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Diplomata alla Beverly Hills High School, è sposata dal 1997 con Christopher Noxon, anch'egli autore televisivo, ed ha tre figli.
Jenji Kohan è nota soprattutto per essere l'autrice della serie televisiva Weeds, ma ha collaborato come coautrice anche ad altre importanti serie come Sex and the City, Una mamma per amica e Will & Grace (assieme al fratello David, che ne è anche il produttore). Nel 2013 ha ideato la serie televisiva Orange Is the New Black, pubblicata da Netflix.