Paul Eber nacque a Kitzingen in Franconia nel 1511. Studiò nella scuola locale e quindi dal 1524 a Ansbach. All'età di 13 anni, una caduta da cavallo lo rese storpio per il resto della vita. Grazie al talento mostrato negli studi poté comunque frequentare il Ägidiengymnasium a Norimberga nel 1525 e quindi nel 1532 l'Università di Wittenberg, dove strinse amicizia con Filippo Melantone.
Laureatosi nel 1536, nel 1541 fu nominato professore di grammatica latina a Wittenberg. Nel 1550 divenne decano della Facoltà di Filosofia e nel 1557 professore di ebraico e Antico Testamento. I suoi interessi di studio erano molto ampi: ha pubblicato il primo manuale moderno di storia ebraica del Secondo Tempio, un calendario storico destinato a sostituire Calendario dei Santi romani , e una revisione del testo latino dell'Antico Testamento.
Nel conflitto teologico del suo tempo alle origini della Riforma ha sempre tenuto posizioni moderate e di mediazione, rifuggendo dalle tesi più estreme. Dal 1558 fino alla fine della sua vita fu sovrintendente generale degli elettori di Sassonia e pastore della chiesa di Wittenberg. Oltre che come studioso e teologo, raggiunse una certa fama anche come autore di inni religiosi; la sua composizione più nota è Wenn wir in Höchsten Nothen sein. Alcuni dei suoi inni (Herr Gott, dich loben wir, Gottlob! nun geht das Jahr zu Ende) saranno musicati nel Settecento da Johann Sebastian Bach.
Eber morì a Wittenberg il 10 dicembre 1569 e è sepolto nella chiesa di Wittenberg.
Contexta populi Judaici historia a reditu ex Babylonico exilio usque ad ultimum excidium Hierosolymae (Wittenberg 1548) (l'opera più importante di Eber ebbe molte edizioni, e fu pubblicata anche in traduzione francese e tedesca)
Calendarium historicum (Wittenberg 1550) (anche quest'opera ebbe molte edizioni, e fu pubblicata in traduzione francese e tedesca)
Evangeliorum dominicalium explicatio, a cura di Johann Cellarius (Francoforte 1576) (tr. tedesca, Francoforte 1578)
Katechismuspredigten, a cura di Theophilus Feurelius (Norimberga 1577)
Vom heiligen Sakrament des Leibs u. Bluts unseres Herrn Jesu Christi (Wittenberg 1562)
Theodor Pressel: Paul Eber: Nach gleichzeitigen Quellen, R. L. Friderichs, 1862
Heinrich Eduard Schmieder: Paul Eber; In: Ferdinand Piper: Die Zeugen der Wahrheit - Lebensbilder zum evangelischen Kalender auf alle Jahre des Tages. Verlag von Bernahard Tauschnitz, Lipsia, 1874 3. Bd. S. 383-388
Georg Buchwald: Dr. Paul Eber, der Freund, Mitarbeiter und Nachfolger der Reformatoren. Ein Bild seines Lebens und Wirkens, Lipsia, 1897.
Daniel Gehrt / Volker Leppin (Ed.): Paul Eber (1511–1569). Humanist und Theologe der zweiten Generation der Wittenberger Reformation, Lipsia, 2014,ISBN 978-3-374-03056-9.
B) Articolo dell'enciclopedia
Adolf Brecher: Eber, Paul. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 5, Duncker & Humblot, Lipsia, 1877, S. 529–531.
Gustav Kawerau: Eber, Paul. In: Realencyklopädie für protestantische Theologie und Kirche (RE). 3. Auflage. Band 5, Hinrichs, Lipsia, 1898, S. 118–121.
Robert Stupperich: Eber, Paul. In: Neue Deutsche Biographie (NDB). Band 4, Duncker & Humblot, Berlino 1959, ISBN 3-428-00185-0, S. 225 (Digitalisat).
Friedrich Wilhelm Bautz: Eber, Paul. In: Biographisch-Bibliographisches Kirchenlexikon (BBKL). Band 1, Bautz, Hamm 1975. 2., unveränderte Auflage Hamm 1990, ISBN 3-88309-013-1, Sp. 1441–1442.
Werner Raupp: art. Eber, Paul, in: Lexikon der Reformationszeit. Ed.: Klaus Ganzer u. Bruno Steimer, Herder, Friburgo/Basilea/Vienna 2002, ISBN 3-451-22019-9 (ingl.: Dictionary of reformation. tradotto da Brian McNeil, New York, Crossroad Publ. Co., 2004, ISBN 0-8245-2119-6, col. 205-206.