San Agustin adalah munisipalitas yang terletak di provinsi Surigao del Sur, Filipina.
Pada tahun 2010, munisipalitas ini memiliki populasi sebesar 19.547 jiwa dan 3.491 rumah tangga.
Secara administratif San Agustin terbagi menjadi 13 barangay, yaitu:
8°44′N 126°08′E / 8.733°N 126.133°E