Si è occupato principalmente dell'origine dei miti del folclore europeo, approfondendo l'ipotesi che alla base del mito vi siano soprattutto concezioni animistiche risalenti alle popolazioni primitive.
Nella sua opera principale in due volumi, Wald- und Feldkulte (Culto della foresta e del campo, 1877), Mannhardt si occupa dei culti e dei miti legati al mondo dell'agricoltura nelle popolazioni germaniche: in particolare ne intravede il punto di origine in uno spirito della vegetazione che tocca all'uomo preservare per trasmetterlo dalla vecchia alla nuova semina conservando l'ultimo covone, che diventerà la madre del grano dell'anno dopo.
In altri suoi scritti, opera una correlazione fra questi miti e quelli della mitologia classica.
Wald- und Feldkulte. Band 1: Der Baumkultus der Germanen und ihrer Nachbarstämme: mythologische Untersuchungen - Culto della foresta e del campo, vol. 1
Wald- und Feldkulte. Band 2: Antike Wald- und Feldkulte aus nordeuropäischer Überlieferung erläutert - Culto della foresta e del campo, vol. 2
Beiträge zur deutschen Mythologie Dieterich, Göttingen, Lipsia 1852
De nominibus Germanorum propriis quae ad regnum referuntur, observationis specimen Berlino 1857
Germanische Mythen. Forschungen Berlino 1858
Ueber Vampirismus. In: Zeitschrift für deutsche Mythologie und Sittenkunde
Die praktischen Folgen des Aberglaubens mit besonderer Berücksichtigung der Provinz Preußen Berlino 1878.
Die Götter der deutschen und nordischen Völker Berlino 1860. 1ª parte, non proseguita
Die Wehrfreiheit der altpreußischen Mennoniten. Denkschrift Marienburg 1863
Roggenwolf und Roggenhund. Beitrag zur germanischen Sittenkunde Danzica 1865
Klytia, raccolta di studi e presentazioni scientifiche. Berlino 1875
Die Korndämonen. Beitrag zur germanischen Sittenkunde - Gli spiriti del grano, Berlino 1868