활주 집게

핵공(자홍색)을 통해 모델링한 이중 가닥 DNA에 PCNA 활주 집게가 부착된 단백질 단일삼량체(무지개색, N 말단 = 파란색, C 말단 = 빨간색)의 상단 및 측면도^[1]

초저온 전자현미경으로 관찰한 DNA 결합 PolD-PCNA복합체의 구조

PolD-PCNA 복합체의 결합에 의한 DNA 구조 변화

활주 집게 또는 슬라이딩 클램프, DNA 클램프는 DNA 복제 시 진행성 촉진 인자 역할을 하는 단백질 복합체이다. DNA 중합효소 III의 중요한 구성 요소인 클램프 단백질은 DNA 중합효소에 결합하여 효소가 주형가닥 DNA에서 떨어져 나가는 것을 방지한다. 클램프와 중합효소 간 단백질-단백질 상호작용은 중합효소와 주형가닥 DNA 사이의 상호작용보다 더 강하고 특이적이다. 중합효소와 주형가닥의 결합은 DNA 합성 반응의 속도 제한에 영향을 미치기 때문에, 활주 집게가 있으면 중합효소 결합 시 전사 가닥에 뉴클레오타이드가 부착하는 속도를 크게 증가시킨다. 활주 집게를 처리하면 비처리 중합효소에 비해 DNA 합성 속도를 최대 1,000배까지 증가시킬 수 있다.^[2]

각주

1. PDB 1W60; Kontopidis G, Wu SY, Zheleva DI, Taylor P, McInnes C, Lane DP, 외. (February 2005). “Structural and biochemical studies of human proliferating cell nuclear antigen complexes provide a rationale for cyclin association and inhibitor design”. 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 102 (6): 1871–1876. doi:10.1073/pnas.0406540102. PMC 548533. PMID 15681588. 
2. Mizrahi V, Henrie RN, Marlier JF, Johnson KA, Benkovic SJ (July 1985). “Rate-limiting steps in the DNA polymerase I reaction pathway”. 《Biochemistry》 24 (15): 4010–4018. doi:10.1021/bi00336a031. PMID 3902078. 

참고 문헌

• Clamping down on pathogenic bacteria– how to shut down a key DNA polymerase complex. Quips at PDBe 보관됨 2013-08-02 - archive.today
• Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R (2004). 《Molecular Biology of the Gene》. San Francisco: Pearson/Benjamin Cummings. ISBN 978-0-8053-4635-0. 

외부 링크

• 위키미디어 공용에 활주 집게 관련 미디어 분류가 있습니다.
• SCOP DNA clamp fold
• CATH box architecture
• 의학주제표목 (MeSH)의 clamp+protein+DnaN,+E+coli