モンペリエに戻った後、科学文芸協会(Société des Sciences et Belles-Lettres)の会員となり、地域の炭鉱から採取された化石の研究もした。軟体動物の研究を行い、貝類も含む軟体動物の事典"Tableau Encyclopédique et Méthodique des trois Règnes de la Nature: vers, coquilles, mollusques et polypes divers" の最初の巻を執筆し、これは1788年にパリで出版された。1792年に"Journal d'Histoire Naturelle" を創刊した動物学者のジャン=バティスト・ラマルクや昆虫学者のギヨーム=アントワーヌ・オリヴィエと友人になった。
Histoire Naturelle des Vers. Encyclopédique Méthodique, Paris 1789
Tableau Encyclopédique et Méthodique des Trois Règnes de la Nature. Contenant l’Helminthologie, ou les Vers Infusoires, les Vers Intestins, les Vers Mollusques, etc, Paris 1791
Histoire Naturelle des Vers. (1792)
Tableau Encyclopédique et Méthodique des Trois Règnes de la Nature. Dix Neuvieme Partie, Paris 1797
Tableau Encyclopédique et Méthodique des trois Règnes de la Nature : vers, coquilles, mollusques et polypes divers, posthum (1827)
Jean Théodoridès: Jean-Guillaume Bruguiere (1749-1797) et Guillaume-Antoine Olivier (1756-1814), médecins, naturalistes et voyageurs. Gauthier-Villars, Paris 1962
Eintrag Jean-Guillaume Bruguière in: David M. Damkaer: The Copepodologist's Cabinet: A Biographical and Bibliographical History. Memoirs of the American Philosophical Society. (2002), S. 104ff. ISBN 978-0-8716-9240-5 (englisch)
Martin J. S. Rudwick: Bursting the limits of time: the reconstruction of geohistory in the age of revolution. The University of Chicago Press, Chicago / London 2005, S. 257-258.