Крупајскиот извор се наоѓа во источна Србија под западниот дел на варовничката планина Бељаница, од десната страна на Крупајската река, на надморска височина од 220 метри. Изворот се наоѓа во атарот на селото Милановац оддалечено од Жагубица околу 35 километри.
Изворот спаѓа во групата на варовнички извори со температура на водата меѓу 9-11 °C. Дното на изворот е со амфитеатрален облик со стрмни и на места скоро вертикални страни. Изворската вода истекува формирајќи поток со вкупна должина од 435 метри и тече прво кон север во должина од 130 метри, а потоа свртува кон запад и после околу 300 метри се влева во Крупајската река. На изворот е изградена брана со висина од околу 3 метри, така да денес изворот има изглед на издолжено езерце со должина од 40 метри и ширина од 17 метри. Водата од езерото се прелива преку ѕидот на браната како привлечен водопад.
Во 1998 година направени се спелеолошко-нуркачко истражувања кои откриле пештерски простор длабок околу 70 метри, кој со еден свој крак во облик на инверзен сифон одел до подземниот дел на водниот базен кој е под варовничкиот масив на планината Бељаница. Потокот од браната до воденицата тече низ корито со стрмни страни кои на места прават водопади. Хидролошкиот режим на изворот и неговиот воден капацитет не се доволно проучени. Како и поголемиот дел од варовничките извори, и овој се одликува со многу променлив воден капацитет во текот на една година или во тек на повеќе години. Кај воденицата се наоѓа бетонска чешма со пет метални цевки низ кои истекува топла вода со температура од 26 °C и капацитет од 6-10 литри во секунда. Оваа вода потекнува од природен термален извор кој е каптиран и спроведен под земја до чешмите. На десетина метри од чешмите се наоѓа друг термален извор кој во облик на минијатурен водоскок настанал сам од себе од геолошката пукнатина.
Крупајскиот извор и природната околина со површина од девет хектари се заштитени како споменик на природата од национално значење за република Србија. Споменикот на природата „Крупајски извор“ е прогласен со одредбата на Владата на република Србија (службен весник на република Србија бр. 9/95) по основ на Законот за заштита на животната средина. Ова природно добро е од исклучително значење затоа што е еден од најсилните варовнички извори во Србија, а, по морфологијата на водоносникот, по хидролошките функции и другите природни одлики, и припаѓа на групата на најрепрезентативни гравитациски извори.