ინდოეთის ფლორა— ერთ-ერთი ყველაზე მდიდარია მსოფლიოში კლიმატის, ტოპოლოგიისა და ჰაბიტატის ფართო სპექტრის გამო. დადგენილია, რომ ინდოეთში 18000-ზე მეტი ყვავილოვანი მცენარეა, რაც მსოფლიოს მთლიანი მცენარეთა 6-7 პროცენტს შეადგენს. ინდოეთში 50 000-ზე მეტი მცენარის სახეობაა, რომელთგან ბევრი ენდემურია. მცენარეთა გამოყენება მედიკამენტების დასამზადებლად ქვეყანაში უძველესი დროიდან ინდოელთა ცხოვრების განუყოფელი ნაწილი იყო. [1]
ინდოეთის მცენარეთა 3000-ზე მეტი სახეობა ოფიციალურად დარეგისტრირებულია რვა ძირითად ფლორისტულ რეგიონში. ესენია: დასავლეთ ჰიმალაები, აღმოსავლეთ ჰიმალაები, ასსამი, ინდის ვაკე, განგის ვაკე, დეკანი, მალაბარი და ანდამანის კუნძულები. [2]
1992 წელს დაახლოებით 743 534 კმ მიწის ნაკვეთი ტყით იყო დაფარული, აქედან 92% მთავრობას ეკუთვნოდა. ეროვნული ტყის პოლიტიკის შესახებ 1952 წლის რეზოლუციაში რეკომენდებული 33 პროცენტის ნაცვლად, მიწის მხოლოდ 22,7 პროცენტია დაფარული ტყით. ხეების უმეტესობა ფოთლოვანია. წიწვოვანი მცენარეები გვხვდება ჩრდილოეთ მაღალმთიანეთში და მოიცავს ფიჭვს, ღვიას და დეოდარს. ინდოეთის ტყის საფარი გადაჭიმულია ანდამანის კუნძულების ტროპიკული ტყეებიდან ჰიმალაის წიწვოვან ტყეებამდე. ამ უკიდურეს წერტილებს შორის აღმოსავლეთ ინდოეთის ტენიანი ფოთლოვანი ტყეებია. ასევე ინდოეთის მთიან რეგიონებში გავრცელებულია ფიჭვი, ნაძვი, კედარი, ფოთლოვანები და კვიპაროსი.
დეკანის ზეგნის უმეტეს ნაწილზე ფოთოლმცვივანი და მარადმწვანე ტროპიკული ტყეა, რომელსაც ზოგან სავანა და ქსეროფიტული ნათელი ტყე ენაცვლება. ქვეყნის მშრალ ჩრდილო-დასავლეთ რეგიონებში სავანა და ნათელი ტყეა, ზოგან— ბუჩქნარიანი ნახევარუდაბნო. ჰიმალაისა და ყარაყორუმში ნათლად ჩანს სიმაღლებრივი სარტყლურობა. აქ მთის ტროპიკული, სუბტროპიკული და ზომიერი ტყეების ზემოთ მდებარეობს სუბალპური ბუჩქნარი და მდელოები, მათ ზემოთ კი—ალპური მდელოები. ინდოეთის ბუნებრივი მცენარეულობა ძლიერ სახეშეცვლილია.
ინდოეთი ითვლება მსოფლიოში ერთ-ერთ ყველაზე ბიოლოგიურად მრავალფეროვან რეგიონად. ინდოეთს აქვს უდაბნოები, მთები, ტროპიკული და ზომიერი ტყეები, ჭაობები, მინდვრები, მდელოები და მდინარეები, აგრეთვე არქიპელაგები.[3]
ინდოეთის ტერიტორია არის ინდომალაის ბიოგეოგრაფიული ზონის ნაწილი, გარდა ჰიმალაის მაღალი მთებისა, რომელიც პალეარქტიკის ზონის ნაწილია. ცხოველთა სახეობების უმეტესობა ისეთივეა ან მსგავსია ინდოჩინეთში და დიდი სუნდას კუნძულებზე მობინადრე ცხოველებისა. გარდა ზოგიერთი უნიკალური ტაქსონისა (მაგალითად, ფარიანი გველების ოჯახი). ცარცული პერიოდის ნაშთები გვიჩვენებს ინდური ფაუნის დამოკიდებულებას სეიშელისა და მადაგასკარის სახეობებთან. დასავლეთ ღატებში ბინადრობს სახეობა Nasikabatrachus sahyadrensis.[4]
ინდოეთისა და მადაგასკარის გაყოფა მოხდა დაახლოებით 88 მილიონი წლის წინ. ინდოეთი ასრულებდა ერთგვარ სატრანსპორტო ფუნქციას, რომლის საშუალებით ევრაზიაში მოხვდა ზოგიერთი აფრიკული სახეობა, მაგალითად, ბაყაყების 5 ოჯახი, ამფბიების სამი ოჯახი და ერთი ხვლიკი.
ინდოეთის ტერიტორიის 5% -ზე ოდნავ ნაკლები ოფიციალურად დეკლარირებულია, როგორც სპეციალურად დაცული ბუნებრივი ტერიტორია.
ინდოეთში ბინადრობენ ისეთი დიდი ცხოველები, როგორიცაა ინდური ლომი, ინდური სპილო, ინდური მარტორქა და ბენგალური ვეფხვი. გარდა ამისა, ჩლიქოსნებს შორის გავრცელებულია აზიური კამეჩი, გაური, ირმის რამდენიმე სახეობა (აქსისი, ზამბარი, ბარასინგა, მუნჯაკი და ა.შ.), და მტაცებლებს შორის — ლეოპარდი, თეთრწვერა დათვი (ან ჰიმალაის დათვი), დათვი ზარმაცა, ავაზა, ცივეტა, ინდური მგელი, ბენგალური მელა, ჩვეულებრივი ტურა, ზოლიანი ჰიენა და წითელი მგელი. ინდოეთში ასევე გავრცელებულია მაკაკები, წვრილი სხეულიანი მაიმუნები და მანგუსტები, რომლებიც ხშირად დასახლებულ ადგილებში ცხოვრობენ, ზოგჯერ ურბანულ ადგილებში.
ინდოეთის წყლებში აღმოჩენილია თევზის 2546 სახეობა (მსოფლიოს იხტიოფაუნის დაახლოებით 11%).
ამფიბიების კლასი წარმოდგენილია 197 სახეობით (მსოფლიოს ფაუნის 4,4%), ენდემიზმის მაღალი დონით.
ქვეწარმავლების კლასში ინდოეთში 408-ზე მეტი სახეობაა (მსოფლიოს ფაუნის 6%)
ჩიტების კლასი წარმოდგენილია დაახლოებით 1250 სახეობით (მსოფლიოს ავიფაუნის დაახლოებით 12%)
ინდოეთში ძუძუმწოვრების კლასს აქვს 410-ზე მეტი სახეობა (მსოფლიოს ფაუნის დაახლოებით 8,86%).
ინდოეთში ბიომრავალფეროვნების ყველაზე მნიშვნელოვანი ცენტრებია — დასავლეთის გატები და აღმოსავლეთ ჰიმალაიები.
2008 წლის ნოემბრის მონაცემებით, ინდოეთს აქვს 92 ეროვნული პარკი, 355 ველური ბუნების ნაკრძალი და სხვა დაცული ტერიტორიები. ყველაზე ცნობილ ნაციონალურ პარკებს შორის, რომლებიც ქვეყნის ბუნების ბუნებრივ გარემოში გაცნობის შესაძლებლობას იძლევა, არის: კორბეტი, ბანდჰავგარი, მუდუმალაი, სასან-გირ, კაზირანგა, კანჰა, კეოლადეო, სუნდარბანი, ერავიკულამი.