Struktur dan genom HIV berbeda dengan jenis retrovirus lainnya. HIV memiliki struktur berbentuk bulat dengan diameter sekitar 100 nm. Genom HIV terdiri dari beberapa jenis enzim dan protein virus yang berperan penting bagi keberlangsungan siklus hidupnya. Struktur dan genom HIV meliputi bagian inti dan bagian selubung.
Secara morfologi, virus imunodefisiensi manusia (HIV) berbentuk bulat.[1] Struktur genomnya berbeda dengan jenis retrovirus lainnya. Tiap unit virus HIV memiliki diameter sekitar 100 nm. Berat molekul tiap unit virus HIV adalah 9,7 kilobasa. Bagian dalam dari HIV terdiri dari bagian inti yang berbentuk kerucut.[2] Bagian inti ini disebut dengan nukleus. HIV juga memiliki bagian selubung.[1]
Di dalam nukleus HIV terdapat RNA rantai tunggal dengan jumlah sepasang. Selain itu terdapat enzim transkriptase balik (p61), endonuklease (p31), dan protease (p51). Bagian nukleus HIV juga mengandung protein terutama yang berjenis p24. Sementara bagian selubung HIV mengandung membran sel dan protein dari sel pejamu. Kedua bagian tersebut membentuk lemak ganda di dalam selubung. Bagian lemak ganda mengandung glikoprotein 41 yang mengikat molekul gp120 di bagian luarnya.[1]
Selubung unit virus HIV memiliki banyak tonjolan yang dibentuk utamanya oleh dua jenis protein. Kedua protein ini adalah glikoprotein gp41 dan glikoprotein gp120. Posisi glikoprotein gp41 berada di bagian luar selubung, sedangkan posisi glikoprotein gp120 di bagian transmembran.[2]
Glikprotein gp41 adalah transmembran glikoprotein yang fungsinya untuk melakukan transmembran virus. Fungsi lain dari glikprotein gp41 untuk membawa HIV memasuki sel pejamu pada manusia. Setelah fungsi ini dilakukan, glikprotein gp41 kemudian berfungsi mempercepat peleburan antara sel pejamu dan membran virus.[3] Glikprotein gp41 berperan penting dalam proses internalisasi HIV ke dalam sel target.[2]
Glikoprotein gp120 terletak di bagian selubung HIV. Bagian-bagiannya tertutupi oleh gula yang membuatnya tidak dapat dikenali oleh antibodi. Glikoprotein gp120 berfungsi untuk mengenali reseptor dari permukaan target sel secara spesifik. Membran glikoprotein gp120 terhubung dengan membran virus secara tidak langsung.[3] Glikoprotein gp120 berperan dalam interaksi awal dengan sel target karena memiliki afinitas tinggi terhadap reseptor CD4.[2]