Praktik animisme di Malaysia masih aktif dan dipraktikkan secara terbuka atau tertutup tergantung pada jenis ritual animisme dilakukan. Beberapa bentuk kepercayaan animisme tidak diakui oleh pemerintah sebagai agama untuk keperluan statistik meskipun praktik tersebut tidak dilarang. Mak Yong, Main Teri dan Tari Menora masih banyak unsur agama kuno dan animsme Melayu, terutama Main Teri.
Ada berbagai jenis animisme dipraktikkan di seluruh Malaysia. Shamanisme dipraktikkan terutama oleh orang Melayu di Semenanjung Malaysia oleh orang-orang yang dikenal sebagai bomoh, dinyatakan juga dikenal sebagai dukun atau pawang. Kebanyakan Orang Asli (masyarakat adat) yang animis dan percaya pada roh yang berada di benda-benda tertentu. Namun, beberapa baru-baru ini berpindah ke agama arus utama karena disponsori negara dalam dakwah Islam dan evangelisasi oleh misionaris Kristen.
Di Malaysia Timur, animisme juga dipraktikkan oleh jumlah yang semakin menurun dari berbagai suku kelompok Kalimantan. Seumpama, agama asli Momolianisme oleh orang Kadazandusun di Sabah, yakni kepercayaan bagaikan agama Kaharingan di Indonesia.
Orang Tionghoa-Malaysia umumnya mempraktikkan kepercayaan tradisional Tionghoa yang juga animisme di alam. Kata "bomoh" telah digunakan di seluruh negeri untuk menggambarkan setiap orang dengan pengetahuan atau kekuatan untuk melakukan ritual spiritual tertentu termasuk penyembuhan tradisional dan sebagai pengganti kata "dukun". Secara umum, Malaysia telah memiliki keyakinan takhayul yang mendalam, khususnya di daerah pedesaan.
Secara historis, sebelum kedatangan dan penyebaran Islam pada abad ke-15, dan penyebaran agama Kristen dari abad ke-19, penduduk di negeri ini mungkin beragama Hindu atau penganut animisme. Di Semenanjung itu, Islamisasi secara luas dikatakan telah dimulai pada tahun 1409 setelah Parameswara menjadi Sultan Malaka dan melakukan perpindahan agama ke Islam setelah menikah dengan putri dari Pasai. Sejak itu, kesultanan lain di Semenanjung Melayu telah mengadopsi agama Islam. Juga sejak saat itu, dan berlanjut setelah kemerdekaan Malaysia, Islam memainkan peran sentral dalam masyarakat Malaysia.
Demikian pula di Malaysia Timur, animisme tersebar luas sebelum kedatangan misionaris Kristen dari Eropa. Praktik pengayauan cukup umum dalam masyarakat.[1]