タイプ種 M. hugii はスペイン、ポルトガル、チュニジア、スイスの上部ジュラ系キンメリッジアン階から知られる[2][7]。Machimosaurus ferox と M. interruptus はかつて M. hugii のジュニアシノニムと考えられていたが[9][10]、後には Machimosaurus mosae のシノニムの可能性があると考えられてもいる[7]。
Krebs (1967)[9] は M. mosae (Lienard, 1876) が M. hugii のジュニアシノニムであると考えたが、その後はフランスの上部キンメリッジアン階から産出したほぼ完全な骨格に基づき、有効な第二の種であると考えられている[7][11]。フランスのバトニアン階から産出した M. bathonicus と M. rigauxi もマキモサウルスに分類されているが[12]、マキモサウルスに特徴的な鈍い歯を欠くため、ステネオサウルスに分類する見解もある[7]。
マーク・ヤングらは[7][13]本属の再評価を行い、本属において4つの種を認めた。エチオピアのHarrarから産出した M. hugii と M. mosae および M. nowackianus、そして新種の Machimosaurus buffetauti である。彼らは、マキモサウルスと漸新世から完新世にかけてのクロコダイル属との類似性を指摘し、海洋による地理的隔離を乗り越えるのに向いた大型の体躯をもつ一種と、属全体の分布域から見れば限定的な生息域しか持たないそれ以外の種が居た可能性を示唆した。
2016年には、チュニジアのDouiret層から産出した新種のマキモサウルスが記載され、Machimosaurus rex と命名された。本種は記載当時において最大のテレオサウルス上科の爬虫類であり、頭蓋骨長は155センチメートルに達し、部分的な骨格に基づいて全長は9.6メートルと推定された[3]。しかし、後の研究では M. rex は M. hugii と共に全長の推定値を縮小され、前者は全長7.15メートル、後者は6.9メートルとして見積もられた[6]。なお、M. rex はマキモサウルス属において最も新しい時代の種でもあり、テレオサウルス上科のワニ形類は白亜紀において生物多様性を回復こそしなかったものの、後期ジュラ紀末の絶滅事変を生き延びたことが示唆された[2]。
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