1782年にアメリカに戻り、ジョン・ウォーレン(John Warren)、アーロン・デクスター(Aaron Dexter)らとハーバード医学校を設立し、医学理論、臨床医学を教えた。ロードアイランド州のRhode Island College(現在のブラウン大学)の研究員(フェロー)にも選ばれた[4]。1795年にアメリカ芸術科学アカデミーの会員に選ばれた。1814年にボストン医学校の設立に反対して、ハーバード医学校を退職した。
A Synopsis of a Course on the Theory and Practice of Medicine. In Four Parts (1786)
The Rise, Progress, and Present State of Medicine (1792)
A Prospect of Exterminating the Small Pox, Part I (1800), Part II (1802)
Cautions to Young Persons Concerning Health...Showing the Evil Tendency of the Use of Tobacco...with Observations on the Use of Ardent and Vinous Spirits (1805)
Information Respecting the Origin, Progress, and Efficacy of the Kine Pock Inoculation (1810)
The Botanist, Being the Botanical Part of a Course of Lectures on Natural History...Together with a Discourse on the Principles of Vitality (1811)
Dr. Benjamin Waterhouse: A life in medicine and public service (1754–1846), by Philip Cash, Boston Medical Library & Science History Publications (a division of Watson Publishing International), USA, 2006.