Johann Michael era figlio di rispettati costruttori militari. Dal 1712 trascorse anni di studi in Boemia, Moravia e Austria; e nella sua opera unì elementi boemi al barocco bavarese.
Nel 1718 si stabilì a Monaco di Baviera dove lavorò con Johann Mayr. Nel 1723 acquistò i diritti di Master dalla vedova di un capomastro defunto. Sposando la figlia di Johann Mayr nel 1725 entrò definitivamente nella gilda. In seguito venne nominato architetto della corte bavarese e capomastro dell'Elettorato di Colonia.
Morì a Monaco all'età di 74 anni e venne sepolto in una tomba sulla parete sud della Frauenkirche.
Una lapide lo ricorda sulla facciata del Municipio di Burglengenfeld.
(DE) Friedrich Wilhelm Bautz: Fischer, Johann Michael. Da: "Biographisch-Bibliographisches Kirchenlexikon (BBKL)". Ed. Bautz, Hamm, 1990, ISBN 3-88309-032-8.
(DE) Franz Peter: St. Michael in Berg am Laim – 5 neue Aspekte zur Architektur des Kirchenbaus von J.M.Fischer. Ed. MünchenVerlag, Monaco di Baviera, 2010, ISBN 978-3-937090-51-1
(DE) Hans Reuther: Fischer, Johann Michael. Da: "Neue Deutsche Biographie (NDB)". Ed. Duncker & Humblot, Berlino, 1961, ISBN 3-428-00186-9.
(DE) Max Gruber: Zwei Kirchen Johann Michael Fischers im Kreis Dachau, 1965.