Зелени несулфурни бактерии

Зелени несулфурни бактерии
Научна класификација
Домен: Bacteria
Колено: Chloroflexi
Класа: Chloroflexia
Редови и подредови

Herpetosiphonales

Chloroflexales

  • Chloroflexineae
  • Roseiflexinae

Зелените несулфурни бактерии (Chloroflexia) се една од шестте класи на бактерии во коленото Chloroflexi, кои се исто така познати како филаментозни аноксигени фототрофи. Тие произведуваат енергија од светлината и се именувани според зелениот пигмент бактериохлорофил с кој се наоѓа во посебни фотосинтетски тела наречени хлорозоми.

Зелените несулфурни бактерии се обично филаментозни, и може да се движат со помош на бактериско лизгање. Тие се факултативни аероби, но не произведуваат кислород во процесот на фототрофија како цијанобактериите. Овие бактерии се фотохетеротрофи и не се вистински фотосинтетски бактерии.

Додека повеќето бактерии, во смисла на разновидност, се дидермални и се бојат Грам-негативно (со исклучок на Firmicutes, Actinobacteria и Deinococcus-Thermus, кои се Грам-позитивни), членовите на коленото Chloroflexi се монодермални и најчесто се бојат Грам-негативно.[1][2][3]

Таксономија и молекуларни обележја

[уреди | уреди извор]

Класата Chloroflexia е група на длабоко разгранувачки фототрофни бактерии (со исклучок на видовите на Herpetosiphon и Kallotenue), која опфаќа три реда: Chloroflexales, Herpetosiphonales, и Kallotenuales.[4][5][6][7][8] Редовите Herpetosiphonales и Kallotenuales содржат по една фамилија и по еден род: Herpetosiphonaceae (Herpetosiphon) и Kallotenuaceae (Kallotenue), соодветно; додека Chloroflexales се филогенетски поразнообразни.

Компаративните геномски анализи неодамна ја имаат ажурирано таксономијата на класата Chloroflexia, делејќи го редот Chloroflexales во подредот Chloroflexineae кој ги содржи фамилиитеOscillachloridaceaeи Chloroflexaceae, и подредотRoseiflexineaeкој ја содржи фамилијатаRoseiflexaceae. Ревидираната таксономија беше заснована на идентификација на бројни CSIs (анг. соnserved signature inserts and deletions) кои претставуваат ефикасни молекуларни маркери за одредување на заедничко потекло.[9][10][11][12] Дополнителна поддршка за поделбата на Chloroflexales во двата подреда се разликите во физиолошките одлики, каде што секој подред има различен профил на каротиноиден, хинонски, и масно киселиниски состав.[13][14] Во прилог на демаркирање на таксономската припадност, CSIs може да играат улога во специфичните одлики на членовите во рамките на одреден таксон. На пример, сегмент од четири аминокиселини во ензимот пируват флаводоксин/фередоксин оксидоредуктаза, белковина која игра важна улога во фотосинтетските организми, најдена е исклучиво кај членовите на родот Chloroflexus, и се смета дека игра значајна функционална улога.[15][16] Со користењето на CSIs дополнителна истрага е направена за демаркација на филогенетската позиција на Chloroflexia во однос на соседните фотосинтетски групи како што е Cyanobacteria.[17] Најдено е дека Chloroflexia и Chlorobi споделуваат CSI, а се толкува дека настанал како резултат на хоризонтален трансфер на гени.[18]

Таксономија

[уреди | уреди извор]

Ова е моментално прифатената таксономија на зелените несулфурни бактерии:[19]

  • Ред Chloroflexales
    • Подред Chloroflexineae
      • Фамилија Chloroflexaceae Trüper 1976 emend. Gupta et al. 2013
        • Род Chloroflexus Pierson and Castenholz 1974
          • C. aggregans Hanada et al. 1995
          • C. aurantiacus Pierson and Castenholz 1974
      •   Фамилија Oscillochloridaceae Keppen 2000 emend. Gupta et al. 2013
        • Род Oscillochloris Gorlenko and Pivovarova 1989 emend. Keppen et al. 2000
          • O. chrysea Gorlenko and Pivovarova 1989
          • O. trichoides (ex Szafer) Gorlenko and Korotkov 1989 emend. Keppen et al. 2000
        • Род Chloronema Dubinina and Gorlenko 1975
          • Chloronema giganteum Dubinina and Gorlenko 1975
    • Подред Roseiflexineae
      • Фамилија Roseiflexaceae Gupta et al. 2013
        • Род Roseiflexus Hanada et al. 2002
          • Roseiflexus castenholzii Hanada et al. 2002
        • Род Heliothrix Pierson et al. 1986
          • Heliothrix oregonensis Pierson et al. 1986
  • Ред "Herpetosiphonales"
    • Фамилија "Herpetosiphonaceae"
      • Род Herpetosiphon Холт and Lewin 1968
        • H. aurantiacus Холт and Lewin 1968
        • H. geysericola (Copeland 1936) Lewin 1970

Дополнително, "Kouleothrix aurantiaca" и "Dehalobium chlorocoercia" не се целосно опишани.

Потекло на поимот

[уреди | уреди извор]

Името "Chloroflexi" е неолатински множина од "Chloroflexus", што е името на првиот опишан род. Именката е комбинација од грчкиот збор chloros (χλωρός)[20] што значи "зеленикаво-жолт" и латинскиот flexus (од flecto)[21] што значи "виткање", со значење "зелено свиткување".[22] Името нема врска со хемискиот елемент хлор.

Наводи

[уреди | уреди извор]
  1. ↑ Sutcliffe, I. C. (2010). „A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture“. Trends in Microbiology. 18 (10): 464–470. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
  2. ↑ Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). „Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria“. Arch Microbiol. 196 (4): 307–310. doi:10.1007/s00203-014-0964-4. PMID 24535491.
  3. ↑ Gupta RS (2003). „Evolutionary relationships among photosynthetic bacteria“. Photosynth Res. 76 (1–3): 173–183. doi:10.1023/A:1024999314839. PMID 16228576.
  4. ↑ Gupta RS, Chander P, George S (2013). „Phylogenetic framework and molecular signatures for the class Chloroflexia and its different clades; proposal for division of the class Chloroflexia class. nov. [corrected] into the suborder Chloroflexineae subord. nov., consisting of the emended family Oscillochloridaceae and the family Chloroflexaceae fam. nov., and the suborder Roseiflexineae subord. nov., containing the family Roseiflexaceae fam. nov“. Antonie Van Leeuwenhoek. 103 (1): 99–119. doi:10.1007/s10482-012-9790-3. PMID 22903492.
  5. ↑ Cole JK, Gieler BA, Heisler DL, Palisoc MM, Williams AJ, Dohnalkova AC, Ming H, Yu TT, Dodsworth JA, Li WJ, Hedlund BP (2013). „Kallotenue papyrolyticum gen. nov., sp. nov., a cellulolytic and filamentous thermophile that represents a novel lineage (Kallotenuales ord. nov., Kallotenuaceae fam. nov.) within the class Chloroflexia“. Int J Syst Evol Microbiol. 63 (Pt 12): 4675–82. doi:10.1099/ijs.0.053348-0. PMID 23950149.
  6. ↑ Gupta RS, Mukhtar T, Singh B (1999). „Evolutionary relationships among photosynthetic prokaryotes (Heliobacterium chlorum, Chloroflexus aurantiacus, cyanobacteria, Chlorobium tepidum and proteobacteria): implications regarding the origin of photosynthesis“. Mol Microbiol. 32 (5): 893–906. doi:10.1046/j.1365-2958.1999.01417.x. PMID 10361294.
  7. ↑ Sayers; и др. „Chloroflexia“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Посетено на 2016-10-25.
  8. ↑ Euzeby J (2013). „List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63: 1577–1580. doi:10.1099/ijs.0.052571-0.
  9. ↑ Gupta RS (2016). „Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification“. FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi:10.1093/femsre/fuw011. PMID 27279642.
  10. ↑ Gupta, R. S. (1998). „Protein phylogenies and signature sequences: A reappraisal of evolutionary relationships among archaebacteria, eubacteria, and eukaryotes“. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR. 62 (4): 1435–1491. PMC 98952. PMID 9841678.
  11. ↑ Rokas, A.; Holland, P. W. (2000). „Rare genomic changes as a tool for phylogenetics“. Trends in Ecology & Evolution. 15 (11): 454–459. doi:10.1016/S0169-5347(00)01967-4. PMID 11050348.
  12. ↑ Gupta, R. S.; Griffiths, E. (2002). „Critical issues in bacterial phylogeny“. Theoretical population biology. 61 (4): 423–434. doi:10.1006/tpbi.2002.1589. PMID 12167362.
  13. ↑ Hanada S, Pierson BK (2006) The Family Chloroflexaceae. In: The prokaryotes: a handbook on the biology of bacteria, pp. 815-842. Eds Dworkin M, Falkow S, Rosenberg E, Schleifer KH, Stackebrandt E Springer-: New York.
  14. ↑ Pierson BK, Castenholz RW (1992) The Family Chloroflexaceae. In: The prokaryotes, pp. 3754-3775. Eds Balows A, Truper HG, Dworkin M, Harder W, Schleifer KH Springer-: New York.
  15. ↑ Gupta RS (2010). „Molecular signatures for the main phyla of photosynthetic bacteria and their subgroups“. Photosynth Res. 104: 357–372. doi:10.1007/s11120-010-9553-9. PMID 20414806.
  16. ↑ Stolz, F. M.; Hansmann, I. (1990). „An MspI RFLP detected by probe pFMS76 D20S23 isolated from a flow-sorted chromosome 20-specific DNA library“. Nucleic Acids Research. 18 (7): 1929. doi:10.1093/nar/18.7.1929. PMC 330654. PMID 1692410.
  17. ↑ Khadka B, Adeolu M, Blankenship RE, Gupta RS (2016). „Novel insights into the origin and diversification of photosynthesis based on analyses of conserved indels in the core reaction center proteins“. Photosynth Res. Epub ahead of print. doi:10.1007/s11120-016-0307-1. PMID 27638319.
  18. ↑ Gupta RS (2012). „Origin and spread of photosynthesis based upon conserved sequence features in key bacteriochlorophyll biosynthesis proteins“. Mol Biol Evol. 29 (11): 3397–412. doi:10.1093/molbev/mss145. PMID 22628531.
  19. ↑ EUZéBY, J. P. (1997). „List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a Folder Available on the Internet“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 47 (2): 590–592. doi:10.1099/00207713-47-2-590.
  20. ↑ χλωρός. Henry George Liddell, Robert Scott. A Greek-English Lexicon - Perseus Project
  21. ↑ Lewis, Charlton T. and Charles Short, A Latin Dictionary. Oxford: Clarendon Press, 1879. Online version at Perseus
  22. ↑ Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (July 26, 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (уред.). Introductory Essays. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2A (2. изд.). New York: Springer. стр. 304. ISBN 978-0-387-24143-2. British Library no. GBA561951.

Литература

[уреди | уреди извор]
  • Garrity GM, Holt JG (2001). „Phylum BVI. Chloroflexi phy. nov“. Во D.R. Boone and R.W. Castenholz, eds. (уред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria (2. изд.). New York: Springer Verlag. стр. 169. ISBN 978-0-387-98771-2.CS1-одржување: излишен текст: список на уредници (link)