L'agenzia di viaggi Magnitur venne fondata nel 1984 e Magnicharters 10 anni dopo, nel 1994 dalla famiglia Bojórquez, allo scopo di trasportare i clienti della Magnitur.[2][3] La compagnia iniziò le operazioni nel gennaio 1995.[4] Concentrandosi sul mercato turistico interno, serviva principalmente le località balneari del paese.
Magnicharters è stata la prima compagnia aerea commerciale messicana ad assumere una donna pilota.[2]
Nel 2000, Magnicharters venne autorizzata a offrire voli commerciali (solo voli charter e cargo).[5]
Nel 2014, Magnicharters investì 2,5 milioni di dollari per sviluppare la sua flotta del 30%. Quell'anno, la compagnia aerea iniziò i voli per gli Stati Uniti, da Monterrey a Las Vegas e Orlando.[6]
Il 14 settembre 2007, il volo Magnicharters 582, un Boeing 737-200, subì il collasso del carrello di atterraggio a Guadalajara.[10]
Il 27 aprile 2009, l'equipaggio del volo Magnicharters 585, un Boeing 737-200, abbassò la leva per estendere il carrello di atterraggio durante l'avvicinamento a Guadalajara, ma non ottenne l'indicazione del corretto bloccaggio. Eseguirono un sorvolo in modo che i controllori della torre potessero stabilire la posizione del carrello di atterraggio. Questi confermarono che il carrello non era completamente abbassato e bloccato. L'equipaggio decise quindi di effettuare un belly landing sulla pista 28. Non ci furono vittime; l'aereo venne danneggiato irreparabilmente.[11]
Il 26 aprile 2015, il volo Magnicharters 779, un Boeing 737-300, subì il collasso del carrello di atterraggio all'aeroporto internazionale di Città del Messico (MEX). Dopo l'atterraggio, l'aereo cominciò a vibrare e il carrello di atterraggio principale di sinistra crollò.[12]