վիիդումե, Էնդլա, Նիգուլա և Մացալու։
Ազգային պարկը բնական միջավայրի, լանդշաֆտի, մշակութային ժառանգության պահպանության, պաշտպանության, հետազոտության, ուսումնասիրության և վերարտադրման նպատակ ունեցող հատուկ պահպանվող տարածք է։ Էստոնիայի տարածքում կան հինգ ազգային պարկեր[3]՝
Ազգային պարկը կարող է ընդգրկել բնական պաշարներ, հատուկ և սահմանափակ կառավարվող տարածքներ։