Бромодомен
| Бромодомен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Лента дијаграм на GCN5 бромодомен од Saccharomyces cerevisiae, обоен од сино (N-терминал) до црвено (C-терминал).[1] | |||||||||
| Назнаки | |||||||||
| Симбол | Бромодомен | ||||||||
| Pfam | PF00439 | ||||||||
| InterPro | IPR001487 | ||||||||
| SMART | SM00297 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00550 | ||||||||
| SCOP | 1b91 | ||||||||
| SUPERFAMILY | 1b91 | ||||||||
| CDD | cd04369 | ||||||||
| |||||||||
Бромодомен е белковински домен од околу 110 аминокиселински остатоци, кој ги препознава ацетилираните лизински остатоци, како што се оние на N-терминалните опашки на хистоните. Бромодомените, како „читачи“ на лизинската ацетилација, се одговорни за пренос на сигналот кој го носат ацетилираните лизински остатоци и негово преведување во различни нормални или абнормални фенотипови.[2] Нивниот афинитет е поголем за региони каде постојат повеќе места за ацетилација во близина. Ова препознавање често е предуслов за асоцијацијата помеѓу белковината и хистонот и ремоделирање на хроматинот. Овој домен има исклучиво-алфа белковински склоп, поточно сноп од четири алфа-завојницаа, од кои секој е одделен со петелка со варијабилна должина, кои формираат хидрофобен џеб кој го препознава ацетил лизинот.[3]
Откритие
[уреди | уреди извор]Бромодоменот бил идентификуван како нов структурен мотив од Џон В. Тамкун и неговите колеги, кои го проучувале Brahma/brm генот на Drosophila и покажале сличност во низата со гените вклучени во транскрипционата активација.[4] Името „бромодомен“ е изведен од името на генот Brahma, а не е поврзано со хемискиот елемент бром.
Белковини кои содржат бромодомен
[уреди | уреди извор]Белковините кои содржат бромодомен можат да имаат широк спектар на функции, од хистонска ацетилтрансферазна активност и хроматинско ремоделирање до посредство во транскрипцијата и коактивација. Од 43 познати белковини кои содржат бромодомен во 2015 година, 11 имаат два бромодомена, а еден има 6 бромодомена.[2] Подготовката, биохемиската анализа и структурното определување на белковините кои содржат бромодомени се детално опишани.[5]
Фамилија на бромодомен и екстратерминален домен (BET)
[уреди | уреди извор]Еден добро познат пример за фамилија на бромодомени е фамилијата BET (од анг. Bromodomain and extraterminal domain). Членови на оваа фамилија се BRD2, BRD3, BRD4 и BRDT.
Други
[уреди | уреди извор]Сепак, белковините како ASH1L, исто така, содржат бромодомен. Дисфункцијата на BRD белковините е поврзана со болести како што се карцином на сквамозни клетки и други форми на рак.[6] Хистонските ацетилтрансферази, вклучувајќи ги EP300 и PCAF, покрај ацетил-трансферазни домени имаат и бромодомени.[7][8][9]
Не се сметаат за дел од BET фамилијата (но сепак содржат бромодомен) се BRD7 и BRD9.
Поврзано
[уреди | уреди извор]Наводи
[уреди | уреди извор]- ↑ PDB: 1e6i ; Owen DJ, Ornaghi P, Yang JC, Lowe N, Evans PR, Ballario P, Neuhaus D, Filetici P, Travers AA (November 2000). „The structural basis for the recognition of acetylated histone H4 by the bromodomain of histone acetyltransferase gcn5p“. EMBO J. 19 (22): 6141–9. doi:10.1093/emboj/19.22.6141. PMC 305837. PMID 11080160.
- ↑ 2,0 2,1 Ntranos, Achilles; Casaccia, Patrizia (2016). „Bromodomains: Translating the words of lysine acetylation into myelin injury and repair“. Neuroscience Letters. 625: 4–10. doi:10.1016/j.neulet.2015.10.015. PMC 4841751. PMID 26472704.
- ↑ Zeng L, Zhou MM (February 2002). „Bromodomain: an acetyl-lysine binding domain“. FEBS Lett. 513 (1): 124–8. doi:10.1016/S0014-5793(01)03309-9. PMID 11911891.
- ↑ „brahma: a regulator of Drosophila homeotic genes structurally related to the yeast transcriptional activator SNF2/SWI2“. Cell. 68 (3): 561–72. February 1992. doi:10.1016/0092-8674(92)90191-E. PMID 1346755.
- ↑ Ren, C; Zeng, L; Zhou, MM (2016). „Preparation, Biochemical Analysis, and Structure Determination of the Bromodomain, an Acetyl-Lysine Binding Domain“. Methods in Enzymology. 573: 321–43. doi:10.1016/bs.mie.2016.01.018. PMID 27372760.
- ↑ Filippakopoulos, Panagis (2012). „Histone Recognition and Large-Scale Structural Analysis of the Human Bromodomain Family“. Cell. 149 (1): 214–231. doi:10.1016/j.cell.2012.02.013. PMC 3326523. PMID 22464331.
- ↑ Dhalluin, C; Carlson, J. E.; Zeng, L; He, C; Aggarwal, A. K.; Zhou, M. M.; Zhou, Ming-Ming (1999). „Structure and ligand of a histone acetyltransferase bromodomain“. Nature. 399 (6735): 491–6. doi:10.1038/20974. PMID 10365964.
- ↑ Santillan, D. A.; Theisler, C. M.; Ryan, A. S.; Popovic, R; Stuart, T; Zhou, M. M.; Alkan, S; Zeleznik-Le, N. J. (2006). „Bromodomain and histone acetyltransferase domain specificities control mixed lineage leukemia phenotype“. Cancer Research. 66 (20): 10032–9. doi:10.1158/0008-5472.CAN-06-2597. PMID 17047066.
- ↑ Hay, D. A.; Fedorov, O; Martin, S; Singleton, D. C.; Tallant, C; Wells, C; Picaud, S; Philpott, M; Monteiro, O. P. (2014). „Discovery and optimization of small-molecule ligands for the CBP/p300 bromodomains“. Journal of the American Chemical Society. 136 (26): 9308–19. doi:10.1021/ja412434f. PMC 4183655. PMID 24946055.