Својата кариера ја започнал во Работнички во сезоната 1996/97. За сезоната 1997/98, Рајковиќ се преместил во Куманово. За следната сезона, Емил се вратил во Работнички со кој го освоил Првенството 1999 и 2001.[1]Следната сезона играл сè уште во Работнички, станувајќи вицепрвак во Купот 2002 и првак во Првенството. Сезоната 2002/03, потпишал за Вардар.[2] Но за време на таа полусезона, Емил Рајковиќ го напуштил Вардар.[3] Во јануари 2003 година, Рајковиќ потпишал за грчки Нир Ист.[1] За сезоната 2002/04, тој се вратил во Македонија, поточно во МЗТ Аеродром. Во сезоната 2004/05, Рајковиќ настапувал за струшкиФон.
Рајковиќ од 2003 до 2005 година бил тренер младинската школа на Торус. За сезоната 2005/06 станал помошник тренер на прволигашотТоа Сум Јас.[1][4] За сезоната 2006/07, Емил станал помошник тренер во Фени Индустри, каде останал на таа позиција сè до Супер лигата и станал главен тренер. Во сезоната 2007/08, Рајковиќ со Фени ја Купот 2008 и Првенството. Следната сезона бил вицепрвак во Лигата. Во сезоната 2009/10, Емил Рајковиќ повторно ја освоил двојната круна со Фени. Во следната сезона, Рајковиќ ја одбранил титулата во домашното Првенство, и исто така ја освоил Балканската лига во истата сезона. Во сезоната 2011/12, Рајковиќ со Фени бил вицепрвак во Лигата и Купот. Сезоната 2012/13 ја започнал во Фени Индустри, но во јануари 2013 година потпишал две и пол годишен договор со Работнички.[5][6] Со Работнички бил вицепрвак во сезоната 2013/14. Во јули 2014 година, Рајковиќ потпишал за полски Сласк Вроцлав,[7] Рајковиќ во Сласк бил тренер сè до елиминацијата во разигрувањето кога го напуштил кормилото.[8] За следната сезона, Емил повторно станал тренер на Сласк.[9] Во јуни 2016 година, Емил потпишал за МЗТ Аеродром.[10][11][12] Со МЗТ, Рајковиќ со освоил Суперкупот на Македонија 2016. Поради лошите резултати во АБА лигата, Рајковиќ си дал оставка како тренер од клубот.[13][14][15] Веднаш потоа Емил се вратил во Полска и потпишал за Стал Острув Вјелкополски.[16][17] За сезоната 2017/18, Рајковиќ со Стал станал вицепрвак во полското првенство.[18][19] Во јули 2018 година, Рајковиќ ја сменил средината и потпишал за Астана од Казахстан.[20][21] За сезоната 2019/20, Рајковиќ продолжил како тренер на Астана.[22][23] Таа сезона Рајковиќ не ја завршил до крај бидејќи домашното казахстанско првенство и ВТБ лигата, со одлука на нивните извршни органи во март, биле принудени да се прекинат поради ширењето на COVID-19.[24] На крајот на мај, казахстанската федерација службено го прекинала првенството и ја прогласила Астана, а со тоа и Рајковиќ, како првак.[25][26] Во март 2021 година, Рајковиќ и Астана со освоиле Купот на Казахстан.[27] По освојувањето на третата првенствена титула,[28] тој ја напуштил КК Астана и се вратил во Македонија.[29]
↑„Шампионската титула за Рајковиќ!“. basketball.mk преку web.archive.org. 23 мај 2020. Архивирано од изворникот на 2020-05-24. Посетено на 24 мај 2020.CS1-одржување: бот: непознат статус на изворната URL (link)
↑„Крај во Казахстан, титулата за Рајковиќ и Астана“. sportmedia.mk преку web.archive.org. 23 мај 2020. Архивирано од изворникот на 2020-05-24. Посетено на 24 мај 2020.CS1-одржување: бот: непознат статус на изворната URL (link)
↑„Емил Рајковиќ освои нов трофеј со Астана“. ekipa.mk преку web.archive.org. 16 март 2021. Архивирано од изворникот на 2021-03-21. Посетено на 21 март 2021.CS1-одржување: бот: непознат статус на изворната URL (link)