L'abbazia femminile benedettina fu eretta nel 1904 sul modello dell'abbazia di San Gabriele a Praga, quale successione del monastero di Rupertsberg e della chiesa di Santa Ildegarda di Eibingen, fondati dalla santa.
Nel 1941, nel quadro della soppressione nazista dei conventi, le monache dell'abbazia furono cacciate dalla Gestapo e vi poterono tornare solo nel 1945, dopo la fine della seconda guerra mondiale.
Nel 1988 l'antico monastero di Marienrode presso Hildesheim fu sottoposto all'abbazia e ripopolato da monache da questa provenienti. Esso rimase una dipendenza dell'abbazia fino al 1998, quando divenne un priorato indipendente.
L'abbazia trae il suo sostentamento dalle vigne di sua proprietà, dal negozio proprio, dal suo laboratorio artistico e dalla sua foresteria.
Anche i pellegrini diretti alla parrocchia di Santa Ildegarda ad Eibingen per venerare le reliquie della santa, vengono assistiti dall'abbazia.
Ildegarda di Bingen (* 1098; † 1179) – fondatrice e prima badessa della comunità
Benigna von Algesheim, badessa dal 1373 al 1417
Dal 1603 le badesse presero il titolo di "badessa di Rupertsberg ed Eibingen"
Kunigunde Frey von Dehrn, badessa dal 1577 al 1611
Anna Lerch von Dirmstein, badessa dal 1611 al 1642, † 1660
Magdalena Ursula von Sickingen, badessa dal 1642 al 1666[3]
Cunigunde Schütz von Holtzhausen, badessa dal 1666 al 1669
Maria Scholastica von Manteuffel, badessa dal 1670 al 1692
Maria Anna Ulner von Dieburg, badessa dal 1692 al 1711
Maria Antonetta Mühl zu Ulmen, badessa dal 1711 al 1740
Caroline von Brambach, badessa dal 1740 al 1768
Maria Benedicta von Dumont, badessa dal 1768 al 1780
Hildegard von Rodenhausen, badessa dal 1780 al 1788
Philippine zu Guttenberg, ultima badessa dal 1791 al 1804.
L'antico convento nella frazione di Eibingen fu sgombrato nel 1814.
A causa del Reichsdeputationshauptschluss il convento finì nelle mani dei principi di Nassau. Nel 1831 la parrocchia di Eibing acquistò il vecchio convento e la chiesa.
Badesse dell'abbazia benedettina di Santa Ildegarda
Le attuali badesse proseguono la successione di Ildegarda di Bingen. Dopo la ricostruzione del monastero (1900–1904) sopra Eibingen, le seguenti badesse furono incaricate della direzione dell'abbazia:
Regintrudis Sauter, badessa dal 1908 al 1955
Fortunata Fischer, badessa dal 1955 al 1978
Edeltraud Forster, badessa dal 1978 al 1998
Gisela Happ, Priora-amministratrice dal 1998 al 2000
Hildegard von Bingen, Wisse die Wege. Werke Bd. I, hrsg. dal der Abtei St. Hildegard, Eibingen, neu übersetzt von Mechthild Heieck. Beuroner Kunstverlag 2010, ISBN 978-3-87071-211-2.
Hildegard von Bingen, Ursprung und Behandlung der Krankheiten. Causae et Curae. Werke Bd. II, hrsg. dal der Abtei St. Hildegard, Eibingen, neu übersetzt von Ortrun Riha. Beuroner Kunstverlag 2011, ISBN 978-3-87071-248-8.
Hiltrud Gutjahr OSB, Maura Záthonyi OSB, Geschaut im lebendigen Licht. Die Miniaturen des Liber Scivias der Hildegard von Bingen, erklärt und gedeutet. Mit einer kunsthistorischen Einführung von Lieselotte Saurma-Jeltsch, hrsg. von der Abtei St. Hildegard, Eibingen. Beuroner Kunstverlag 2011, ISBN 978-3-87071-249-5.
Hildegard von Bingen, Lieder Symphoniae. Werke Bd. IV, hrsg. von der Abtei St. Hildegard, Eibingen, neu übersetzt von Barbara Stühlmeyer. Beuroner Kunstverlag 2012, ISBN 978-3-87071-263-1.
Hildegard von Bingen, Heilsame Schöpfung - Die natürliche Wirkkraft der Natur. Physica. Werke Bd. V, hrsg. von der Abtei St. Hildegard, Eibingen, neu übersetzt von Ortrun Riha. Beuroner Kunstverlag 2012, ISBN 978-3-87071-271-6.
Hildegard von Bingen, Das Buch vom Wirken Gottes - Liber Divinorum Operum. Werke Bd. VI, hrsg. von der Abtei St. Hildegard, Eibingen, neu übersetzt von Mechthild Heieck. Beuroner Kunstverlag 2012, ISBN 978-3-87071-272-3.
Hildegard von Bingen, Briefe. Epistulae. Werke Bd. VIII, hrsg. von der Abtei St. Hildegard, Eibingen. Beuroner Kunstverlag 2012, ISBN 978-3-87071-285-3.
Barbara Stühlmeyer, Sabine Böhm, Tugenden und Laster. Wegweisung im Dialog mit Hildegard von Bingen, hrsg. von der Abtei St. Hildegard, Eibingen. Beuroner Kunstverlag 2012, ISBN 978-3-87071-287-7.
Das Leben der heiligen Hildegard von Bingen. Vitae sanctae Hildegardis. Werke Bd. III, hrsg. von der Abtei St. Hildegard, Eibingen, neu übersetzt von Monika Klaes-Hachmöller mit einer Einführung von Michael Embach. Beuroner Kunstverlag 2013, ISBN 978-3-87071-262-4.
Hildegard von Bingen, Das Buch der Lebensverdienste. Liber vitae meritorum. Werke Bd. VII, hrsg. von der Abtei St. Hildegard, Eibingen. Übersetzt und eingeleitet von Sr. Maura Zatonyi OSB. Beuroner Kunstverlag 2014, ISBN 978-3-87071-314-0.