Bioclipse

Bioclipse
software
Schermata di esempio
Schermata di esempio
GenereChemioinformatica
Bioinformatica
SviluppatoreIl progetto Bioclipse
Data prima versione17 novembre 2005
Ultima versione2.2.0 (28 gennaio 2010)
Sistema operativoMultipiattaforma
LinguaggioJava
LicenzaEclipse Public License
(licenza libera)
Sito webwww.bioclipse.net/
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Bioclipse è un progetto open source basato su Java, una piattaforma visuale per la chemioinformatica e la bioinformatica basata su Eclipse Rich Client Platform (RCP).[1] Recentemente è stata aggiunta una funzionalità di scripting.[2]

Bioclipse utilizza, come qualsiasi applicazione RCP, una architettura plugin che eredita la funzionalità basilare e le interfacce grafiche da Eclipse, come il sistema di guida, gli aggiornamenti software, le preferenze, la disponibilità multipiattaforma ecc. Tramite questi plugin, Bioclipse fornisce le funzionalità adatte alla chemioinformatica e alla bioinformatica, e punti di estensione che possono facilmente essere estesi da terzi, come i proprietari, in modo da aggiungere funzionalità supplementari.

La prima versione stabile di Bioclipse include un plugin CDK in modo da fornire un back end di chemioinformatica, un plugin Jmol per la visualizzazione 3D, e un plugin BioJava per l'analisi delle sequenze. Bioclipse è stato sviluppato dalla collaborazione tra il Proteochemometric group dell'Università di Uppsala, lo Steinbeck Research Group dell'EBI, e il Dipartimento di Chimica Analitica dell'Università di Leida, ma include estensioni sviluppate anche da altri istituti accademici.[3] Lo sviluppo è sostenuto dalla International Bioclipse Association.[4]

Note

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  1. ^ Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, P. Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl E.S. Wikberg, Bioclipse: An open source workbench for chemo- and bioinformatics, BMC Bioinformatics, 2007, 8.
  2. ^ Ola Spjuth, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Martin Eklund, Stefan Kuhn, Carl Mäsak, Gilleain Torrance, Johannes Wagener, Egon L Willighagen, Christoph Steinbeck, and Jarl ES Wikberg, Bioclipse 2: A scriptable integration platform for the life sciences, BMC Bioinformatics, 2009, 10, DOI: 10.1186/1471-2105-10-397
  3. ^ Bioclipse Labs, su wiki.bioclipse.net. URL consultato il 18 giugno 2010 (archiviato dall'url originale il 20 luglio 2011).
  4. ^ Uppsala University Pressmedelanden: Dubbla utmärkelser för IT/bioteknik-system Archiviato l'8 agosto 2007 in Internet Archive.

Altri progetti

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Collegamenti esterni

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  • (EN) Homepage Bioclipse, su bioclipse.net. URL consultato il 18 giugno 2010 (archiviato dall'url originale l'11 gennaio 2010).
  • (EN) Bioclipse su sourceforge.net, su sourceforge.net.
  • (EN) Bioclipse Wiki, su wiki.bioclipse.net. URL consultato il 18 giugno 2010 (archiviato dall'url originale il 1º agosto 2010).
  • (EN) Planet Bioclipse (RSS), su pele.farmbio.uu.se. URL consultato il 18 giugno 2010 (archiviato dall'url originale il 6 gennaio 2010).
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