Кариерата ја започнал во Вардар при што со него го освоил Купот на Македонија. Веднаш следната сезона се преселил во АМАК СП од Охрид. Таму останал две сезони и со клубот во 2009 година го освоил Купот на Македонија. По распаѓањето на АМАК СП во 2009 година, тој ја започнал својата меѓународна кариера во екипата на Напредак Крушевац од Србија, играјќи таму една сезона. За следната сезона 2010-2011, се вратил во Македонија во Фени Индустри, клуб со кој го освоил македонското првенство и Балканската лига.
Во сезоната 2013-2014, потпишал за германскатаАлба Берлин. Во својата прва сезона во клубот Војдан и помогнал на Алба да го освои Купот на Германија, совладувајќи го Улм во финалето со 86-80. Во летото 2014 година му пропаднал трансферот во Бремерхафен,[1][2][3] па веднаш потоа потпишал нов договор со Алба Берлин. Во сезоната 2014-2015, Војдан со клубот од Берлин дебитирал во Евролигата, каде одиграл 11 натпревари со просек од 4,3 бода, 1,2 скокови и 1,2 асистенции по натпревар.
На крајот на јануари 2015 година, Војдан ја напуштил Алба Берлин и се преселил во МораБанк Андора во шпанскатаАЦБ лига.[4][5][6] Во август 2016 година, се преселил во Севиља,[7] односно Реал Бетис како ново спонзорско име на клубот.[8]
На крајот на јуни 2017 година, потпишал за турскиот клуб Бујукчекмеџе од Истанбул.[9][10] За сезоната 2018/19, односно во август, Војдан потпишал за германскиот клуб Олденбург.[11][12] На почетокот на јули, на Војдан му завршила соработката со германскиот клуб.[13][14] По пет месеци без клуб, во декември 2019 година тој потпишал за францускиот клуб По Лак Ортез.[15][16] По истекот на едномесечниот договор со По Ортез, во средината на јануари 2020 година, Војдан се преселил во клубот Гравелин-Данкерк кој исто бил од Франција.[17][18] Во мај, Војдан ја продолжил соработката со Данкерк за следната сезона.[19][20] Во март 2021, за време на тренинг, Војдан се здобил со посериозна повреда на левото колено, со што за него завршила сезоната 2020/21.[21][22]
Во јануари 2020 година, селекторот на Македонија, Александар Тодоров го објавил поширокиот состав за февруарските квалификации за Евробаскетот 2021 во кој бил вклучен Војдан.[24] Потоа во февруари, тој бил избран во составот на репрезентацијата.[25]
↑„Војдан Стојановски потпиша за Гравелин Данкерк“. ekipa.mk преку web.archive.org. 13 јануари 2020. Архивирано од изворникот на 2020-01-14. Посетено на 14 јануари 2020.CS1-одржување: бот: непознат статус на изворната URL (link)
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
Алба Берлин
