1986년 축구대제전은 1983년에 출범한 한국 프로축구의 4번째 시즌으로, 공식 리그명이 '축구대제전 수퍼리그'에서 '축구대제전'으로 바뀌었다. 지난 시즌 참가했던 상무 축구단과 할렐루야 축구단이 리그를 탈퇴함에 따라 참가팀이 8팀에서 6팀으로 줄어들었다. 또한 단일리그에서 전 후기리그를 치르는 방식으로 리그 운영방식을 변경했다. 전기리그에 해당하는 춘계리그가 1986년 3월 2일 개막해 4월 20일에 마무리 되었으며, 후기리그에 해당하는 추계리그가 1986년 10월 11일 개막해 11월 16일에 마무리되었다. 춘계리그와 추계리그 사이의 리그 휴식기에는 프로팀만이 참가하는 프로축구선수권대회가 열렸으며 홈앤드 어웨이의 지역연고에 기반한(대우-부산,경남 럭키금성-대전,청주 유공-서울 포항제철-대구,경북 현대-인천,경기도) 리그를 실행하려 했지만 "지역연고지제가 지역감정 유발의 한 요인이 된다"는 체육부의 반대 때문에[1] 무산됐다.