크리스타(Crista)는 미토콘드리아의 내막으로, 접힌 구조를 가진다. 크리스타에는 ATP 합성효소와 시토크롬을 포함한 다양한 막단백질이 존재하는데, 이들은 전자 전달에 관여한다. 크리스타의 접혀진 구조는 수소 이온 수송이나, 전자 전달, ATP합성에 있어 큰 효율을 얻을 수 있다.
미토콘드리아 기질에서 TCA회로를 통해 공급받은 NADH와 FADH2는 내막의 효소에 의해 수소이온을 내 놓으며 산화된다. 이 때 방출된 고에너지의 전자가 전자 전달 효소 복합체를 지나며 단계적으로 에너지를 방출한다. 이렇게 방출된 에너지는 수소이온을 막간공간(내막과 외막 사이의 공간)으로 능동수송한다. 그 결과 내막을 경계로 미토콘드리아 기질(내막)과 외막 사이에 수소이온의 농도 기울기가 발생하며, 막간공간의 수소이온이 ATP 합성효소를 통해 확산 및 전계 이동되어 미토콘드리아 기질로 들어올 때 ATP이 합성된다. 한편, 전자 전달계를 지난 전자는 산소와 수소이온과 만나 물분자를 형성한다.