Չեռնոգորիայի գերակա կրոնը ուղղափառ քրիստոնեությունն է։ Գոյություն ունեն մուսուլմանների և կաթոլիկների կրոնական խոշոր համայնքներ։ Մյուս կրոնների ներկայացուցիչների թիվը չի գերազանցում պետության բնակչության 0,1 %-ը։
Կրոնական պատկանելիության վերաբերյալ կետը ներառվել է 2003 թվականի մարդահամարի մեջ։ Համաձայն մարդահամարի արդյունքների, երկրի բնակչությունը ըստ կրոնական ինքնության բաշխվում է հետևյալ կերպ[1]՝
6 003 մարդ (0,97 %) հայտնել է, որ չի պատկանում ոչ մի կրոնական ուսմունքի, իսկ 2 424 մարդ (0,39 %) իրեն համարում էագնոստիկ, 13 867 (2,24 %) հրաժարվել են հարցին պատասխանել։
Մոնտենեգրոյի ուղղափառ քրիստոնյաների ճնշող մեծամասնությունը չեռնոգորցիներ են (52.5%) և սերբեր (42.7%): Երկրի ուղղափառ հավատացյալները պատկանում են և՛ Սերբիայի ուղղափառ եկեղեցուն, և՛ Չեռնոգորիայի ուղղափառ եկեղեցուն (որը չի ճանաչվել մյուս ուղղափառ եկեղեցիների կողմից)։ Սերբական ուղղափառ եկեղեցին կառուցվածքով ներկայացված է Չեռնոգորիայի Ցետին քաղաքում գտնվող Չեռնոգոր-Ենթածովային թեմում, ինչպես նաև Բուդիմլե-Նիկշիչի պատրիարքությունը Բարենում։
Չեռնոգորիայի կաթոլիկները ալբանացիներ են (36,98 %), խորվաթներ (31 %) և չեռնոգորցիներ (22,76 %)։ Նրանք հիմնականում բնակվում են ափի երկայնքով։ Կառուցվածքային առումով կաթոլիկանան եկեղեցին բաժանված է Բարեի արքեպիսկոպոսության և Կոթորի թեմի միջև։ Բարեի արքեպիսկոպոսությունը չի ենթարկվում ոչ մի մետրոպոլիայի և գտնվում է Սուրբ աթոռի ուղիղ ենթակայության տակ։ Կոթորի թեմը ենթարկվում է հարևան Խորվաթիայի Սպլիտ-Մակարսկի մետրոպոյիային։
Իսլամի հետևորդները պատկանում են հետևալ ազգային խմբերին. բոսնիացիներ (43,49 %), սլավոն-մուսուլմաններ (21,91 %), ալբանացիներ (20,75 %) և չեռնոգորցիներ (10,64 %)։ Երկրի մուսուլմանները բնակվում են Պլավ, Ռոժաե և Ուլցին քաղաքներում, որտեղ նրանք կազմում են բնակչության մեծամասնություն։
2011 թվականի սեպտեմբերի 18-ին Չեռնոգորիայի վարչապետը իսրայելցի աշքվենազների գլխավոր ռաբբի Յոնո Մեզգերի հետ զրույցում հայտնել է, որ Չեռոգորիան ճանաչում է հուդայականությունը որպես պետական կրոն՝ «լինի այն նոր օրինագծի շրջանակներում, թե փոփոխություններ կատարվի գործող օենքի մեջ»[2]։