San Juan adalah munisipalitas yang terletak di provinsi Siquijor, Filipina.
Pada tahun 2010, munisipalitas ini memiliki populasi sebesar 13.180 jiwa dan 2.971 rumah tangga.
Secara administratif San Juan terbagi menjadi 15 barangay, yaitu:
Pesta perayaan yang selalu dilaksanakan di daerah ini adalah: