28SリボソームRNA

Waldo属の軟体動物3種のミトコンドリア16S rDNAと核28S rDNAの系統解析

28SリボソームRNA（英: 28S ribosomal RNA）は、真核生物の細胞質のリボソームの大サブユニット（LSU）に含まれるリボソームRNA（rRNA）であり、全ての真核細胞の基本的構成要素の1つである。サイズは哺乳類では28S、植物では25Sであるため、25S/28S rRNAとも呼ばれる。

5.8S rRNAとあわせて、原核生物の23S rRNAやミトコンドリアの16S rRNA（英語版）のホモログとなる[1][2][3]。

系統学における利用

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28S rRNAをコードする遺伝子は28S rDNAと呼ばれる。系統樹の作製のためにこれらの遺伝子の配列比較が用いられることがあり、原生生物[4]、菌類[5]、昆虫[6]、クモ綱[7]、緩歩動物[8]、脊椎動物[9][10]での系統樹作成での利用例がある。

構造

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28S rRNAの長さは、一般的には4000から5000ヌクレオチドである[11]。一部の真核生物ではリボソームへと組み立てられる前に2つの部分へ切断され、この現象は"hidden break"と呼ばれている[11]。

データベース

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比較生物学用途のために、LSU rRNAのアラインメントとアノテーションを行ったデータベースがいくつか存在する。

出典

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  1. ^ Eperon, I. C.; Anderson, S.; Nierlich, D. P. (1980-07-31). “Distinctive sequence of human mitochondrial ribosomal RNA genes” (英語). Nature 286 (5772): 460–467. Bibcode: 1980Natur.286..460E. doi:10.1038/286460a0. PMID 6157106. 
  2. ^ Doris, Stephen M.; Smith, Deborah R.; Beamesderfer, Julia N.; Raphael, Benjamin J.; Nathanson, Judith A.; Gerbi, Susan A. (October 2015). “Universal and domain-specific sequences in 23S–28S ribosomal RNA identified by computational phylogenetics”. RNA 21 (10): 1719–1730. doi:10.1261/rna.051144.115. PMC 4574749. PMID 26283689. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4574749/. 
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  4. ^ Baroin, A.; Perasso, R.; Qu, L. H.; Brugerolle, G.; Bachellerie, J. P.; Adoutte, A. (1988-05-01). “Partial phylogeny of the unicellular eukaryotes based on rapid sequencing of a portion of 28S ribosomal RNA” (英語). Proceedings of the National Academy of Sciences 85 (10): 3474–3478. Bibcode: 1988PNAS...85.3474B. doi:10.1073/pnas.85.10.3474. ISSN 0027-8424. PMC 280234. PMID 3368456. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC280234/. 
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  6. ^ Whiting, Michael F.; Carpenter, James C.; Wheeler, Quentin D.; Wheeler, Ward C. (1997-03-01). “The Strepsiptera Problem: Phylogeny of the Holometabolous Insect Orders Inferred from 18S and 28S Ribosomal DNA Sequences and Morphology” (英語). Systematic Biology 46 (1): 1–68. doi:10.1093/sysbio/46.1.1. ISSN 1063-5157. PMID 11975347. 
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  8. ^ Jørgensen, Aslak; Faurby, Søren; Hansen, Jesper G.; Møbjerg, Nadja; Kristensen, Reinhardt M. (2010-03-01). “Molecular phylogeny of Arthrotardigrada (Tardigrada)”. Molecular Phylogenetics and Evolution 54 (3): 1006–1015. doi:10.1016/j.ympev.2009.10.006. PMID 19822216. 
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  14. ^ Cole, James R.; Wang, Qiong; Fish, Jordan A.; Chai, Benli; McGarrell, Donna M.; Sun, Yanni; Brown, C. Titus; Porras-Alfaro, Andrea et al. (2014-01-01). “Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis”. Nucleic Acids Research 42 (D1): D633–D642. doi:10.1093/nar/gkt1244. ISSN 0305-1048. PMC 3965039. PMID 24288368. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3965039/. 
  15. ^ Quast, C.; Pruesse, E.; Yilmaz, P.; Gerken, J.; Schweer, T.; Yarza, P.; Peplies, J.; Glockner, F. O. (2013-01-01). “The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools”. Nucleic Acids Research 41 (D1): D590–D596. doi:10.1093/nar/gks1219. ISSN 0305-1048. PMC 3531112. PMID 23193283. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531112/.