マトリックスメタロプロテイナーゼ-3

MMP3
PDBに登録されている構造
PDBオルソログ検索: RCSB PDBe PDBj
PDBのIDコード一覧

1B3D, 1B8Y, 1BIW, 1BM6, 1BQO, 1C3I, 1C8T, 1CAQ, 1CIZ, 1CQR, 1D5J, 1D7X, 1D8F, 1D8M, 1G05, 1G49, 1G4K, 1HFS, 1HY7, 1OO9, 1QIA, 1QIC, 1SLM, 1SLN, 1UEA, 1UMS, 1UMT, 1USN, 2D1O, 2JNP, 2JT5, 2JT6, 2SRT, 2USN, 3OHL, 3OHO, 3USN, 4DPE, 4G9L, 4JA1

識別子
記号MMP3, CHDS6, MMP-3, SL-1, STMY, STMY1, STR1, matrix metallopeptidase 3
外部IDOMIM: 185250 MGI: 97010 HomoloGene: 20545 GeneCards: MMP3
EC番号3.4.24.17
遺伝子の位置 (ヒト)
11番染色体 (ヒト)
染色体11番染色体 (ヒト)[1]
11番染色体 (ヒト)
MMP3遺伝子の位置
MMP3遺伝子の位置
バンドデータ無し開始点102,835,801 bp[1]
終点102,843,609 bp[1]
遺伝子の位置 (マウス)
9番染色体 (マウス)
染色体9番染色体 (マウス)[2]
9番染色体 (マウス)
MMP3遺伝子の位置
MMP3遺伝子の位置
バンドデータ無し開始点7,445,822 bp[2]
終点7,455,975 bp[2]
RNA発現パターン
さらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー
分子機能• zinc ion binding
• ペプチダーゼ活性
• endopeptidase activity
• metalloendopeptidase activity
• 血漿タンパク結合
• 加水分解酵素活性
• 金属イオン結合
• serine-type endopeptidase activity
• メタロペプチダーゼ活性
細胞の構成要素• 細胞外マトリックス
• 細胞外領域
• 細胞外空間
生物学的プロセス• collagen catabolic process
• cellular response to nitric oxide
• negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process
• extracellular matrix disassembly
• タンパク質分解
• positive regulation of protein oligomerization
• positive regulation of oxidative stress-induced cell death
• サイトカイン媒介シグナル伝達経路
• 低酸素症への反応
• regulation of cell migration
• regulation of neuroinflammatory response
• extracellular matrix organization
• response to amyloid-beta
出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
種ヒトマウス
Entrez

4314

17392

Ensembl

ENSG00000149968

ENSMUSG00000043613

UniProt

P08254

P28862

RefSeq
(mRNA)

NM_002422

NM_010809

RefSeq
(タンパク質)

NP_002413

NP_034939

場所
(UCSC)		Chr 11: 102.84 – 102.84 MbChr 11: 7.45 – 7.46 Mb
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
閲覧/編集 ヒト閲覧/編集 マウス
Stromelysin 1
識別子
EC番号 3.4.24.17
CAS登録番号 79955-99-0
データベース
IntEnz IntEnz view
BRENDA BRENDA entry
ExPASy NiceZyme view
KEGG KEGG entry
MetaCyc metabolic pathway
PRIAM profile
PDB構造 RCSB PDB PDBj PDBe PDBsum
検索
PMC articles
PubMed articles
NCBI proteins
テンプレートを表示

マトリックスメタロプロテイナーゼ-3（英: matrix metalloproteinase-3、略称: MMP-3）もしくはストロメリシン-1（ストロメライシン-1、英: stromelysin-1）は、ヒトではMMP3遺伝子にコードされる酵素である。MMP3遺伝子は染色体11q22.3に局在するMMP遺伝子クラスターの一部を構成している[5]。MMP-3は推定54 kDaのタンパク質である[6]。

機能

[編集]

マトリックスメタロプロテイナーゼ（MMP）ファミリーのタンパク質は細胞外マトリックスタンパク質の分解に関与しており、胚発生や生殖過程などの正常な生理的過程や関節炎などの疾患過程における組織リモデリング、そして腫瘍の転移などに関係している。MMPの大部分は不活性な前駆体タンパク質として分泌され、細胞外のプロテイナーゼによって切断されて活性化される[7]。

MMP-3はII、III、IV、IX、X型コラーゲン、プロテオグリカン、フィブロネクチン、ラミニン、エラスチンを分解する[8][9][10]。さらに、MMP-3はMMP-1（英語版）、MMP-7（英語版）、MMP-9など他のMMPを活性化することから、結合組織のリモデリングに重要なものとなっている[11]。この酵素は、創傷治癒、アテローム性動脈硬化、発がんイニシエーションに関与していると考えられている。

MMP3は細胞外空間における古典的役割の他に、細胞核に移行して転写の制御も行っている[12]。

遺伝子調節

[編集]

MMP-3の発現は主に転写レベルで調節されており、MMP3遺伝子のプロモーターは成長因子、サイトカイン、発がんプロモーター、がん遺伝子産物など、さまざまな刺激に応答する[13]。

また、MMP-3自体も核に移行してCTGF（英語版）/CCN2などの遺伝子を調節する[12]。

MMP3遺伝子プロモーターの多型は1995年に初めて報告された[14]。多型は転写開始部位の上流-1171番目に位置するアデノシンの数の多様性であり、あるアレルではアデノシンは5つ（5A）、他のアレルではアデノシンは6つ（6A）存在する。In vitroでのプロモーターの機能解析では、5Aアレルは6Aアレルよりもプロモーター活性が高いことが示されている[11]。さまざまな研究により、5Aアレルを持つ人物は急性心筋梗塞や腹部大動脈瘤（英語版）など、MMPの発現増加に起因する疾患に対する感受性が高いことが示されている[15][16]。

一方6Aアレルは、進行性の冠動脈アテローム性動脈硬化など、低いプロモーター活性による不十分なMMP-3の発現を特徴とする疾患と関係していることが知られている[11][17][18]。-1171の5A/6Aバリアントは口唇口蓋裂などの先天性異常とも関係しており、口唇口蓋裂の患者には6A/6A遺伝子型が有意に多い[19]。近年、口唇口蓋裂の患者ではMMP3遺伝子がダウンレギュレーションされていることが示されており[20]、口唇口蓋裂が胚組織のリモデリングの欠陥もしくは不十分なことを原因とする疾患であるという見方が強まっている。

構造

[編集]
MMPの一般的構造

MMPファミリーのほとんどのメンバーは、N末端のプロペプチド、触媒ドメイン、C末端のヘモペキシン様ドメイン、という3つのよく保存された明確なドメインから構成される。プロペプチドは約80–90アミノ酸からなり、チオール基を介して触媒亜鉛原子と相互作用するシステイン残基が含まれている。プロペプチドには高度に保存された配列（PRCGXPD）が存在する。MMPファミリーの全てのメンバーは潜在型（latent form）として産生され、タンパク質分解によるプロペプチドの除去によって酵素前駆体が活性化される。

触媒ドメインには2つの亜鉛イオンが含まれ、少なくとも1つのカルシウムイオンがさまざまな残基に配位している。2つの亜鉛イオンのうちの1つは活性部位に位置し、MMPの触媒過程に関与している。2つ目の亜鉛イオンとカルシウムイオンは触媒亜鉛から約12 Å離れて位置している。触媒亜鉛イオンはMMPのタンパク質分解活性に必要不可欠であり、触媒亜鉛に配位する3つのヒスチジン残基は全てのMMPで保存されている。触媒ドメインに位置する2つ目の亜鉛イオンとカルシウムイオンの役割はあまり理解されていないが、MMPはこれらのイオンを高い親和性で結合することが示されている。

MMP-3（赤）と複合体を形成したTIMP-1（英語版）（青）の構造。TIMP-1のCys1（緑）が触媒となる亜鉛（紫）に対してキレートを形成している。カルシウムイオン（黄）も示されている。PymolによるPDB: 1UEA​のレンダリング。見やすさのため、非対称単位中の一部のみが示されている。

MMP-3の触媒ドメインはTIMP（英語版）（tissue inhibitor of metalloproteinase）によって阻害される。TIMPのN末端領域は、MMP-3の活性部位の溝にペプチド基質のように結合する。TIMPのCys1残基は触媒亜鉛とキレートを形成し、触媒グルタミン酸残基（Glu202）のカルボン酸酸素の1つと水素結合を形成する。これらの相互作用によって酵素の機能に必要不可欠な、亜鉛に結合した水分子が追い出される。TIMPによる水分子の喪失と活性部位の遮断によって、酵素反応は不可能となる[21]。

MMPのヘモペキシン様ドメインは高度に保存されており、血漿タンパク質ヘモペキシンと配列が類似している。ヘモペキシン様ドメインは基質結合やTIMPとの相互作用に関与していることが示されている[22]。

機構

[編集]

MMP-3の反応機構は、全てのMMPでみられる一般的機構のバリエーションである。活性部位では、グルタミン酸残基（Glu202）と触媒ドメインに位置する亜鉛イオンの1つに水分子が配位している。まず、配位水分子がペプチド基質の切断が起こりやすい（scissile）炭素に求核攻撃を行い、同時にグルタミン酸残基は水分子からプロトンを引き抜く。引き抜かれたプロトンは、scissileアミドの窒素原子によってグルタミン酸残基から脱離する。その結果、亜鉛原子に配位する四面体型のジェミナルジオレート中間体が形成される[23]。アミド産物が活性部位から放出されるためには、scissileアミドは配位した水分子から2つ目のプロトンを引き抜く必要がある[24]。 一方サーモリシン（他のメタロプロテイナーゼ）では、アミド産物は中性（R-NH2）型で放出されることが示されている[25][26]。カルボン酸産物は、水分子が亜鉛イオンを攻撃しカルボン酸産物に置き換わった後に放出される[27]。カルボン酸産物の放出は反応の律速段階であると考えられている[26]。

機構に直接関与する水分子に加えて、2つ目の水分子がMMP-3の活性部位の一部をなっていることが示唆されている。この補助的な水分子はジェミナルジオレート中間体を安定化するとともに、形成のための活性化エネルギーを低下させることで遷移状態を安定化していると考えられている[23][28]。

補助的な水分子を伴うMMP-3の触媒機構。示されている電荷は形式電荷である。

疾患との関係

[編集]

MMP-3は、血液脳関門（BBB）の破壊による外傷性脳損傷（TBI）の影響の悪化への関与が示唆されている。さまざまな研究により、脳外傷の後には炎症応答が開始され、脳内のMMPの産生が増加することが示されている[29][30]。MMP-3ノックアウトマウスを用いて行われた研究では、MMP-3は外傷性損傷後のBBBの透過性を増加させることが示されている[31]。野生型マウスはノックアウトマウスと比較して、TBI後のクローディン5（英語版）とオクルディンレベルが低いことが示されている。クローディンとオクルディンはBBBの細胞間のタイトジャンクションの形成に必要不可欠なタンパク質である[32][33]。野生型マウスとノックアウトマウス由来の未損傷組織を活性型MMP-3で処理すると、どちらの組織でもクローディン5、オクルディン、ラミニンα1（基底板（英語版）（basal lamina）タンパク質）の低下がみられることから、MMP-3はタイトジャンクションと基底板タンパク質の破壊に直接関与していることが示唆される。

MMP-3は脊髄損傷後には、機能的に血液脳関門に相当する血液脊髄関門（BSCB）[34]を損傷する。野生型マウスとMMP-3ノックアウトマウスとを用いて行われた同様の研究では、脊髄損傷後の野生型マウスではノックアウトマウスよりもBSCBの透過性が高く、MMP-3がBSCBの透過性を高めることが示されている。同じ研究では、脊髄組織をMMP-3阻害剤で処理した際には、BSCBの透過性が低下することも示されている。これらの結果は、MMP-3の存在は脊髄損傷後にBSCBの透過性を高める役割を果たすことを示唆している[35]。BBBの場合と同様に、MMP-3はクローディン5、オクルディン、ZO-1（英語版）（他のタイトジャンクションタンパク質）を分解することでこの損傷を行っていることが示されている。

BBBやBSCBの透過性の増加によって、より多くの好中球が脳や脊髄の炎症部位へ浸潤できるようになる[31]。好中球はMMP-9を持っており[36]、これもオクルディンを分解することが示されている[37]。これによってBBBとBSCBの破壊はさらに進行する[38]。

出典

[編集]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000149968 - Ensembl, May 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000043613 - Ensembl, May 2017
  3. ^ Human PubMed Reference:
  4. ^ Mouse PubMed Reference:
  5. ^ “Entrez Gene: MMP3 matrix metallopeptidase 3 (stromelysin 1, progelatinase)”. 2022年9月24日閲覧。
  6. ^ “MMP3 (human)”. www.phosphosite.org. 2021年10月5日閲覧。
  7. ^ “Matrix metalloproteinases. A review”. Cellular and Molecular Biology 36 (2): 131–53. (1990). PMID 2165861. 
  8. ^ “Stromelysin, a connective tissue-degrading metalloendopeptidase secreted by stimulated rabbit synovial fibroblasts in parallel with collagenase. Biosynthesis, isolation, characterization, and substrates”. The Journal of Biological Chemistry 260 (22): 12367–76. (October 1985). doi:10.1016/S0021-9258(17)39034-8. PMID 2995374. 
  9. ^ “A metalloproteinase from human rheumatoid synovial fibroblasts that digests connective tissue matrix components. Purification and characterization”. The Journal of Biological Chemistry 261 (30): 14245–55. (October 1986). doi:10.1016/S0021-9258(18)67011-5. PMID 3095317. 
  10. ^ “The tissue metalloproteinase family and the inhibitor TIMP: a study using cDNAs and recombinant proteins”. Annals of the Rheumatic Diseases 49 Suppl 1: 469–79. (June 1990). PMID 2197998. 
  11. ^ a b c “Progression of coronary atherosclerosis is associated with a common genetic variant of the human stromelysin-1 promoter which results in reduced gene expression”. The Journal of Biological Chemistry 271 (22): 13055–60. (May 1996). doi:10.1074/jbc.271.22.13055. PMID 8662692. 
  12. ^ a b “Novel transcription-factor-like function of human matrix metalloproteinase 3 regulating the CTGF/CCN2 gene”. Molecular and Cellular Biology 28 (7): 2391–413. (Apr 2008). doi:10.1128/MCB.01288-07. PMC 2268440. PMID 18172013. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2268440/. 
  13. ^ “Metalloproteinases and their inhibitors in matrix remodeling”. Trends in Genetics 6 (4): 121–5. (Apr 1990). doi:10.1016/0168-9525(90)90126-Q. PMID 2132731. 
  14. ^ “Preliminary report: genetic variation in the human stromelysin promoter is associated with progression of coronary atherosclerosis”. British Heart Journal 73 (3): 209–15. (Mar 1995). doi:10.1136/hrt.73.3.209. PMC 483800. PMID 7727178. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC483800/. 
  15. ^ “Stromelysin promoter 5A/6A polymorphism is associated with acute myocardial infarction”. Circulation 99 (21): 2717–9. (Jun 1999). doi:10.1161/01.cir.99.21.2717. PMID 10351963. 
  16. ^ “Genetic analysis of MMP3, MMP9, and PAI-1 in Finnish patients with abdominal aortic or intracranial aneurysms”. Biochemical and Biophysical Research Communications 265 (2): 563–8. (Nov 1999). doi:10.1006/bbrc.1999.1721. PMID 10558909. 
  17. ^ “The 5A/6A polymorphism in the promoter of the stromelysin-1 (MMP-3) gene predicts progression of angiographically determined coronary artery disease in men in the LOCAT gemfibrozil study. Lopid Coronary Angiography Trial”. Atherosclerosis 139 (1): 49–56. (Jul 1998). doi:10.1016/S0021-9150(98)00053-7. PMID 9699891. 
  18. ^ “Effect of the stromelysin-1 promoter on efficacy of pravastatin in coronary atherosclerosis and restenosis”. The American Journal of Cardiology 83 (6): 852–6. (Mar 1999). doi:10.1016/S0002-9149(98)01073-X. PMID 10190398. 
  19. ^ “MMP gene polymorphisms as contributors for cleft lip/palate: association with MMP3 but not MMP1”. Archives of Oral Biology 52 (10): 954–60. (Oct 2007). doi:10.1016/j.archoralbio.2007.04.005. PMID 17537400. 
  20. ^ “Human stem cell cultures from cleft lip/palate patients show enrichment of transcripts involved in extracellular matrix modeling by comparison to controls”. Stem Cell Reviews 7 (2): 446–57. (Jun 2011). doi:10.1007/s12015-010-9197-3. PMC 3073041. PMID 21052871. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3073041/. 
  21. ^ “Mechanism of inhibition of the human matrix metalloproteinase stromelysin-1 by TIMP-1”. Nature 389 (6646): 77–81. (Sep 1997). Bibcode: 1997Natur.389...77G. doi:10.1038/37995. PMID 9288970. 
  22. ^ “Matrix metalloproteinases: structures, evolution, and diversification”. FASEB Journal 12 (25n26): 1075–95. (Sep 1998). doi:10.1142/S0217984998001256. PMID 9737711. 
  23. ^ a b “Catalytic mechanism of matrix metalloproteinases: two-layered ONIOM study”. Inorganic Chemistry 41 (22): 5659–66. (Nov 2002). doi:10.1021/ic0255656. PMID 12401069. 
  24. ^ “An interactive computer graphics study of thermolysin-catalyzed peptide cleavage and inhibition by N-carboxymethyl dipeptides”. Biochemistry 23 (24): 5730–41. (Nov 1984). doi:10.1021/bi00319a011. PMID 6525336. 
  25. ^ “A theoretical study of the mechanism for peptide hydrolysis by thermolysin”. Journal of Biological Inorganic Chemistry 7 (3): 284–98. (Mar 2002). doi:10.1007/s007750100295. PMID 11935352. 
  26. ^ a b “Mechanism of proteolysis in matrix metalloproteinase-2 revealed by QM/MM modeling”. Journal of Computational Chemistry 36 (21): 1621–30. (Aug 2015). doi:10.1002/jcc.23977. PMID 26132652. 
  27. ^ “Mechanistic studies on the human matrix metalloproteinase stromelysin”. Biochemistry 31 (44): 10757–62. (Nov 1992). doi:10.1021/bi00159a016. PMID 1420192. 
  28. ^ “Matrilysin-inhibitor complexes: common themes among metalloproteases”. Biochemistry 34 (20): 6602–10. (May 1995). doi:10.1021/bi00020a004. PMID 7756291. 
  29. ^ “Matrix metalloproteinase-3 expression profile differentiates adaptive and maladaptive synaptic plasticity induced by traumatic brain injury”. Journal of Neuroscience Research 84 (4): 768–81. (Sep 2006). doi:10.1002/jnr.20986. PMID 16862547. 
  30. ^ “Overexpression of copper and zinc superoxide dismutase in transgenic mice prevents the induction and activation of matrix metalloproteinases after cold injury-induced brain trauma”. Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism 20 (1): 130–8. (Jan 2000). doi:10.1097/00004647-200001000-00017. PMID 10616801. 
  31. ^ a b “Blood-brain barrier disruption by stromelysin-1 facilitates neutrophil infiltration in neuroinflammation”. Neurobiology of Disease 23 (1): 87–96. (Jul 2006). doi:10.1016/j.nbd.2006.02.006. PMID 16624562. 
  32. ^ “Claudin-1 and -2: novel integral membrane proteins localizing at tight junctions with no sequence similarity to occludin”. The Journal of Cell Biology 141 (7): 1539–50. (Jun 1998). doi:10.1083/jcb.141.7.1539. PMC 2132999. PMID 9647647. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2132999/. 
  33. ^ “Size-selective loosening of the blood-brain barrier in claudin-5-deficient mice”. The Journal of Cell Biology 161 (3): 653–60. (May 2003). doi:10.1083/jcb.200302070. PMC 2172943. PMID 12743111. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2172943/. 
  34. ^ “The blood-spinal cord barrier: morphology and clinical implications”. Annals of Neurology 70 (2): 194–206. (Aug 2011). doi:10.1002/ana.22421. PMID 21674586. 
  35. ^ “Matrix metalloproteinase-3 promotes early blood-spinal cord barrier disruption and hemorrhage and impairs long-term neurological recovery after spinal cord injury”. The American Journal of Pathology 184 (11): 2985–3000. (Nov 2014). doi:10.1016/j.ajpath.2014.07.016. PMID 25325922. 
  36. ^ “Gelatinase B functions as regulator and effector in leukocyte biology”. Journal of Leukocyte Biology 69 (6): 851–9. (Jun 2001). PMID 11404367. 
  37. ^ “Matrix metalloproteinases in early diabetic retinopathy and their role in alteration of the blood-retinal barrier”. Laboratory Investigation; A Journal of Technical Methods and Pathology 85 (5): 597–607. (May 2005). doi:10.1038/labinvest.3700251. PMID 15711567. 
  38. ^ “Neutrophils mediate blood-spinal cord barrier disruption in demyelinating neuroinflammatory diseases”. Journal of Immunology 193 (5): 2438–54. (Sep 2014). doi:10.4049/jimmunol.1400401. PMID 25049355. 

関連文献

[編集]

外部リンク

[編集]