Fra i maggiori fiumi dello Yukon vanno menzionati i seguenti: Aishihik, Alsek, Beaver, Big Creek, Big Salmon, Black River, Blackstone, Bonnet Plume, Dezadeash, Donjek, Firth, Giltana, Hart, Klondike, Liard, Macmillan, Nisling, Old Crow, Ogilvie, Peel, Pelly, Porcupine, Snake, Stewart, Tatshenshini, Teslin, White River, Wind, Yukon
Fiumi del bacino artico che sfociano nel mare di Beaufort
Fiumi che sfociano nel mare di Bering