Проблеми со животната средина во Македонија вклучуваат загадување на воздухот и загадување на водата, обесшумување, закана за ендемски видови и климатски промени. Постои висок степен на загадување на воздухот, водата и почвата на Македонија. Според некои проценки од 2019, државата се смета за една од државите со највисок степен на загаденост во Европа.[1]
Традицијата на одредување на индексот на квалитетот на воздух започнал во 1965, по што во градските средини можела да се измери количината на загадување. Загадувањето на воздухот негативно се одразува врз здравјето на граѓаните на државата и првенствено влијае на нивните респираторни и кардиоваскуларни системи. Некои од главните причинители за зголеменото загадување на воздухот вклучуваат употреба на огрев на дрва преку зимскиот период и користење на јаглен, како и зголемениот број на возила во сообраќајот, кои се претежно стари. Иницијативи од страна на владата и граѓаните за да се намали проблемот на загадувањето на воздухот се појавиле низ годините со различен успех.
Има значително загадување на водите во различните водни површини на државата, вклучувајќи ги најголемите реки Вардар, Брегалница и Црна Река како и Охридското Езеро. Ова главно се должи на неограниченото испуштање загадени води од страна на индустријата, канализациите и агрикултурата.
Најчесто загадените средини во државата се урбаните региони. Покрај тоа, загадувањето исто така било забележано во некои од руралните средини исто така.[2] Најчесто загадените градови на државата ги вклучуваат главниот град Скопје и поголемите градови како што се Тетово и Битола.[2][3]
Следењето на квалитетот на воздухот во државата почнало да се спроведува во 1965 кога почнале да се собираат примероци на штетни супстанци. Од 1990-те, почнале да се користат посовремени технологии низ државата.[2] Според Светската здравствена организација, честичките од прав во Скопје ги преминале границите на дозволеното 20 пати. Скопје честопати бил рангиран како еден од најзагадените градови во Европа како и во светот. Нивото на ПМ10 честички во 2018 биле над лимитите дозволени од Европската Унија 202 дена во годината; за време на истата година, нивото достигнало и 2.5 ПМ, мерна единица која ги прикажува најштетните аерозагадувачи за здравјето.[4][5] Министерството за животна средина и просторно планирање е задолжено за мерење на загадувањето во државата.[6]
Во 2022, било предвидено дека нивото на загадување во државата ќе се зголеми повеќе од претходно поради глобалната економска и енергетска криза.[7]