Во 2010 година имало околу 5,000 муслимани во Словачка и тие претставуваат помалку од 0,1% од вкупното население во земјата.[2] Во 17 век делови од централна и јужна Словачка биле окупирани од страна на отоманските Турци и биле приспоени кон Ујварскиот ејалет (како и Егерискиот елајет), по неколку децении турски населби беа воспоставени и во регионот Ноград. Турците исто така имале сизеренство над кнежевството Горна Унгарија, кое ја контролирала источна Словачка.
Децении по унгарскиот пораз за време на Мохачката битка (1526) турските војници го окупираа Штурово (Паркани) и други делови на денешна јужна централна Словачка и ги поддржуваа протестантските христијански групи додека хабсбуршките австриски војници ги окупираа и рекатолизираа северните и западните делови. Подоцна, Турците освоиле уште неколку територии во јужниот дел на централна Словачка и ги ограбиле териториите сè до Нитра. Сепак, кога Турците биле поразени при Опсадата на Виена и османлискиот вазал Имре Токоли беше поразен во Словачка, меѓу 1687 и 1699 конечно беше ставен крај на турското османлиско владеење во Унгарија.
Поголемиот дел од муслиманите во Словачка се бегалци од поранешна Југославија (Бошњаци и Албанци) или работници од денешна Турција (Турци), покрај нив има и неколку арапски студенти и работници мигранти од Јужна и Југоисточна Азија. Поголемиот дел од муслиманите живеат во главниот град Братислава, но помали заедници исто така постојат и во Кошице и Мартин.
Словачка е единствената земја-членка на Европската Унија без џамија.[3] Во 2000 година имаше спор за изградба на исламски центар во Братислава: градоначалникот на капиталот ги одби овие обиди на словачката Исламска фондација.
Во 2015 година, за време на европската мигрантска криза, Словачка се согласи да прифати 200 христијански баратели на право на азил, но одби да прифати муслимани во рамки на планот на ЕУ за распределување на мигранти помеѓу земјите-членки. Министерството за внатрешни работи на Словачка објасни дека оваа одлука била донесена поради отсуството на муслимански места за богослужба во Словачка што наводно ќе ја комплицира интеграцијата на бегалците во словачкото општество. Одлуката беше критикувана од страна на Европската Унија, која се сомневала во нејзината законитост и изрази загриженост за нејзината дискриминаторска природа.[4]
На 30 ноември 2016 година, Словачка донесе закон што делотворно го блокира исламот од добивање на статус на официјална религија во земјата.[5] Словачка е единствената земја во рамките на Европската Унија без ниту една џамија.[6]