Религијата во Молдавија е одвоена и независна од државата. Уставот на Република Молдавија предвидува слобода на религиозно определување, а Владата генерално го почитува ова право во практика; Сепак, законот содржи ограничувања што, на моменти, спречува одредени активности на некои верски групи.
Најголема религија е христијанството, според кое 90% од населението се Православни христијани. Административно, постојат две автономни цркви кои припаѓаат на две автокефални цркви (со руски и романски јазик) во рамките на Источното Православие. Молдавската Православна црква (која припаѓа на Руската православна црква), според Државната служба за верски прашања, има 1.194 парохии, а Бесарабиската митрополија (припаѓа на Романската Православна Црква) има 124 парохии.
Во земјата има и верници на Римокатоличката црква, Баптистичката, Пентекостите, муслимани, евреи, Јеховини сведоци итн. Според најновите бројки на располагање, Еврејската заедница има околу 31.300 верници, од кој околу 20.000 живеат во Кишинев, 3.100 во Белци и околните области; 2.200 во Тираспол; 2.000 во Бендер, а 4.000 во други помали градови.