영선은 젊은 시절 홍파와 사랑하는 사이였으나, 며느리감으로 조건이 처진다는 이유로 홍파의 어머니 란실이 반대하자 결국 둘은 헤어지게 된다. 이후 영선은 아이를 임신한 사실을 알게 된다. 하지만 헤어짐의 슬픔과 화재로 부모님을 잃게 된 충격으로 영선은 단기 기억상실증에 걸리게 되고, 제대로 정신을 가눌 수 없는 상태에서 자경을 낳게 된다. 영선은 자경을 선배 부부에게 맡기고 선교사들과 함께 미국으로 건너가 왕모의 아버지와 결혼하여 딸 슬아를 낳는다.
한편, 자경의 양아버지는 양어머니가 일찍 세상을 떠나자 새 양어머니 배득과 결혼하여 남동생을 낳는다. 성격이 사납고 허영심 많은 배득은 자경을 모질게 구박한다. 자경이 스무 살이 되던 해 양아버지는 세상을 떠나자 배득은 양아버지의 유산을 주식 투자로 모두 날리고 자경에게 생활비를 책임질 것을 강요한다. 이에 자경은 다니던 대학교를 1년도 안 돼 그만두고 메이크업 아티스트 일을 시작하여 배득의 빚을 갚게 된다.
세월이 흘러 스물여덟 살이 된 자경은 메이크업을 봐주던 톱스타인 호적상 외삼촌 청하와 사귀게 되지만, 배득과 그의 언니 미향의 방해로 헤어지게 된다. 남편과 사별한 지 3년째가 된 영선은 헤어진 딸 자경을 애타게 찾고, 힘겹게 살고 있는 자경을 만나지만 자신이 엄마임을 밝히지는 않는다. 대신 자경의 행복을 위해 바르게 자란 자신의 의붓아들 왕모와 결혼시킨 후 시어머니가 되어 평생 함께 살면서 지금까지 못 줬던 사랑을 주기로 결심한다.[1]
2005년11월 9일에 발매된 '하늘이시여 OST'는 강렬한 음색을 가진 리아의 강렬하면서도 애절한 타이틀 곡 '내 가슴에게 미안해'를 비롯 전체적으로 애절하면서도 서정적이며 부드러운 곡들을 담고 있다. 특히 4번 트랙의 'Lascia ch"io pianga (울게하소서)'는 2005년10월 8일 ~ 10월 9일, 10월 12일 ~ 10월 13일 4일 동안 대한민국에서의 최초이자 마지막 공연을 펼친 그리스 톱가수 나나 무스쿠리가 직접 OST 제작에 참여하여 녹음한 노래이다. 배급은 Universal Music이 맡았다.
원래 총 50부작으로 제작될 예정이었지만 임성한 작가가 자신이 보유한 스토리를 바탕으로 30회 연장해 줄 것을 요구하자, 검토 끝에 2005년11월 16일 10회 연장을 결정하여 총 60부작이 되었다. 추가 연장은 추후 시청률에 따라 결정하기로 하였다.[2]
시청률 30%를 돌파하자, 2006년2월 26일 다시 15회를 추가로 연장하여 총 75부작 제작을 결정하였다.[3]
시청자들은 시청률만 좋으면 늘어나는 드라마 제작 편수에 대해 비판하였고, 무리한 연장으로 인해 극의 이야기 전개가 허술해지고 느려질 것에 대해 우려하였다. 그러나 제작진은 원래 임성한 작가가 100부작으로 기획했던 것을 SBS의 요구로 50부작으로 줄인 상황이었기 때문에 억지로 이야기를 늘린 것은 아니며, 드라마의 남은 내용을 기승전결로 전개하는 과정없이 사건 위주로만 나열하게 되면 시청자에게 감동을 줄 수 없다고 설명하였다.[4]
제작진은 임성한 작가가 줄곧 100부작 제작을 요구했던 상황이었으며, 50부작 편성이 결정될 당시 "이 드라마는 자경과 왕모의 결혼 이후 스토리가 주다. 50부작으로 방송된다면 결혼식까지만 스토리가 전개될 것"이라고 밝힌 바 있다. 또한 10회 연장 결정 전에는 "하늘이시여는 파장도 클 것이고 그 안에 여러 이야기가 숨겨져 있어 연장을 했으면 좋겠다"고 말한 적이 있다.
2006년4월 11일, 다시 6회를 늘려 총 81부작 제작을 결정하였다. 이에 대해 SBS 외주제작팀 관계자는 2006년6월 3일부터 시작될 후속 드라마가 월드컵 일정으로 인한 편성 변화로 늦게 시작하게 되었으며, 2회를 늘리려 하였으나 임성한 작가가 4~6회분이 필요하다고 해 6회 연장을 결정했다고 말하였다.[5]
2006년5월 19일, 마지막으로 4회를 늘려 총 85부작 제작을 최종 결정하였다. 이에 대해 후속 드라마의 준비과정이 길어지고 월드컵 시즌이 겹쳐 2주 연장 방송을 결정했다고 밝혔다. 결국 작가가 제시했던 30회 연장을 넘어 원래 기획했던 100부작과 불과 15회 차이 밖에 안 날 정도로 편수가 늘어나게 되었다.[6]
후속작으로 《101번째 프러포즈》가 방영될 예정이었지만 해당 드라마의 연장[7]에 따라 월화극으로 편성이 바뀐 바 있고, 그 자리에는 《연개소문》이 대신했다.