B3 ДНК-врзувачкиот домен (DBD) е високо сочуван домен , кој се наоѓа исклучиво во транскрипционите фактори кај васкуларните растенија (≥40 видови) (Pfam PF02362 ), во комбинација со други домени (InterPro : IPR003340 ). Овој домен се состои од 100-120 аминокиселински остатоци, вклучувајќи седум бета нишки и два алфа-завојницаа , кои формираат ДНК-врзувачки псевдоцилиндричен (анг. pseudobarrel) белковински склоп (SCOP 117343 Архивирано на 8 декември 2015 г. ). Тој стапува во интеракција со големиот жлеб на ДНК молекулата.[ 1]
Во Arabidopsis thaliana , постојат три главни фамилии на транскрипциони фактори кои го содржат B3 доменот:[ 2]
ARF (од анг. A uxin R esponse F actors - фактори на одговор на ауксин)
ABI3 (од анг. AB scisic acid I nsensitive3 - фактор кој не е осетлив на апсцисинска киселина)
RAV (од анг. R elated to A BI3/V P1 - фактор кој е сроден со A BI3/V P1)
белковина
ARF1-B3
ABI3-B3
RAV1-B3
B3 структура изведена од
молекуларен модел[ 1]
молекуларен модел[ 1]
NMR[ 1]
B3 низа на препознавање
TGTCTC[ 3] [ 4]
CATGCA[ 5] [ 6]
CACCTG[ 7]
PDB : 1WID [ 1] и PDB : 1YEL [ 8] се единствените познати NMR структури (со фаза раствор) на B3 ДНК-врзувачкиот домен.
N-терминалниот домен на рестрикционата ендонуклеаза EcoRII и C-терминалниот домен на рестрикционата ендонуклеаза BfiI поседуваат сличен ДНК-врзувачки псевдоцилиндричен (анг. pseudobarrel) белковински склоп.[ 9] [ 10]
↑ 1,0 1,1 1,2 1,3 1,4 „Solution Structure of the B3 DNA Binding Domain of the Arabidopsis Cold-Responsive Transcription Factor RAV1“ . Plant Cell . 16 (12): 3448–59. 2004. doi :10.1105/tpc.104.026112 . PMC 535885 . PMID 15548737 .
↑ „Arabidopsis transcription factors: genome-wide comparative analysis among eukaryotes“. Science . 290 (5499): 2105–10. 2000. doi :10.1126/science.290.5499.2105 . PMID 11118137 .
↑ „ARF1, a transcription factor that binds to auxin response elements“. Science . 276 (5320): 1865–8. 1997. doi :10.1126/science.276.5320.1865 . PMID 9188533 .
↑ „The Roles of Auxin Response Factor Domains in Auxin-Responsive Transcription“ . Plant Cell . 15 (2): 533–43. 2003. doi :10.1105/tpc.008417 . PMC 141219 . PMID 12566590 .
↑ „The conserved B3 domain of VIVIPAROUS1 has a cooperative DNA binding activity“ . Plant Cell . 9 (5): 799–807. 1997. doi :10.1105/tpc.9.5.799 . PMC 156957 . PMID 9165754 .
↑ „Transactivation of the Brassica napus napin promoter by ABI3 requires interaction of the conserved B2 and B3 domains of ABI3 with different cis-elements: B2 mediates activation through an ABRE, whereas B3 interacts with an RY/G-box“. Plant J . 24 (1): 57–66. 2000. doi :10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x . PMID 11029704 .
↑ „RAV1, a novel DNA-binding protein, binds to bipartite recognition sequence through two distinct DNA-binding domains uniquely found in higher plants“ . Nucleic Acids Res . 27 (2): 470–8. 1999. doi :10.1093/nar/27.2.470 . PMC 148202 . PMID 9862967 .
↑ Waltner, J.K.; Peterson, F.C.; Lytle, B.L.; Volkman, B.F. (2005). „Structure of the B3 domain from Arabidopsis thaliana protein At1g16640“ . Protein Sci . 14 (9): 2478–83. doi :10.1110/ps.051606305 . PMC 2253459 . PMID 16081658 .
↑ „Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold“. J. Mol. Biol . 335 (1): 307–19. 2004. doi :10.1016/j.jmb.2003.10.030 . PMID 14659759 .
↑ „Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease“ (PDF) . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A . 102 (44): 15797–802. 2005. doi :10.1073/pnas.0507949102 . PMC 1266039 . PMID 16247004 .