La Commissione Santer è stata la Commissione europea in carica dal 1995 al 15 marzo 1999, quando è stata costretta, in anticipo rispetto alla scadenza naturale del proprio mandato, alle dimissioni.
Alcuni membri della Commissione furono travolti da uno scandalo di corruzione; in particolare la francese Édith Cresson, rifiutandosi di dimettersi, costrinse l'intera Commissione a una dimissione collettiva. Lo spagnolo Manuel Marín divenne Primo Commissario ad interim fino al settembre 1999, quando entrò in carica la Commissione Prodi.
Dopo i dieci anni di presidenza di Jacques Delors, un socialistafrancese, il posto di Presidente della Commissione europea spettava, in base ad una logica di bilanciamento, ad un esponente del Partito Popolare Europeo proveniente da un piccolo stato membro[1]. La candidatura del primo ministro olandese Ruud Lubbers venne bloccata dal governo tedesco, a causa delle resistenze che Lubbers aveva espresso contro l'unificazione tedesca[1]. Helmut Kohl e François Mitterrand proposero il primo ministro belga Jean-Luc Dehaene, ma la candidatura venne bocciata dal governo britannico, che riteneva Dehaene troppo europeista[1]. La nomina del primo ministro lussemburghese Jacques Santer si impose dunque come mediazione[1].