პროტოკოკოვანი წყალმცენარეები (ლათ. Protococcophyceae ანუ Chlorococcophyceae) — მწვანე წყალმცენარეების კლასი. აერთიანებს ერთუჯრედიან და კოლონიურ ფორმებს. ვეგეტატიურ მდგომარეობაში უძრავია. უჯრედი ერთ- ან მრავალბირთვიანია. უსქესო გამრავლება ხდება ზოოსპორებით ან ავტოსპორებით. სქესობრივი პროცესი იზოგამიაა. პროტოკოკოვანი წყალმცენარეები გავრცელებულია ყველგან მტკნარ წყალში, ნიადაგში და ნიადაგის ზედაპირზე, იშვიათად ზღვაში. ცხოვრებენ მრავალუჯრედიანი წყალმცენარეების თალუსში, ლიქენებში. მასობრივი გამრავლების დროს იწვევენ წყლის „აყვავებას“. პროტოკოკოვანი წყალმცენარეებს (ქლორელა, სცენედესმუსი) აშენებენ საკვებად გამოყენების და სხვა მიზნით.