포르투갈 동물학자 보카즈(José Vicente Barbosa du Bocage)가 1889년 처음 기술했다. 완모식표본은 포르투갈 박물학자 니우통(Francisco Newton)이 수집했다.[2]세계의 포유류 종 제3판에서는 꼬마긴가락박쥐(Miniopterus minor)의 아종(M. m. newtoni)으로 간주했지만[3] 2007년 이루어진 미토콘드리아 DNA 분석을 통해 꼬마긴가락박쥐와 니우통긴가락박쥐가 같은 종이 아니라는 사실이 밝혀졌다. 쥐스트 등(Juste et al.)은 니우통긴가락박쥐와 꼬마긴가락박쥐의 유전적 거리가 유의미하고 각각을 별도의 종으로 간주했다.[4]