Stóra-Holt er bær og áður kirkjustaður í Fljótum í Skagafirði. Þar var löngum stórbýli og var Holt ein af stærstu jörðum í Fljótum. Jörðin átti allt land frá Fljótaá til fjalls, milli Brúnastaða og Saurbæjar, þar á meðal allan Holtsdal. Fjallið fyrir ofan bæinn heitir Holtshyrna.
Í Holti var kirkja allt til ársins 1906 en þá fauk þáverandi kirkja í ofviðri og varð úr að byggja hana ekki upp aftur. Holt var aldrei prestssetur eftir siðaskipti, heldur þjónaði presturinn á Barði Stóra-Holtskirkju.