Nato a Bourges, entrò nella Compagnia di Gesù il 28 settembre 1623, all'età di 16 anni. Dopo avere compiuto studi letterari, filosofici e teologici, Labbe, fu professore di umanità, retorica e filosofia al Collège Sainte-Marie di Bourges, e successivamente professore di teologia per cinque anni al Collège de Clermont a Parigi.
Labbe scrisse più di 80 opere letterarie, filosofiche e teologiche ed è considerato, insieme a Denis Pétau uno dei più importanti eruditi gesuiti della storia francese. Labbe è noto soprattutto per la monumentale raccolta dei Sacrosancta Concilia della Chiesa, curata con il confratello Gabriel Cossart e per avere curato il Corpus scriptorum historiæ byzantinæ (noto anche come Byzantine du Louvre), la più importante collezione di opere storiche bizantine del XVII secolo[1], realizzata in collaborazione con du Cange e Combefis.[2]
La collezione dei Sacrosanta concilia è un'immensa e preziosa raccolta di tutti i concilî, dal sec. I (a. 34) fino al 1417. I primi 8, come pure il 12° e il 15° dei 18 voll. in-folio di cui la raccolta si compone, videro la luce vivente ancora l'autore; gli altri furono terminati e pubblicati dal Cossart a Parigi nel 1672. Tra le altre sue opere (catalogo in Sommervogel, Bibliothèque de la Compagniede Jésus, IV, s. v.), notevoli: De byzantinae historiae scriptoribus protrepticon (Parigi 1658); Michaelis Glycae annales (ivi 1660); De scriptoribus ecclesiasticis (voll. 2, ivi 1660; Novae bibliothecae manuscriptorum librorum (tomi 2, ivi 1662); Bibliotheca bibliothecarum (ivi 1664).
Philippe Labbe morì a Parigi il 17 marzo del 1667.