Во 17 век и XVIII век, Голема Монголија (без Бурјатија и Алтај) станале дел од кинеското царство на династијата Ќинг. Дури и пред да се формира дијнастијата, повеќе монголски племиња биле принудувани да се приклучат кон Манчуската држава од страна на Лигден Хан. После поразот и смртта на Лигден Кан, неговиот син морал да управува со државата. Повеќето од територијата што денес е позната како Внатрешна Монголија припаѓала кон новата држава. Надворешна Монголија се приклучила во 1691 година кога биле поразени од ѕунгарите и ги оставило без шанса за опстанок како независна единка. Хошудите во Ќингхај биле освоени во 1723- 1724 година, а нивната територија 1756 - 1757. Последните монголци што се припиоле кон империјата биле торгудските калмици во 1771 година.
Монголија била поделена на два дела: Внатрешна Монголија и Надворешна Монголија, поделба што и денес опстојува.
Внатрешна Монголија[1]
Наредните биле директно контролирани од манчускиот император:
Надворешна Монголија