ისტორიულად, ბერძნებს აზერბაიჯანში არ შეუქმნიათ დიდი დასახლებები, როგორც მეზობელ ქვეყნებში საქართველოსა და სომხეთში. ბერძნული საზოგადოება ძირითადად შედგებოდა პონტოელი ბერძნებისგან, რომლებიც ოსმალეთის იმპერიიდან წამოსული ემიგრანტები იყვნენ.
თავდაპირველად, ეს ემიგრანტები ჩამოვიდნენ 1830-იან წლებში და დასახლდნენ მდინარე ტარტარის ნაპირზე მდებარე სოფელშi. 1830 წლის 23 მაისს, ქართველმა ეგზარქოსმა დანიშნა დეკანოზი ვასილი ანდრიანოვი ამ რელიგიური თემის ხელმძღვანელად.[1]
1851 წელს ტრაპიზონში დაბადებულმა ჩარალამბოს კოუონდუროვმა (ადგილობრივებში ცნობილი როგორც ადეკვატური ალავერვერდი) ააგო ორი სპილენძის სადნობი საწარმო ორდუბადთან ახლოს, სადაც ძირითად მომუშავეებს ბერძნები შეადგენდნენ. ათი წლის შემდეგ იქვე აშენდა სკოლა და ეკლესია ბერძნული თემისთვის. ეკლესიას სათავეში ჩაუდგა ნიკოლოზ ლავოსი. კოუონდუროვის სიკვდილის შემდეგ ოქტომბრის რევოლუციამდე მის სადნობ საწარმოებს მისი შვილები ფლობდნენ.
ადგილობრივი ბერძნები ასევე გამოირჩეოდნენ არქიტექტურასა და მშენებლობაში. ბაქოს წმინდა ნიკოლოზის ეკლესია და ალთიაღაჯის მართლმადიდებლური ეკლესია აშენდა 1850-იან წლებში ბერძენი არქიტექტორებისა და კონტრაქტორების მიერ.[1]
ბერძნებს არ დაუწყიათ გადასახლება ბაქოში, აზერბაიჯანის დღევანდელ დედაქალაქში, სანამ XIX საუკუნის ბოლოსა და XX საუკუნის დასაწყისში ნავთობის მოხმარება არ გაიზარდა. 1886 წლის სტატისტიკური ჩანაწერები არ აჩვენებდა ბერძნულ მოსახლეობას ბაქოს გუბერნიაში, მაგრამ ეს შეიცვალა 1897 წელს, როდესაც აღწერაში მითითებული იყო 278 ბერძენი რომლებიც ცხოვრობდნენ ბაქოს გუბერნიაში, ხოლო 658 ცხოვრობდა ელიზაბეტპოლის გუბერნიაში. ემიგრანტები ძირითადად გენერალური მუშახელებისა და საცალო ვაჭრებისგან შედგებოდა და მოიცავდა როგორც თურქეთის მოქალაქეებს, ისე კავკასიის სხვაგან მდებარე ბერძნულ დასახლებებში მცხოვრებ ადგილობრივებს.[1]
1907 წელს ქალაქ ბაქოში 800 ბერძენი ცხოვრობდა, რომელთა უმეტესი ნაწილი იყო მცირე აზიიდან და, შესაბამისად, არ შეეძლოთ რელიგიური მსახურებების შესრულება რუსეთის მართლმადიდებლურ ეკლესიებში, სადაც გამოიყენებოდა სლავური და რუსული ენები. ამრიგად, ბერძნნებისადმი კეთილგანწყობილმა საზოგადოებამ მიიღო ბაქოში ბერძნული მართლმადიდებლური ეკლესიის მშენებლობის ნებართვა.[1] 1917 წლის ოფიციალური სტატისტიკური მონაცემების მიხედვით, ბაქოში ბერძნების რაოდენობა არ იყო საგრძნობლად შეცვლილი.[2] რუსი ეთნოგრაფის ანდრეი პოპოვის თანახმად, 1919 წლის მდგომარეობით რვა ქალაქში და სოფელში სულ 2161 ბერძენი ცხოვრობდა. [3]
ბერძნული ემიგრაციის კიდევ ერთი ტალღა დაფიქსირდა პირველი მსოფლიო ომისა და 1920 წელს ბაქოში საბჭოთა ხელისუფლების დამყარების შემდეგ. 1923 წლისთვის აზერბაიჯანში ბერძნული მოსახლეობა გაიზარდა 1000-მდე. ბაქოში მილიონიანას ქუჩაზე (ამჟამად ამიროვის ქუჩაზე) მდებარე ბერძნული საქველმოქმედო ასოციაციის შენობაში განთავსდა სამოყვარულო ბერძნული თეატრი, ასევე ეკლესია, ბიბლიოთეკა და დაწყებითი სკოლა, რომელმაც 1921 წელს მიიღო 89 მოსწავლე. ფუნქციონირებდა საზოგადოებრივი საფეხბურთო კლუბი სახელად ემბროსი.[1]
საინტერესო იყო ის ფაქტი, რომ აზერბაიჯანის ბერძნული მოსახლეობის თითქმის მესამედს კვლავ უცხოური მოქალაქეობა ჰქონდა. 1937 წლისთვის აზერბაიჯანში მცხოვრები უცხო ქვეყნის მოქალაქეების 95%-ს ბერძნები შეადგენდნენ. ამ ფაქტორმა გამოიწვია საბჭოთა კავშირიის დამოკიდებულების შეცვლა ბერძნული მოსახლეობის მიმართ, რამაც ბაქოში მცხოვრები ბერძნები რეპრესიებისა და იძულებითი გადასახლების სამიზნეებად აქცია. 1939 წლისთვის, სსრკ-ში საბერძნეთის საელჩოს დახმარებით, ბერძნული წარმოშობის უცხოელთა უმეტესობამ ბაქო დატოვა.[1]
საბჭოთა კავშირის დაშლის შემდეგ, პოლიტიკური არასტაბილურობის ფონზე, დარჩენილი ბერძნებიდან 100-ზე მეტმა დატოვა აზერბაიჯანი. ზოგიც კი მთიანი ყარაბაღის ომის დროს გაიქცა. 1994 წელს საბერძნეთის ელჩის ინიციატივით ბაქოში დაარსდა ბერძნული კულტურული ცენტრი. 1997 წელს იგი რეორგანიზებული იქნა. საზოგადოება, რომელმაც მეტწილად დაკარგა თავისი ენა, ამჟამად 535 ადამიანისგან შედგება, როგორც ბერძნები, ისე შერეულ ოჯახთა შთამომავლები.[1]