1853-1880. Aménités malacologiques. Paris, 2 vol., 45 pl. regroupant 85 mémoires dans les domaines de la paléontologie, l'archéologie, la botanique et la malacologie.
1861-1862. Spicilèges malacologiques. Paris, 1 vol., 15 pl. regroupant 15 mémoires ; ils font suite aux Aménités.
1876-1885. Species novissimae Molluscorum in europaeo systemati detectae, notis diagnosticis succinctis breviter descriptae. Paris.
1852. Testacea novissima quae Cl. de Saulcy, in itinere per Orientem, annis 1850 et 1851, collegit. Lutetiae.
1853. Catalogue raisonné des Mollusques terrestres et fluviatiles recueillis par M. F. de Saulcy, pendant son voyage en Orient. Paris, 4 pl.
1854. Monographie des espèces françaises du genre Sphaerium, suivie d'un catalogue synonymique des Sphéries constatées en France à l'état fossile. Bordeaux, 4 pl.
1860. Malacologie terrestre de l'île du Château d'If, près Marseille. Paris, 2 pl.
(FR) Bourguignat J. R. 1861. Étude synonymique sur les mollusques des Alpes maritimes publiés par A. Risso en 1826. Paris: J.B. Baillière. (at Internet Archive)
1862. Malacologie du Lac des Quatre-Cantons et de ses environs. Paris, 4 pl.
1863. Monographie du nouveau genre français Moitessieria. Paris, 2 pl.
(FR) Bourguignat J. R. 1863-1870. Mollusques nouveaux, litigieux ou peu connus. Paris, 2 vol., 49 pl. regroupant 12 décades ; ils font suite aux Spicilèges.
1864. Malacologie de l'Algérie, ou Histoire naturelle des animaux Mollusques terrestres et fluviatiles recueillis jusqu'à ce jour dans nos possessions du nord de l'Afrique. Paris, 58 pl. et 5 cartes.
1865. Monographie du nouveau genre Paladilhia. Paris, 21 p., 1 pl.
1866. Recherches sur la distribution géographique des Mollusques terrestres et fluviatiles en Algérie et dans les régions circonvoisines. Ann. Sc. nat. Zool. V, Paris, 2 cartes.
1869. Catalogue des Mollusques terrestres et fluviatiles des environs de Paris, à l'époque quaternaire. Paris, 32 p., 3 pl.
1869. "Inscriptions romaines de Vence", Paris, Bibliotheca Regia Monacensis.
1876-1877. Histoire des Clausilies vivantes et fossiles de France. Ann. Sc. nat. Zool. (4-6). Paris.