Il club venne istituito nel 2013 da una collaborazione tra South Durham & Cestria Girls e università di Durham[1] ed è l'unico club tra quelli iscritti ai maggiori livelli del campionato inglese femminile di calcio a non avere una controparte maschile. Il South Durham & Cestria Girls era stato fondato nel 2004 da Lee Sanders come società impegnata nelle competizioni giovanili femminili[2]. La squadra venne iscritta nella neonata FA Women's Super League 2, secondo livello del campionato inglese, dopo che l'applicazione era stata accettata dalla FA[3].
La squadra concluse la prima stagione agonistica al sesto posto, andando negli anni successivi a consolidare la propria posizione nella seconda serie nazionale, migliorando progressivamente anche il piazzamento in classifica, fino ad arrivare al secondo posto nella stagione 2020-21 della Women's Championship – nuova denominazione della seconda serie. Il Durham, infatti, concluse la stagione al secondo posto alle spalle del Leicester City[4]. Grazie anche ai progressi fatti, il club venne premiato come migliore squadra di FA WSL 2 dell'anno nel 2017 in occasione degli FA Women's Football Awards[2]. In FA Women's Cup il club ottenne la sua miglior prestazione nell'edizione 2018-19, quando raggiunse i quarti di finale; venne sconfitto in casa dal Chelsea per 1-0 davanti a un pubblico di 1 629 spettatori, l'affluenza più elevata sino ad allora[5].