San Miguel adalah munisipalitas yang terletak di provinsi Bohol, Filipina.
Pada tahun 2007, munisipalitas ini memiliki populasi sebesar 22.199 jiwa.
San Miguel terbagi menjadi 18 barangay, yaitu:
9°53′26.33″N 124°19′08.30″E / 9.8906472°N 124.3189722°E