Човечка генетска варијација

Графички приказ на типичниот човечки кариотип

Човечка митохондријална ДНК

Човечка генетска варијација е генетските разлики во и меѓу популациите. Може да постојат повеќе варијанти на кој било даден ген во човечката популација (алели), ситуација наречена полиморфизам.

Ниту еден човек не е генетски идентичен. Дури и монозиготните близнаци (кои се развиваат од еден зигот) имаат ретки генетски разлики поради мутациите што се случуваат за време на развојот и варијацијата на бројот на генски копии.^[1] Разликите помеѓу поединци, дури и тесно поврзани поединци, претставуваат клуч за техниките како што е генетското земање отпечатоци.

Човечкиот геном има вкупна должина од приближно 3,2 милијарди базни парови (bp) низ 46 хромозоми на ДНК, како и малку под 17.000 bp ДНК во клеточните митохондрии. Во 2015 година, типичната разлика помеѓу геномот на поединецот и наводниот геном била проценета на 20 милиони базни парови (или 0,6% од вкупниот број).^[2] Од 2017 година, имало вкупно 324 милиони познати варијанти од секвенционирани човечки геноми.^[3]

Споредбено кажано, луѓето се генетски хомоген вид. Иако мал број генетски варијанти се наоѓаат почесто во одредени географски региони или кај луѓе со потекло од тие региони, оваа варијација претставува мал дел (~ 15%) од варијабилноста на човечкиот геном. Поголемиот дел од варијации постои кај членовите на секоја човечка популација. За споредба, макаките резус покажуваат 2,5 пати поголема разновидност на ДНК секвенци во споредба со луѓето.^[4] Овие стапки се разликуваат во зависност од тоа кои макромолекули претставувале основа на анализа. Шимпанзата имаат поголема генетска варијанса од луѓето кога ја испитуваат јадрената ДНК, но луѓето имаат поголема генетска варијанса кога испитуваат на ниво на протеини.^[5]

Недостигот на дисконтинуитети во генетските растојанија помеѓу човечките популации, отсуството на дискретни гранки во човечкиот вид и впечатливата хомогеност на човечките суштества на глобално ниво, имплицира дека не постои научна основа за заклучување на раси или подвидови кај луѓето, а за повеќето особини, постои многу повеќе варијации во популациите отколку меѓу нив.^{[6][7][8][9][10][11][12][13]} И покрај ова, современите генетски проучувања откриле значителни просечни генетски разлики помеѓу човечката популација во особини како што се бојата на кожата, телесните димензии, варењето на лактозата и скробот, приспособување на висока надморска височина, одговорот на тоа како делува лекот, рецепторите за вкус и предиспозицијата за развој на одредени болести.^[12][14] Најголемата разновидност се наоѓа во и меѓу популациите во Африка,^[15] и постепено се намалува со зголемувањето на оддалеченоста од африканскиот континент, во согласност со теоријата за неодамнешно африканско потекло на современите луѓе.^[15]

Проучувањето на човековите генетски варијации има еволутивно значење и медицинска примена. Тоа може да им помогне на научниците да ги реконструираат и разберат моделите на мината човечка миграција. Во медицината, проучувањето на човечките генетски варијации може да биде важно бидејќи некои алели кои предизвикуваат болест се јавуваат почесто кај одредени групи на популација. На пример, мутацијата за српеста анемија почесто се наоѓа кај луѓе со потекло од одредени потсахарски африкански, јужноевропски, арапски и индиски популации, поради еволутивниот притисок од комарците кои носат маларија во овие региони.

Новите откритија покажуваат дека секој човек во просек има 60 нови мутации во споредба со неговите родители.^[16][17]

Причини за варијација

Причините за разликите меѓу поединците вклучуваат независно подредување, размена на гени (вкрстување и рекомбинација) за време на репродукцијата (преку мејоза) и разни мутациски настани.

Постојат најмалку три причини зошто постојат генетски варијации помеѓу популациите. Природната селекција може да им даде адаптивна предност на поединците во специфично опкружување доколку алелот обезбедува конкурентска предност. Алелите под селекција веројатно ќе се појават единствено во оние географски региони каде што даваат предност. Втор важен процес претставува генетското поместување, кој претставува ефект на случајни промени во генскиот базен, во услови кога повеќето мутации се неутрални (односно, тие не изгледаат како позитивно или негативно селективно влијание врз организмот). Малите мигрантски популации имаат статистички разлики – наречени основачки ефект – од целокупните популации од каде што потекнуваат; кога овие мигранти населуваат нови области, нивното потомство обично се разликува од нивното потекло: различни гени доминираат и таа е помалку генетски разновидна.

Кај луѓето, главната причина претставува генетското поместување.^[18] Ефектите на сериски основачи и малата големина на популацијата во минатото (зголемување на веројатноста за генетското поместување) можеби имале важно влијание во неутралните разлики меѓу популациите. Втората главна причина за генетска варијација се должи на високиот степен на неутралност на повеќето мутации. Мал, но значителен број гени се смета дека биле подложени на неодамнешна природна селекција, и овие селективни притисоци понекогаш се специфични за еден регион.^[19][20]

Мерки на варијација

Генетските варијации меѓу луѓето се јавуваат на многу размери, од груби промени во човечкиот кариотип до промени на еден нуклеотид.^[21] Хромозомските аберации биле откриени кај 1 од 160 живи човечки раѓања. Освен нарушувања на половите хромозоми, повеќето случаи на анеуплоидија резултираат со смрт на фетусот во развој ( спонтан абортус); најчестите екстра автосомни хромозоми меѓу живородените се 21, 18 и 13.^[22]

Разновидноста на нуклеотидите е просечна пропорција на нуклеотиди кои се разликуваат помеѓу две индивидуи. Од 2004 година, разновидноста на човечките нуклеотиди се проценува на 0,1% ^[23] до 0,4% кај базните парови.^[24] Во 2015 година, Проектот „1000 геноми“, кој секвенционирал 1000 индивидуи од 26 човечки популации, открил дека „типичниот [индивидуален] геном се разликува од наводниот човечки геном со 4,1 до 5,0 милиони местоположби… што влијае на 20 милиони бази на секвенца“; последната бројка одговара на 0,6% од вкупниот број на базни парови. Речиси сите (>99,9%) од овие места се мали разлики, или полиморфизми на единечни нуклеотиди или кратки вметнувања или бришења (индели) во генетската секвенца, но структурните варијации претставуваат поголем број на базни парови од SNPs и инделите.^[2][25]

Од 2017 година, Базата на податоци за еден нуклеотиден полиморфизам (dbSNP), која ги наведува SNP и други варијанти, наведла 324 милиони варијанти пронајдени во секвенционирани човечки геноми.^[26]

Еднонуклеотидни полиморфизми

ДНК молекулата 1 се разликува од молекулата на ДНК 2 на место со еден базен пар (C/T полиморфизам).

Еднонуклеотиден полиморфизам (SNP) претставува разлика во еден нуклеотид помеѓу членовите на еден вид што се јавува кај најмалку 1% од популацијата. 2.504 индивидуи карактеризирани со проектот “1000 геноми“ поседувале 84,7 милиони SNP меѓу нив.^[2] SNP се најчестиот тип на варијации на низата, проценети во 1998 година дека сочинуваат 90% од сите варијанти на низата.^[27] Други варијации на низата се размена на една база, бришења и вметнувања.^[28] SNP се појавуваат во просек на секои 100 до 300 бази ^[29] и така се главниот извор на хетерогеност.

Како функционална или несинонимна, SNP е онаа која влијае на некој фактор како што е спојувањето на гените или информациска РНК, и така предизвикува фенотипска разлика помеѓу членовите на видот. Околу 3% до 5% од човечките SNP се функционални. Неутралните или синонимните SNP сè уште се корисни како генетски маркери во студиите за асоцијација на широк геном, поради нивниот огромен број и стабилното наследување со генерации.^[27]

Кодирачкиот SNP е оној кој се појавува во генот. Постојат 105 човечки навоедени SNP кои резултираат со предвремени стоп-кодони во 103 гени. Ова одговара на 0,5% од кодираните SNP. Тие се јавуваат поради сегментално дуплирање во геномот. Овие SNP резултираат со губење на протеини, но сепак сите овие SNP алели се вообичаени и не се прочистуваат во негативна селекција.^[30]

Структурна варијација

Структурна варијација претставува варијација во структурата на хромозомот на организмот. Структурните варијации, како што се варијациите и бришењата на бројот на копии, инверзии, вметнувања и дупликации, се одговорни за многу повеќе човечки генетски варијации отколку разновидноста на еден нуклеотид. Ова било заклучено во 2007 година од анализата на диплоидните целосни секвенци на геномите на двајца луѓе: Крег Вентер и Џејмс Д. Вотсон. Ова се додало на двете хаплоидни секвенци кои биле споени со секвенци од многу поединци, објавени од Проектот за човечки геном и Celera Genomics соодветно.^[31]

Според проектот „1000 геноми“, типичен човек има 2.100 до 2.500 структурни варијации, кои вклучуваат приближно 1.000 големи бришења, 160 варијанти на број на копии, 915 вметнувања Alu, 128 вметнувања L1, 51 вметнувања SVA, 4 NUM10 вметнувања.

Варијација на бројот на копии

Варијација на бројот на копии (CNV) претставува разлика во геномот поради бришење или дуплирање на големи области на дезоксирибонуклеинската киселина на некој хромозом. Се проценува дека 0,4% од геномите на неповрзани луѓе се разликуваат во однос на бројот на копии. Кога е вклучена варијацијата на бројот на копии, генетската варијација од човек до човек се проценува дека изнесува најмалку 0,5% (99,5% сличност).^{[32][33][34][35]} Варијациите на бројот на копии се наследени, но може да се појават и за време на развојот.^{[36][37][38][39]}

Визуелна мапа со региони со висока геномска варијација на современото-човечко референтно собрание во однос на неандерталецот од 50k ^[40] е изградена од Пратас и неговите соработници ^[41]

Епигенетика

Епигенетската варијација претставува варијација во хемиските ознаки кои се прикачуваат на ДНК и влијаат на тоа како гените се читаат. Ознаките, „наречени епигенетски ознаки, делуваат како прекинувачи кои контролираат како може да се читаат гените“.^[42] Кај некои алели, епигенетската состојба на дезоксирибонуклеинската киселина и поврзаниот фенотип, може да се наследат низ генерации на поединци.^[43]

Генетска варијабилност

Генетската варијабилност претставува мерка за тенденцијата на поединечните генотипови кај населението да се разликуваат (да станат различни) едно од друго. Варијабилноста е различна од генетската разновидност, што е количината на варијација забележана кај одредена популација. Варијабилноста на една карактеристика е колку таа особина има тенденција да варира како одговор на еколошките и генетските влијанија.

Клинови

Во биологијата, клинот претставува континум од видови, популации, сорти или форми на организми кои покажуваат постепени фенотипски и/или генетски разлики во географска област, обично како резултат на хетерогеноста на животната средина.^[44][45] Во научното проучување на човечката генетска варијација, генската клина може ригорозно да се дефинира и да биде подложена на квантитативна метрика.

Хаплогрупи

Во проучувањето на молекуларната еволуција, хаплогрупата претставува група на слични хаплотипови кои делат заеднички предок со мутација на еден нуклеотиден полиморфизам (SNP). Проучувањето за хаплогрупите дава информации за потеклото на предците кое датира илјадници години.^[46]

Најчесто проучуваните човечки хаплогрупи се хромозомите на Y-хромозомот (Y-ДНК) и хаплогрупите на митохондриската ДНК (мтДНК), од кои и двете може да се користат за дефинирање на генетските популации. Y-ДНК се пренесува исклучиво по патрилинеалната линија, од татко на син, додека мтДНК се пренесува по матрилинеалната линија, од мајка и на ќерката или на синот. Y-ДНК и мтДНК може да се менуваат по случајна мутација во секоја генерација.

Повторување на тандем со променливи броеви

Повторување на тандем со променливи броеви (ПТПБ) е варијација на должината на тандемското повторување. Тандемско повторување е соседното повторување на кратка нуклеотидна низа. Тандемските повторувања постојат на многу хромозоми, а нивната должина варира помеѓу поединци. Секоја варијанта делува како наследен алел, така што тие се користат за лична или родителска идентификација. Нивната анализа е корисна во генетичко и биолошко истражување, форензика и отпечатоци од ДНК.

Кратките тандемски повторувања (околу 5 базни парови) се нарекуваат микросателити, додека подолгите се нарекуваат минисателити.

Историја и географска распространетост

Карта на миграцијата на современите луѓе надвор од Африка, врз основа на митохондријалната ДНК. Обоените прстени укажуваат на илјада години пред сегашноста.

Карта на генетско растојание од Магалаес и сор. (2012)

Неодамнешно африканско потекло на современите луѓе

Неодамнешната парадигма за африканско потекло на современите луѓе претпоставува разделување на неафрикански популации на анатомски современи луѓе пред 70.000 години. Оваа разделба во Африка се случила значително порано, пред најмалку 130.000 години. Теоријата „надвор од Африка“ потекнува од 19 век, како пробен предлог во „Потеклото на човекот“ на Чарлс Дарвин,^[47] но останала шпекулативна до 1980-тите кога била поддржана со проучување на денешна митохондриска ДНК, комбинирана со докази од физичка антропологија на архаични примероци.

Според едно иследување од 2000 година за варијација на секвенцата на Y-хромозомите^[48], човечките Y-хромозоми го следат потеклото до Африка, а потомците на изведената лоза ја напуштиле Африка и на крајот биле заменети со архаични човечки Y-хромозоми во Евроазија. Студијата, исто така, покажува дека малцинство од современите популации во Источна Африка и Којсаните се потомци на најпреродно потекло на анатомски современи луѓе кои ја напуштиле Африка пред 35.000 до 89.000 години.^[48] Други докази што ја поддржуваат теоријата е дека варијациите во мерењата на черепот се намалуваат со оддалеченоста од Африка со иста стапка како и намалувањето на генетската разновидност. Човечката генетска разновидност се намалува кај домородните популации со миграциско растојание од Африка, и се смета дека ова се должи на тесните грла за време на миграцијата на луѓето, кои се настани кои привремено ја намалуваат големината на населението^[49][50]

Проучувањето за генетско кластерирање од 2009 година, кое генотипизирало 1327 полиморфни маркери во различни африкански популации, идентификувало шест кластери на предците. Кластерирањето тесно кореспондира со етничката припадност, културата и јазикот.^[51] Проучувањето за секвенционирање на целиот геном од 2018 година на популациите во светот забележало слични кластери меѓу популациите во Африка. На K=9, различните компоненти на предците ги дефинирале популациите што зборуваат афроазијати кои ги населувале Северна Африка и Североисточна Африка; населението што зборува нилосахарски јазици во североисточна Африка и источна Африка; населението што зборува на Ари во североисточна Африка; популациите што зборуваат нигер-конгоански во Западно-Централна Африка, Западна Африка, Источна Африка и Јужна Африка; пигмејските популации во Централна Африка; и којсанските популации во Јужна Африка.^[52]

Во мај 2023 година, научниците објавиле, врз основа на генетски проучувања, покомплицирана патека на човечката еволуција отколку што претходно било разбрано. Според иследувањата, луѓето еволуирале од различни места и времиња во Африка, наместо од едно место и временски период.^[53][54]

Генетика на населението

Поради заедничкото потекло на сите луѓе, единствено мал број варијанти поседуваат големи разлики во фреквенцијата помеѓу популациите. Сепак, некои ретки варијанти во светската човечка популација се многу почести кај барем една популација (повеќе од 5%).^[2]

Генетска варијација

Генетска варијација на евроазиските популации кои покажуваат различна фреквенција на западно- и источно-евроазиските компоненти.^[55]

Вообичаено се претпоставува дека раните луѓе ја напуштиле Африка и затоа мора да поминале низ тесно грло на населението пред нивната африканско-евроазиско раздвојување пред околу 100.000 години (околу 3.000 генерации). Брзата експанзија на претходно мала популација има два важни ефекти врз распространетоста на генетските варијации. Прво, таканаречениот основачки ефект се јавува кога популациите основачи кои носат само подмножество од генетската варијација од нивната популација на предците. Второ, како што основачите стануваат географски поодделени, веројатноста дека две индивидуи од различни популации основачи ќе се парат станува помала. Ефектот на ова асортитивно парење е да се намали протокот на гените помеѓу географските групи и да се зголеми генетското растојание помеѓу групите.

Експанзијата на луѓето од Африка влијаело на распространетоста на генетските варијации на два други начини. Најпрвин, помалите (основачи) популации доживуваат поголемо генетско поместување поради зголемените флуктуации во неутралните полиморфизми. Потоа, новите полиморфизми кои се појавиле во една група биле со помала веројатност да се пренесат на други групи бидејќи протокот на гените бил ограничен. 

Населението во Африка има тенденција да поседува помали количини на нерамнотежно поврзување отколку населението надвор од Африка, делумно поради поголемата големина на човечкото население во Африка во текот на човечката историја и делумно поради бројот на современи луѓе кои ја напуштиле Африка за да го колонизираат остатокот од светот за кое се смета дека било релативно низок процент.^[56] Спротивно на тоа, популациите кои претрпеле драматично намалување на големината или брзи проширувања во минатото и популациите формирани од мешавината на претходно одделни групи на предци може да имаат невообичаено високи нивоа на нерамнотежа на поврзаноста ^[56]

Распространетост на варијација

Човечка генетска варијација пресметана од генетски податоци кои претставуваат 346 микросателитски локуси земени од 1484 индивидуи во 78 човечки популации. Горниот графикон илустрира дека со оглед на тоа што популациите се подалеку од Источна Африка, тие имаат опаѓање на генетската разновидност како што се мери во просечниот број на повторувања на микросателити на секое од локусите. Долниот графикон ја илустрира изолацијата по растојание. Популациите со поголемо растојание меѓу нив се поразлични (мерено со Fst статистика) од оние кои се географски блиску една до друга. Хоризонталната оска на двата графикони е географско растојание мерено по веројатните рути на миграција на луѓето. (Графикон од Каниц и неговите соработници, 2018)

Распространетоста на генетските варијанти во и помеѓу човечката популација е невозможно да се опише накратко поради тешкотијата да се дефинира поимот „население“ односно „популација“, клиничката природа на варијацијата и хетерогеноста низ геномот (Лонг и Китлс 2003). Општо земено, сепак, во просек од 85% од генетските варијации постојат кај локалното население, ~ 7% е помеѓу локалното население на истиот континент и ~ 8% од варијациите се јавуваат помеѓу големи групи кои живеат на различни континенти.^[57][58] Неодамнешната теорија за африканско потекло за луѓето предвидела дека во Африка има многу поголема разновидност отколку на кое било друго место и дека различноста треба да се намалува колку што подалеку од Африка се зема популацијата.

Фенотипска варијација

Потсахарска Африка има најголема човечка генетска разновидност и се покажала дека истото важи и за фенотипските варијации во формата на черепот.^[59][60] Фенотипот е поврзан со генотипот преку генска експресија. Генетската разновидност непречено се намалува со миграциското растојание од тој регион, за кој многу научници веруваат дека е потеклото на современите луѓе, а тоа намалување се отсликува со намалување на фенотипските варијации. Мерењата на черепот претставуваат пример за физички атрибут чија варијација во популацијата се намалува со оддалечувањето од Африка.

Распределбата на многу физички особини наликува на распределбата на генетските варијации во и помеѓу човечките популации (Американско здружение на физички антрополози 1996; Кејта и Китлс 1997). На пример, ~ 90% од варијациите во формите на човечката глава се јавуваат во континенталните групи, а ~ 10% ги раздвојува групите, со поголема варијабилност на обликот на главата кај индивидуите со неодамнешни африкански предци (Релетфорд, 2002).

Нагласен исклучок од вообичаената распределба на физичките карактеристики во и меѓу групите е бојата на кожата. Приближно 10% од варијансата во бојата на кожата се јавува во групи, а ~ 90% се јавува помеѓу групите (Релетфорд, 2002). Оваа распространетост на бојата на кожата и нејзината географска шема - со луѓе чии предци живееле претежно во близина на екваторот со потемна кожа од оние со предци кои живееле претежно на повисоки географски широчини - укажуваат на тоа дека овој атрибут бил под силен селективен притисок. Се смета дека потемната кожа е повеќе селектирана во екваторијалните региони за да се спречи изгореници од сонце, рак на кожата, фотолиза на фолати и оштетување на потните жлезди.^[61]

Разбирањето како генетската разновидност во човечката популација влијае на различни нивоа на генска експресија е активна област на истражување. Додека претходните проучувања се фокусирале на врската помеѓу варијациите на ДНК и експресијата на РНК, поновите напори ја карактеризираат генетската контрола на различни аспекти на генската експресија, вклучувајќи ги и состојбите на хроматин,^[62][63] и нивото на протеини.^[64] Проучувањето објавено во 2007 година покажало дека 25% од гените покажуваат различни нивоа на генска експресија помеѓу популациите со европско и азиско потекло.^{[65][66][67][68][69]} Примарната причина за оваа разлика во генската експресија се сметала дека се SNP во генските регулаторни региони на ДНК. Друга студија објавена во 2007 година покажала дека приближно 83% од гените се изразени на различни нивоа меѓу поединците и околу 17% помеѓу популациите со европско и африканско потекло.^[70][71]

Рајтов индекс на фиксација како мерка за варијација

Популациониот генетичар Севол Рајт го развил индексот на фиксација (често скратено на F_ST) како начин за мерење на генетските разлики помеѓу населението. Оваа статистика често се користи во таксономијата за да се споредат разликите помеѓу било кои две дадени популации со мерење на генетските разлики меѓу и помеѓу популациите за поединечни гени или за многу гени истовремено.^[72] Често се наведува дека индексот на фиксација за луѓето е околу 0,15. Ова значи дека околу 85% од варијациите измерени во целокупната човечка популација се наоѓаат кај поединци од истата популација, а околу 15% од варијациите се јавуваат помеѓу популациите. Овие проценки имплицираат дека кои било две индивидуи од различни популации може да бидат послични една на друга отколку што било со член на нивната група.^[73][74] „Заедничката еволутивна историја на живите луѓе резултираше со висока поврзаност меѓу сите живи луѓе, како што е на пример наведено со многу нискиот индекс на фиксација (F_ST) меѓу живите човечки популации“. Ричард Левонтин, кој ги потврдил овие соодноси, заклучил дека ниту „расата“ ниту „подвидот“ не се соодветни или корисни начини за опишување на човечката популација.^[57]

Самиот Рајт верувал дека вредностите >0,25 претставуваат многу голема генетска варијација и дека F_ST од 0,15-0,25 претставува голема варијација. Сепак, околу 5% од човечката варијација се јавува помеѓу популациите на континентите, затоа вредностите на F_ST помеѓу континенталните групи луѓе (или раси) од дури 0,1 (или можеби пониски) биле пронајдени во некои проучувања, што укажува на поумерени нивоа на генетски варијација.^[72] Грејвс (1996) се спротивставил дека F_ST не треба да се користи како маркер за статусот на подвидовите, бидејќи статистиката се користи за мерење на степенот на диференцијација помеѓу популациите,^[72] иако како и Рајт (1978).^[75]

Џефри Лонг и Рик Китлс дале долга критика на примената на F_ST на човечката популација во нивниот труд од 2003 година „Човечка генетска разновидност и непостоење на биолошки раси“. Тие откриле дека бројката од 85% е погрешна бидејќи имплицира дека сите човечки популации содржат во просек 85% од целата генетска разновидност. Тие тврделе дека основниот статистички модел погрешно претпоставува еднакви и независни истории на варијации за секоја голема човечка популација. Пореален пристап е да се разбере дека некои човечки групи се родителски за другите групи и дека овие групи претставуваат парафилетски групи на нивните групи од потекло. На пример, според неодамнешната теорија за африканско потекло, човечката популација во Африка е парафилетична за сите други човечки групи бидејќи ја претставува групата предци од која потекнуваат сите неафрикански популации, но повеќе од тоа, неафриканските групи произлегуваат единствено од мал нерепрезентативен примерок од оваа африканска популација. Ова означува дека сите неафрикански групи се потесно поврзани една со друга и со некои африкански групи (веројатно источноафриканци) отколку со другите, и понатаму дека миграцијата надвор од Африка претставува генетско тесно грло, со голем дел од различноста што постоела во Африка, а не била изнесена од Африка од страна на емигрантските групи. Според ова сценарио, човечките популации немаат еднакви количини на локална варијабилност, туку намалени количини на разновидност колку што живее секое население подалеку од Африка. Лонг и Китлс откриле дека наместо 85% од човечката генетска разновидност постои кај сите човечки популации, околу 100% од човечката разновидност постои во една африканска популација, додека единствено околу 70% од човечката генетска разновидност постои кај популацијата која потекнува од Нова Гвинеја. Лонг и Китлс тврделе дека ова создава глобална човечка популација која е генетски хомогена во споредба со другите популации на цицачи.^[76]

Архаичен додаток

Анатомски, современите луѓе се вкрстувале со неандерталците за време на средниот палеолит. Во мај 2010 година, Проектот за неандерталски геном презентирал генетски докази дека се случило вкрстување и дека мал, но значаен дел, околу 2-4%, од неандерталската мешавина е присутна во ДНК на современите Евроазијци и Океанци, а речиси отсутен во потсахарските африкански популации.^[77][78]

Помеѓу 4% и 6% од геномот на Меланезијците (претставен од Папуа Нова Гвинеја и островот Бугенвил) се смета дека потекнува од Денисовците - претходно непознати хоминини кој се поблиску поврзани со неандерталците отколку со сапиенсот. Најверојатно бил воведен за време на раната миграција на предците на Меланезијците во Југоисточна Азија. Оваа историја на интеракција сугерира дека Денисовците некогаш се движеле широко низ источна Азија.^[79]

Така, Меланезијците се појавуваат како една од најархаичната мешана популација, со примеси поврзани со Денисовците/Неандерталците од ~ 8%.^[79]

Во проучување објавено во 2013 година, Џефри Вол од Универзитетот во Калифорнија ги проучувал податоците од целата секвенца-геном и открил повисоки стапки на интрогресија кај Азијците во споредба со Европејците.^[80] Хамер и неговите соработници ја тестирале хипотезата дека современите африкански геноми имаат потписи на проток на гени со архаични човечки предци и открија докази за архаична мешавина во геномите на некои африкански групи, што сугерира дека скромните количини на проток на гени биле широко распространети низ времето и просторот за време на еволуцијата на анатомски модерни луѓе .^[81]

Проучувањето објавено во 2020 година покажало дека популациите Јоруби и Менди во Западна Африка потекнуваат помеѓу 2% и 19% од нивниот геном од сè уште неидентификувана архаична популација на хоминин која веројатно се разделила пред поделбата на современите луѓе и предците на Денисовците и Неандерталците,^[82] потенцијално правејќи ги овие групи најархаично-помешаните човечки популации идентификувани досега.

Категоризација на светската популација

Поединците најчесто имаат генетски варијанти кои се наоѓаат во повеќе региони во светот. Врз основа на податоците од „Унифицирана генеалогија на современи и антички геноми“.

Новите податоци за човечката генетска варијација повторно ја разгореле дебатата за можна биолошка основа за категоризација на луѓето по раси. Поголемиот дел од контроверзите го опкружуваат прашањето како да се толкуваат генетските податоци и дали заклучоците врз основа на нив се здрави. Некои истражувачи сметаат дека самоидентификуваната раса може да се користи како индикатор за географско потекло за одредени здравствени ризици.

Иако генетските разлики меѓу човечките групи се релативно мали, овие разлики во одредени гени како Дафиевиот систем на антигени, ABCC11, SLC24A5, наречени ознаки за информации за предците (ОИП) сепак може да се користат за веродостојно пронаоѓање на многу индивидуи во широки, географски базирани групирања. На пример, компјутерските анализи на стотици полиморфни локуси земени во примероци во глобално распространети популации откриле постоење на генетско групирање кое грубо е поврзано со групи кои историски окупирале големи континентални и потконтинентални региони (Розенгерг и неговите соработници, 2002; Бамшад и неговите соработници, 2003).

Некои научници тврдат дека овие обрасци на варијација обезбедуваат биолошко оправдување за употребата на традиционалните расни категории. Тие сметаат дека континенталните кластери одговараат приближно со поделбата на човечките суштества на потсахарски Африканци; Европејци, западни Азијци, средни Азијци, Јужн Азијци и северни Африканци; Источни Азијци, Југоисточни Азијци, Полинезијци и Индијанци; и други жители на Океанија. Други набљудувачи не се согласуваат, велејќи дека истите податоци ги поткопуваат традиционалните поими за расните групи (Кинг и Мотулски 2002; Калафел 2003; Тишкоф и Кид 2004 ^[24]). Тие истакнуваат, на пример, дека главните популации кои се сметаат за раси или подгрупи во рамките на расите не мора да формираат свои кластери.

Расните категории исто така се поткопани со наодите дека генетските варијанти кои се ограничени на еден регион поседуваат тенденција да бидат ретки во тој регион, варијантите кои се вообичаени во регионот имаат тенденција да се споделуваат низ целиот свет и повеќето разлики меѓу поединците, без разлика дали доаѓаат од ист регион или различни региони, се должат на глобалните варијанти.^[83] Досега, не биле пронајдени генетски варијанти кои се фиксирани на континент или голем регион и кои не се наоѓаат никаде на друго место.^[84]

Бидејќи човечката генетска варијација е клиничка, голем број поединци се здружуваат со две или повеќе континентални групи. Така, генетски базираното „биогеографско потекло“ доделено на која било личност генерално ќе биде широко распространето и ќе биде придружено со значителни несигурности (Фаф и неговите соработници, 2004).

Во многу делови од светот, групите се мешале на таков начин што многу поединци имале релативно скорешни предци од широко одвоени региони. Иако генетските анализи на голем број локуси можат да произведат проценки за процентот на предците на една личност кои доаѓаат од различни континентални популации (Шривер и неговите соработници, 2003; Бамшад и неговите соработници, 2004), овие проценки може да претпостават лажна дистинктивност на родителската популација, бидејќи човечки групи разменувале партнери од локални до континентални размери низ историјата (Кавали-Сфорца и нивните соработници, 1994; Хердер и неговите соработници, 2002). Дури и со голем број маркери, информациите за проценка на пропорциите на мешавини на поединци или групи се ограничени, а проценките обично ќе имаат широки интервали на доверба (Фаф и неговите соработници, 2004).

Генетско кластерирање

Генетските податоци може да се користат за да се утврди структурата на населението и да се доделат поединци во групи кои често одговараат на нивното самоидентификувано географско потекло. Џорде и Вудинг (2004) тврдат дека „Анализата на многу локуси денес дава разумно точни проценки на генетската сличност меѓу поединците, наместо популациите. Групирањето на индивидуите е во корелација со географското потекло или потеклото“.^[23] Сепак, идентификацијата по географско потекло може брзо да се промени кога ќе се разгледа историското потекло споделено меѓу поединци во минатото.^[85]

Во 2009 година била објавена анализа на податоците од автосомниот SNP од Меѓународниот проект HapMap (Фаза II) и примероците од панелот за разновидност на човечки геном, Центар за проучување на човечки полиморфизми (ЦПЧП). Иследувањето на 53 популации земени од податоците на HapMap и ЦПЧП (1138 неповрзани лица) сугерирала дека природната селекција може да го обликува човечкиот геном многу побавно отколку што се сметало, со фактори како што се миграцијата во и меѓу континентите кои посилно влијаат на распростанетоста на генетските варијации.^[86] Слична студија објавена во 2010 година открила силни докази за селекција ширум геномот поради промените во екорегионот, исхраната и егзистенцијата, особено во врска со поларните екорегиони, со потрагата по храна и со исхраната богата со корени и клубени.^[87] Во една студија од 2016 година, анализата на главната компонента на податоците ширум геномот била способна да ги врати претходно познатите цели за позитивна селекција (без претходна дефиниција на популации), како и голем број нови кандидати за гени.^[88]

Антрополошките форензичари можат да го проценат потеклото на скелетните остатоци со анализа на скелетната морфологија, како и со користење на генетски и хемиски маркери, кога е можно.^[89] Иако овие проценки никогаш не се сигурни, точноста на анализите на скелетната морфологија во одредувањето на вистинското потекло е проценета на 90%.^[90]

Пирамида која покажува просечна мешавина на пет северноамерикански етнички групи. Поединци кои се идентификуваат со секоја група можат да се најдат на многу места на картата, но во просек групите имаат тенденција да се групираат поинаку.

Тек и мешање на гените

Протокот на гените помеѓу две популации го намалува просечното генетско растојание помеѓу популациите, единствено целосно изолираните човечки популации немаат генски проток и повеќето популации имаат континуиран генски проток со другите соседни популации што ја создаваат клиничката распространетост забележана за повеќето генетски варијации. Во случај кога генскиот тек се одвива помеѓу добро диференцираните генетски популации, резултатот се нарекува „генетска мешавина“.

Мапирањето со мешавини е техника што се користи за проучување на тоа како генетските варијанти предизвикуваат разлики во стапките на болести помеѓу населението.^[91] Неодамнешните мешани популации кои го следат своето потекло на повеќе континенти биле добро прилагодени за идентификување на гени за особини и болести кои се разликуваат во преваленцата помеѓу родителските популации. Афро-американските популации биле во фокусот на бројни проучувања за генетско мапирање и мешање на населението, вклучувајќи иследувања за сложени генетски особини како што се бројот на бели клетки, индекс на телесна маса, рак на простата и бубрежна болест.^[92]

Анализа на фенотипски и генетски варијации, вклучувајќи ја бојата на кожата и социо-економскиот статус, била спроведена кај популацијата на Зеленортските Острови, која има добро документирана историја на допири меѓу Европејците и Африканците. Проучувањата покажале дека моделот на мешање кај оваа популација е пристрасен кон полот (вклучувајќи претежно парење меѓу европски мажи и африкански жени) и постои значајна интеракција помеѓу социоекономскиот статус и бојата на кожата, независно од потеклото.^[93]

Здравје

Разликите во алелните фреквенции придонесуваат за групни разлики во инциденцата на некои моногени болести, и тие можат да придонесат за разлики во инциденцата на некои вообичаени болести.^[94] За моногените болести, фреквенцијата на предизвикувачките алели обично најдобро корелира со потеклото, без разлика дали е фамилијарна (на пример, синдром Елис-Ван Кревелд кај Амишите од Пенсилванија), етничка (болест на Теј-Сакс кај ашкенашките еврејски популации) или географска (хемоглобинопатии меѓу луѓе со предци кои живееле во региони со маларија). До степен до кој потеклото кореспондира со расни или етнички групи или подгрупи, инциденцата на моногени болести може да се разликува помеѓу групите категоризирани по раса или етничка припадност, а здравствените работници обично ги земаат предвид овие обрасци при поставувањето дијагнози.^[95]

Дури и со вообичаени болести кои вклучуваат бројни генетски варијанти и фактори на животната средина, истражувачите укажуваат на докази кои укажуваат на вклучување на диференцијално распределени алели со мали до умерени ефекти. Често цитираните примери вклучуваат хипертензија (Даглас и неговите соработници, 1996), дијабетес (Говер и неговите соработници, 2003), дебелина (Фернандес и неговите соработници, 2003) и рак на простата (Плац и неговите соработници, 2000). Меѓутоа, во ниту еден од овие случаи, алелната варијација во генот за чувствителност не се покажала како одговорна за значителен дел од разликата во преваленцата на болеста меѓу групите, а улогата на генетските фактори во генерирањето на овие разлики останува неизвесна.

Некои други варијации од друга страна се корисни за човекот, бидејќи спречуваат одредени болести и ја зголемуваат шансата да се прилагодат на околината. На пример, мутација во генот CCR5 кој штити од СИДА. CCR5 генот е отсутен на површината на клетката поради мутација. Без CCR5 генот на површината, нема ништо за ХИВ вирусите да се зграпчат и да се врзат. Затоа, мутацијата на генот CCR5 ја намалува можноста за ризик на поединецот со СИДА. Мутацијата во CCR5 е исто така доста честа појава во одредени области, со повеќе од 14% од популацијата носители на мутацијата во Европа и околу 6-10% во Азија и Северна Африка .^[96]

ХИВ приврзаност

Освен мутациите, многу гени кои можеби им помагале на луѓето во античко време ги мачат луѓето денес. На пример, постои сомневање дека гените кои им овозможуваат на луѓето поефикасно да ја обработуваат храната се оние кои ги прават луѓето подложни на дебелина и дијабетес денес.^[97]

Нил Риш од Универзитетот Стенфорд предложил дека самоидентификуваната раса/етничка група може да биде валидно средство за категоризација во САД за јавното здравје и политичките размислувања.^[98] Еден труд од групата на Ноа Розенберг од 2002 година дала слично тврдење: „Структурата на човечката популација е релевантна во различни епидемиолошки контексти. Несаканиот одговор на лекот варира меѓу популациите. Понатаму, информациите за популацијата на потекло на пациентот може да им дадат на здравствените работници информации за ризикот кога директните причини за болеста се непознати“.^[99] Сепак, во 2018 година, Ноа Розенберг објавила иследување во која се расправало против генетски есенцијалистичките идеи за здравствени разлики меѓу популациите, наведувајќи дека варијантите на животната средина се поверојатна причина ^[100]

Геномски проекти

Проектите за човечки геном се научни напори кои ја одредуваат или проучуваат структурата на човечкиот геном. Проектот за човечки геном бил значаен проект за геном.

Дополнителна литература

 

• Race, Ethnicity (October 2005). „The use of racial, ethnic, and ancestral categories in human genetics research“. American Journal of Human Genetics. 77 (4): 519–32. doi:10.1086/491747. PMC 1275602. PMID 16175499.
• Altmüller J, Palmer LJ, Fischer G, Scherb H, Wjst M (November 2001). „Genomewide scans of complex human diseases: true linkage is hard to find“. American Journal of Human Genetics. 69 (5): 936–50. doi:10.1086/324069. PMC 1274370. PMID 11565063.
• Aoki K (2002). „Sexual selection as a cause of human skin colour variation: Darwin's hypothesis revisited“. Annals of Human Biology. 29 (6): 589–608. doi:10.1080/0301446021000019144. PMID 12573076. S2CID 22703861.
• Bamshad M, Wooding S, Salisbury BA, Stephens JC (August 2004). „Deconstructing the relationship between genetics and race“. Nature Reviews. Genetics. 5 (8): 598–609. doi:10.1038/nrg1401. PMID 15266342. S2CID 12378279. reprint-zip
• Bamshad M, Wooding SP (February 2003). „Signatures of natural selection in the human genome“. Nature Reviews. Genetics. 4 (2): 99–111. doi:10.1038/nrg999. PMID 12560807. S2CID 13722452.
• Cann RL, Stoneking M, Wilson AC (1987). „Mitochondrial DNA and human evolution“. Nature. 325 (6099): 31–36. Bibcode:1987Natur.325...31C. doi:10.1038/325031a0. PMID 3025745. S2CID 4285418.
• Cardon LR, Abecasis GR (March 2003). „Using haplotype blocks to map human complex trait loci“ (PDF). Trends in Genetics. 19 (3): 135–40. doi:10.1016/S0168-9525(03)00022-2. PMID 12615007.
• Cavalli-Sforza LL, Feldman MW (March 2003). „The application of molecular genetic approaches to the study of human evolution“. Nature Genetics. 33 Suppl (3s): 266–75. doi:10.1038/ng1113. PMID 12610536. S2CID 8314161.
• Collins FS (November 2004). „What we do and don't know about 'race', 'ethnicity', genetics and health at the dawn of the genome era“. Nature Genetics. 36 (11 Suppl): S13–15. doi:10.1038/ng1436. PMID 15507997. S2CID 26968169.
• Collins FS, Green ED, Guttmacher AE, Guyer MS (April 2003). „A vision for the future of genomics research“. Nature. 422 (6934): 835–47. Bibcode:2003Natur.422..835C. doi:10.1038/nature01626. PMID 12695777. S2CID 205209730.
• Ebersberger I, Metzler D, Schwarz C, Pääbo S (June 2002). „Genomewide comparison of DNA sequences between humans and chimpanzees“. American Journal of Human Genetics. 70 (6): 1490–97. doi:10.1086/340787. PMC 379137. PMID 11992255.
• Edwards AW (August 2003). „Human genetic diversity: Lewontin's fallacy“. BioEssays. 25 (8): 798–801. doi:10.1002/bies.10315. PMID 12879450.
• Foster MW, Sharp RR (October 2004). „Beyond race: towards a whole-genome perspective on human populations and genetic variation“. Nature Reviews. Genetics. 5 (10): 790–96. doi:10.1038/nrg1452. PMID 15510170. S2CID 25764082.
• Foster MW, Sharp RR, Freeman WL, Chino M, Bernsten D, Carter TH (June 1999). „The role of community review in evaluating the risks of human genetic variation research“. American Journal of Human Genetics. 64 (6): 1719–27. doi:10.1086/302415. PMC 1377916. PMID 10330360.
• Gabriel SB, Schaffner SF, Nguyen H, Moore JM, Roy J, Blumenstiel B, Higgins J, DeFelice M, Lochner A, Faggart M, Liu-Cordero SN, Rotimi C, Adeyemo A, Cooper R, Ward R, Lander ES, Daly MJ, Altshuler D (June 2002). „The structure of haplotype blocks in the human genome“. Science. 296 (5576): 2225–29. Bibcode:2002Sci...296.2225G. doi:10.1126/science.1069424. PMID 12029063. S2CID 10069634.
• Harding RM, Healy E, Ray AJ, Ellis NS, Flanagan N, Todd C, Dixon C, Sajantila A, Jackson IJ, Birch-Machin MA, Rees JL (April 2000). „Evidence for variable selective pressures at MC1R“. American Journal of Human Genetics. 66 (4): 1351–61. doi:10.1086/302863. PMC 1288200. PMID 10733465.
• Ingman M, Kaessmann H, Pääbo S, Gyllensten U (December 2000). „Mitochondrial genome variation and the origin of modern humans“. Nature. 408 (6813): 708–13. Bibcode:2000Natur.408..708I. doi:10.1038/35047064. PMID 11130070. S2CID 52850476.
• The International Hapmap Consortium (December 2003). „The International HapMap Project“. Nature. 426 (6968): 789–96. Bibcode:2003Natur.426..789G. doi:10.1038/nature02168. hdl:2027.42/62838. PMID 14685227. S2CID 4387110.
• The International Hapmap Consortium (June 2004). „Integrating ethics and science in the International HapMap Project“. Nature Reviews. Genetics. 5 (6): 467–75. doi:10.1038/nrg1351. PMC 2271136. PMID 15153999.
• Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, и др. (February 2001). „Initial sequencing and analysis of the human genome“. Nature. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001Natur.409..860L. doi:10.1038/35057062. hdl:2027.42/62798. PMID 11237011.
• Jorde LB, Bamshad M, Rogers AR (February 1998). „Using mitochondrial and nuclear DNA markers to reconstruct human evolution“ (PDF). BioEssays. 20 (2): 126–36. doi:10.1002/(SICI)1521-1878(199802)20:2<126::AID-BIES5>3.0.CO;2-R. PMID 9631658. S2CID 17203268. Архивирано од изворникот (PDF) на 28 November 2007. Посетено на 28 October 2007.
• Jorde LB, Watkins WS, Bamshad MJ, Dixon ME, Ricker CE, Seielstad MT, Batzer MA (March 2000). „The distribution of human genetic diversity: a comparison of mitochondrial, autosomal, and Y-chromosome data“. American Journal of Human Genetics. 66 (3): 979–88. doi:10.1086/302825. PMC 1288178. PMID 10712212.
• Jorde LB, Watkins WS, Kere J, Nyman D, Eriksson AW (2000). „Gene mapping in isolated populations: new roles for old friends?“. Human Heredity. 50 (1): 57–65. doi:10.1159/000022891. PMID 10545758. S2CID 26960216.
• Kaessmann H, Heissig F, von Haeseler A, Pääbo S (May 1999). „DNA sequence variation in a non-coding region of low recombination on the human X chromosome“. Nature Genetics. 22 (1): 78–81. doi:10.1038/8785. PMID 10319866. S2CID 9153915.
• Kaessmann H, Wiebe V, Weiss G, Pääbo S (February 2001). „Great ape DNA sequences reveal a reduced diversity and an expansion in humans“. Nature Genetics. 27 (2): 155–56. doi:10.1038/84773. PMID 11175781. S2CID 19384784.
• Keita SO, Kittles RA (1997). „The Persistence of Racial Thinking and the Myth of Racial Divergence“. American Anthropologist. 99 (3): 534–44. doi:10.1525/aa.1997.99.3.534.
• Marks J (1995). Human Biodiversity: Genes, Race, and History. Aldine Transaction. ISBN 978-0-202-02033-4.
• Mountain JL, Risch N (November 2004). „Assessing genetic contributions to phenotypic differences among 'racial' and 'ethnic' groups“. Nature Genetics. 36 (11 Suppl): S48–53. doi:10.1038/ng1456. PMID 15508003.
• Pääbo S (January 2003). „The mosaic that is our genome“. Nature. 421 (6921): 409–12. Bibcode:2003Natur.421..409P. doi:10.1038/nature01400. PMID 12540910.
• Ramachandran S, Deshpande O, Roseman CC, Rosenberg NA, Feldman MW, Cavalli-Sforza LL (November 2005). „Support from the relationship of genetic and geographic distance in human populations for a serial founder effect originating in Africa“. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (44): 15942–47. Bibcode:2005PNAS..10215942R. doi:10.1073/pnas.0507611102. PMC 1276087. PMID 16243969.
• Relethford JH (August 2002). „Apportionment of global human genetic diversity based on craniometrics and skin color“. American Journal of Physical Anthropology. 118 (4): 393–98. CiteSeerX 10.1.1.473.5972. doi:10.1002/ajpa.10079. PMID 12124919. S2CID 8717358.
• Sankar P, Cho MK (November 2002). „Genetics. Toward a new vocabulary of human genetic variation“. Science. 298 (5597): 1337–38. doi:10.1126/science.1074447. PMC 2271140. PMID 12434037.
• Sankar P, Cho MK, Condit CM, Hunt LM, Koenig B, Marshall P, Lee SS, Spicer P (June 2004). „Genetic research and health disparities“. JAMA. 291 (24): 2985–89. doi:10.1001/jama.291.24.2985. PMC 2271142. PMID 15213210.
• Serre D, Pääbo S (September 2004). „Evidence for gradients of human genetic diversity within and among continents“. Genome Research. 14 (9): 1679–85. doi:10.1101/gr.2529604. PMC 515312. PMID 15342553.
• Templeton AR (1998). „Human Races: A Genetic and Evolutionary Perspective“. American Anthropologist. 100 (3): 632–50. doi:10.1525/aa.1998.100.3.632.
• Weiss KM (1998). „Coming to Terms with Human Variation“. Annual Review of Anthropology. 27: 273–300. doi:10.1146/annurev.anthro.27.1.273.
• Weiss KM, Terwilliger JD (October 2000). „How many diseases does it take to map a gene with SNPs?“. Nature Genetics. 26 (2): 151–57. doi:10.1038/79866. PMID 11017069. S2CID 685795.
• Yu N, Jensen-Seaman MI, Chemnick L, Kidd JR, Deinard AS, Ryder O, Kidd KK, Li WH (August 2003). „Low nucleotide diversity in chimpanzees and bonobos“. Genetics. 164 (4): 1511–18. doi:10.1093/genetics/164.4.1511. PMC 1462640. PMID 12930756.
• Zietkiewicz E, Yotova V, Gehl D, Wambach T, Arrieta I, Batzer M, Cole DE, Hechtman P, Kaplan F, Modiano D, Moisan JP, Michalski R, Labuda D (November 2003). „Haplotypes in the dystrophin DNA segment point to a mosaic origin of modern human diversity“. American Journal of Human Genetics. 73 (5): 994–1015. doi:10.1086/378777. PMC 1180505. PMID 14513410.
• Pennisi E (December 2007). „Breakthrough of the year. Human genetic variation“. Science. 318 (5858): 1842–43. doi:10.1126/science.318.5858.1842. PMID 18096770.
• Ramachandran S, Tang H, Gutenkunst RN, Bustamante CD (2010). „Genetics and Genomics of Human Population Structure“. Во Speicher MR, Antonarakis SE, Motulsky AG (уред.). Vogel and Motulsky's Human Genetics: Problems and Approaches (4th. изд.). Springer. ISBN 978-3-540-37653-8.

Наводи

1. „Phenotypically concordant and discordant monozygotic twins display different DNA copy-number-variation profiles“. American Journal of Human Genetics. 82 (3): 763–71. March 2008. doi:10.1016/j.ajhg.2007.12.011. PMC 2427204. PMID 18304490.
2. „A global reference for human genetic variation“. Nature. 526 (7571): 68–74. October 2015. Bibcode:2015Natur.526...68T. doi:10.1038/nature15393. PMC 4750478. PMID 26432245.
3. NCBI (2017-05-08). „dbSNP's human build 150 has doubled the amount of RefSNP records!“. NCBI Insights. Посетено на 2017-05-16.
4. Xue, Cheng; Raveendran, Muthuswamy; Harris, R. Alan; Fawcett, Gloria L.; Liu, Xiaoming; White, Simon; Dahdouli, Mahmoud; Deiros, David Rio; Below, Jennifer E. (2016-12-01). „The population genomics of rhesus macaques (Macaca mulatta) based on whole-genome sequences“. Genome Research (англиски). 26 (12): 1651–1662. doi:10.1101/gr.204255.116. ISSN 1088-9051. PMC 5131817. PMID 27934697.
5. Curnoe, Darren (2003). „Number of ancestral human species: a molecular perspective“. HOMO. 53 (3): 208–209. doi:10.1078/0018-442x-00051. PMID 12733395.
6. Reich, David (2018-03-23). „Opinion | How Genetics Is Changing Our Understanding of 'Race'“. The New York Times (англиски). ISSN 0362-4331. Посетено на 2022-08-15.
7. Williams, David R. (1997-07-01). „Race and health: Basic questions, emerging directions“. Annals of Epidemiology. Special Issue: Interface Between Molecular and Behavioral Epidemiology (англиски). 7 (5): 322–333. doi:10.1016/S1047-2797(97)00051-3. ISSN 1047-2797. PMID 9250627.
8. „1“. Race and racism in theory and practice. Berel Lang. Lanham, Md.: Rowman & Littlefield. 2000. ISBN 0-8476-9692-8. OCLC 42389561.
9. Lee, Jun-Ki; Aini, Rahmi Qurota; Sya’bandari, Yustika; Rusmana, Ai Nurlaelasari; Ha, Minsu; Shin, Sein (2021-04-01). „Biological Conceptualization of Race“. Science & Education (англиски). 30 (2): 293–316. Bibcode:2021Sc&Ed..30..293L. doi:10.1007/s11191-020-00178-8. ISSN 1573-1901.
10. Kolbert, Elizabeth (2018-04-04). „There's No Scientific Basis for Race—It's a Made-Up Label“. National Geographic (англиски). Посетено на 2022-08-15.
11. Templeton, Alan Robert (2018). Human Population Genetics and Genomics. London. стр. 445–446. ISBN 978-0-12-386026-2. OCLC 1062418886.
12. Reich, David (2018). Who we are and how we got here: ancient DNA and the new science of the human past (First. изд.). Oxford, United Kingdom. стр. 255. ISBN 978-0-19-882125-0. OCLC 1006478846.
13. Witherspoon, D. J.; Wooding, S.; Rogers, A. R.; Marchani, E. E.; Watkins, W. S.; Batzer, M. A.; Jorde, L. B. (2007). „Genetic Similarities Within and Between Human Populations“. Genetics. 176 (1): 351–359. doi:10.1534/genetics.106.067355. ISSN 0016-6731. PMC 1893020. PMID 17339205.
14. Campbell, Michael (2008). „African Genetic Diversity: Implications for Human Demographic History, Modern Human Origins, and Complex Disease Mapping“. Annual Review of Genomics Human Genetics. 9: 403. doi:10.1146/annurev.genom.9.081307.164258. PMID 18593304. Посетено на 28 December 2023.
15. Campbell, Michael C.; Tishkoff, Sarah A. (2008). „AFRICAN GENETIC DIVERSITY: Implications for Human Demographic History, Modern Human Origins, and Complex Disease Mapping“. Annual Review of Genomics and Human Genetics. 9: 403–433. doi:10.1146/annurev.genom.9.081307.164258. ISSN 1527-8204. PMC 2953791. PMID 18593304.
16. „We are all mutants: First direct whole-genome measure of human mutation predicts 60 new mutations in each of us“. Science Daily. 13 June 2011. Посетено на 2011-09-05.
17. „Variation in genome-wide mutation rates within and between human families“. Nature Genetics. 43 (7): 712–4. June 2011. doi:10.1038/ng.862. PMC 3322360. PMID 21666693.
18. Ackermann, R. R.; Cheverud, J. M. (2004-12-16). „Detecting genetic drift versus selection in human evolution“. Proceedings of the National Academy of Sciences. 101 (52): 17946–17951. Bibcode:2004PNAS..10117946A. doi:10.1073/pnas.0405919102. ISSN 0027-8424. PMC 539739. PMID 15604148.
19. „Global genetic differentiation of complex traits shaped by natural selection in humans“. Nature Communications. 9 (1): 1865. May 2018. Bibcode:2018NatCo...9.1865G. doi:10.1038/s41467-018-04191-y. PMC 5951811. PMID 29760457.
20. „Global landscape of recent inferred Darwinian selection for Homo sapiens“. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (1): 135–40. January 2006. Bibcode:2006PNAS..103..135W. doi:10.1073/pnas.0509691102. PMC 1317879. PMID 16371466. By these criteria, 1.6% of Perlegen SNPs were found to exhibit the genetic architecture of selection.
21. „Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes“. Nature. 453 (7191): 56–64. May 2008. Bibcode:2008Natur.453...56K. doi:10.1038/nature06862. PMC 2424287. PMID 18451855.
22. „Clinical practice. Prenatal screening for aneuploidy“. The New England Journal of Medicine. 360 (24): 2556–62. June 2009. doi:10.1056/NEJMcp0900134. PMID 19516035.
23. „Genetic variation, classification and 'race'“. Nature Genetics. 36 (11 Suppl): S28–33. November 2004. doi:10.1038/ng1435. PMID 15508000.
24. „Implications of biogeography of human populations for 'race' and medicine“. Nature Genetics. 36 (11 Suppl): S21–7. November 2004. doi:10.1038/ng1438. PMID 15507999.
25. „Small insertions and deletions (INDELs) in human genomes“. Human Molecular Genetics. 19 (R2): R131–6. October 2010. doi:10.1093/hmg/ddq400. PMC 2953750. PMID 20858594.
26. NCBI (2017-05-08). „dbSNP's human build 150 has doubled the amount of RefSNP records!“. NCBI Insights. Посетено на 2017-05-16.
27. „A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation“. Genome Research. 8 (12): 1229–31. December 1998. doi:10.1101/gr.8.12.1229. PMID 9872978.
28. „Challenges in the association of human single nucleotide polymorphism mentions with unique database identifiers“. BMC Bioinformatics. 12 (Suppl 4): S4. 2011. doi:10.1186/1471-2105-12-S4-S4. PMC 3194196. PMID 21992066.
29. „Singleton SNPs in the human genome and implications for genome-wide association studies“. European Journal of Human Genetics. 16 (4): 506–15. April 2008. doi:10.1038/sj.ejhg.5201987. PMID 18197193.
30. Schork, Nicholas J, уред. (August 2008). „Genetic variation in an individual human exome“. PLOS Genetics. 4 (8): e1000160. doi:10.1371/journal.pgen.1000160. PMC 2493042. PMID 18704161.
31. „A new human genome sequence paves the way for individualized genomics“. PLOS Biology. 5 (10): e266. October 2007. doi:10.1371/journal.pbio.0050266. PMC 1964778. PMID 20076646.
32. „First Individual Diploid Human Genome Published By Researchers at J. Craig Venter Institute“. J. Craig Venter Institute. 3 September 2007. Архивирано од изворникот на 16 July 2011. Посетено на 2011-09-05.
33. „The diploid genome sequence of an individual human“. PLOS Biology. 5 (10): e254. September 2007. doi:10.1371/journal.pbio.0050254. PMC 1964779. PMID 17803354.
34. „Understanding Genetics: Human Health and the Genome“. The Tech Museum of Innovation. 24 January 2008. Архивирано од изворникот на 29 April 2012. Посетено на 2011-09-05.
35. „First Diploid Human Genome Sequence Shows We're Surprisingly Different“. Science Daily. 4 September 2007. Посетено на 2011-09-05.
36. „Copy number variation may stem from replication misstep“. EurekAlert!. 27 December 2007. Архивирано од изворникот на 2011-06-07. Посетено на 2011-09-05.
37. „A DNA replication mechanism for generating nonrecurrent rearrangements associated with genomic disorders“. Cell. 131 (7): 1235–47. December 2007. doi:10.1016/j.cell.2007.11.037. PMID 18160035.
38. „Global variation in copy number in the human genome“. Nature. 444 (7118): 444–54. November 2006. Bibcode:2006Natur.444..444R. doi:10.1038/nature05329. PMC 2669898. PMID 17122850.
39. „Gene copy number variation spanning 60 million years of human and primate evolution“. Genome Research. 17 (9): 1266–77. September 2007. doi:10.1101/gr.6557307. PMC 1950895. PMID 17666543.
40. „The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains“. Nature. 505 (7481): 43–9. January 2014. Bibcode:2014Natur.505...43P. doi:10.1038/nature12886. PMC 4031459. PMID 24352235.
41. Pratas D, Hosseini M, Silva R, Pinho A, Ferreira P (20–23 June 2017). „Visualization of Distinct DNA Regions of the Modern Human Relatively to a Neanderthal Genome“. Pattern Recognition and Image Analysis. Lecture Notes in Computer Science. 10255. стр. 235–242. doi:10.1007/978-3-319-58838-4_26. ISBN 978-3-319-58837-7.
42. „Human Genetic Variation Fact Sheet“. National Institute of General Medical Sciences. 19 August 2011. Архивирано од изворникот на 16 September 2008. Посетено на 2011-09-05.
43. „Transgenerational epigenetic inheritance“. Current Biology. 13 (1): R6. January 2003. doi:10.1016/S0960-9822(02)01377-5. PMID 12526754.
44. King RC, Stansfield WD, Mulligan PK (2006). „Cline“. A dictionary of genetics (7th. изд.). Oxford University Press. ISBN 978-0195307610.
45. Begon M, Townsend CR, Harper JL (2006). Ecology: From individuals to ecosystems (4th. изд.). Wiley-Blackwell. стр. 10. ISBN 978-1405111171.
46. „Haplogroup“. DNA-Newbie Glossary. International Society of Genetic Genealogy. Посетено на 2012-09-05.
47. „The descent of man Chapter 6 – On the Affinities and Genealogy of Man“. Darwin-online.org.uk. Посетено на 11 January 2011. In each great region of the world the living mammals are closely related to the extinct species of the same region. It is, therefore, probable that Africa was formerly inhabited by extinct apes closely allied to the gorilla and chimpanzee; and as these two species are now man's nearest allies, it is somewhat more probable that our early progenitors lived on the African continent than elsewhere. But it is useless to speculate on this subject, for an ape nearly as large as a man, namely the Dryopithecus of Lartet, which was closely allied to the anthropomorphous Hylobates, existed in Europe during the Upper Miocene period; and since so remote a period the earth has certainly undergone many great revolutions, and there has been ample time for migration on the largest scale.
48. Underhill PA, Shen P, Lin AA, Jin L, Passarino G, Yang WH, и др. (November 2000). „Y chromosome sequence variation and the history of human populations“. Nature Genetics. 26 (3): 358–61. doi:10.1038/81685. PMID 11062480. S2CID 12893406.
49. „New Research Proves Single Origin of Humans in Africa“. Science Daily. 19 July 2007. Посетено на 2011-09-05.
50. Manica A, Amos W, Balloux F, Hanihara T (July 2007). „The effect of ancient population bottlenecks on human phenotypic variation“. Nature. 448 (7151): 346–8. Bibcode:2007Natur.448..346M. doi:10.1038/nature05951. PMC 1978547. PMID 17637668.
51. „The genetic structure and history of Africans and African Americans“ (PDF). Science. 324 (5930): 1035–44. May 2009. Bibcode:2009Sci...324.1035T. doi:10.1126/science.1172257. PMC 2947357. PMID 19407144. We incorporated geographic data into a Bayesian clustering analysis, assuming no admixture (TESS software) (25) and distinguished six clusters within continental Africa (Fig. 5A). The most geographically widespread cluster (orange) extends from far Western Africa (the Mandinka) through central Africa to the Bantu speakers of South Africa (the Venda and Xhosa) and corresponds to the distribution of the Niger-Kordofanian language family, possibly reflecting the spread of Bantu-speaking populations from near the Nigerian/Cameroon highlands across eastern and southern Africa within the past 5000 to 3000 years (26,27). Another inferred cluster includes the Pygmy and SAK populations (green), with a noncontiguous geographic distribution in central and southeastern Africa, consistent with the STRUCTURE (Fig. 3) and phylogenetic analyses (Fig. 1). Another geographically contiguous cluster extends across northern Africa (blue) into Mali (the Dogon), Ethiopia, and northern Kenya. With the exception of the Dogon, these populations speak an Afroasiatic language. Chadic-speaking and Nilo-Saharan–speaking populations from Nigeria, Cameroon, and central Chad, as well as several Nilo-Saharan–speaking populations from southern Sudan, constitute another cluster (red). Nilo-Saharan and Cushitic speakers from the Sudan, Kenya, and Tanzania, as well as some of the Bantu speakers from Kenya, Tanzania, and Rwanda (Hutu/Tutsi), constitute another cluster (purple), reflecting linguistic evidence for gene flow among these populations over the past ~5000 years (28,29). Finally, the Hadza are the sole constituents of a sixth cluster (yellow), consistent with their distinctive genetic structure identified by PCA and STRUCTURE.
52. „Tales of Human Migration, Admixture, and Selection in Africa“. Annual Review of Genomics and Human Genetics. 19: 405–428. August 2018. doi:10.1146/annurev-genom-083117-021759. PMID 29727585. Посетено на 28 May 2018.
53. Zimmer, Carl (17 May 2023). „Study Offers New Twist in How the First Humans Evolved – A new genetic analysis of 290 people suggests that humans emerged at various times and places in Africa“. The New York Times. Архивирано од изворникот на 17 May 2023. Посетено на 18 May 2023.
54. Ragsdale,vAaron P.; и др. (17 May 2023). „A weakly structured stem for human origins in Africa“. Nature. 167 (7962): 755–763. Bibcode:2023Natur.617..755R. doi:10.1038/s41586-023-06055-y. PMC 10208968 . PMID 37198480 .
55. Li, Hui; Cho, Kelly; Kidd, J.; Kidd, K. (2009). „Genetic landscape of Eurasia and "admixture" in Uyghurs“. American Journal of Human Genetics. 85 (6): 934–937. doi:10.1016/j.ajhg.2009.10.024. PMC 2790568. PMID 20004770.
56. „The structure of haplotype blocks in the human genome“. Science. 296 (5576): 2225–9. June 2002. Bibcode:2002Sci...296.2225G. doi:10.1126/science.1069424. PMID 12029063.
57. Lewontin, Richard C. (1972). „The Apportionment of Human Diversity“. Во Theodosius Dobzhansky; Max K. Hecht; William C. Steere (уред.). Evolutionary Biology. 6. New York: Appleton–Century–Crofts. стр. 381–97. doi:10.1007/978-1-4684-9063-3_14. ISBN 978-1-4684-9065-7.
58. „Human population genetic structure and inference of group membership“. American Journal of Human Genetics. 72 (3): 578–89. March 2003. doi:10.1086/368061. PMC 1180234. PMID 12557124.
59. „New Research Proves Single Origin of Humans in Africa“. Science Daily. 19 July 2007. Посетено на 2011-09-05.
60. Manica, Andrea, William Amos, François Balloux, and Tsunehiko Hanihara. "The Effect of Ancient Population Bottlenecks on Human Phenotypic Variation". Nature 448, no. 7151 (July 2007): 346–48. doi:10.1038/nature05951.
61. Jablonski, Nina G. (10 January 2014). „The Biological and Social Meaning of Skin Color“. Living Color: The Biological and Social Meaning of Skin Color. University of California Press. ISBN 978-0-520-28386-2. JSTOR 10.1525/j.ctt1pn64b.
62. „Genetic Control of Chromatin States in Humans Involves Local and Distal Chromosomal Interactions“. Cell. 162 (5): 1051–65. August 2015. doi:10.1016/j.cell.2015.07.048. PMC 4556133. PMID 26300125.
63. „Integrative analysis of RNA, translation, and protein levels reveals distinct regulatory variation across humans“. Genome Research. 25 (11): 1610–21. November 2015. doi:10.1101/gr.193342.115. PMC 4617958. PMID 26297486.
64. „Variation and genetic control of protein abundance in humans“. Nature. 499 (7456): 79–82. July 2013. Bibcode:2013Natur.499...79W. doi:10.1038/nature12223. PMC 3789121. PMID 23676674.
65. „Ethnicity tied to gene expression“. The Scientist. 9 January 2007. Архивирано од изворникот на 8 May 2015. Посетено на 2011-09-05.
66. „Common genetic variants account for differences in gene expression among ethnic groups“. Nature Genetics. 39 (2): 226–31. February 2007. doi:10.1038/ng1955. PMC 3005333. PMID 17206142.
67. „Ethnic Differences Traced to Variable Gene Expression“. Scientific American. 9 January 2007. Посетено на 2011-09-05.
68. „Genetic expression speaks as loudly as gene type“. Nature News. 2007. doi:10.1038/news070101-8.
69. „Variable gene expression seen in different ethnic groups“. BioNews.org. 15 January 2007. Архивирано од изворникот на 26 March 2016. Посетено на 2011-09-05.
70. „Differences of gene expression between human populations“. Anthropology.net. 28 February 2008. Архивирано од изворникот на 30 September 2011. Посетено на 2011-09-05.
71. „Gene-expression variation within and among human populations“. American Journal of Human Genetics. 80 (3): 502–9. March 2007. doi:10.1086/512017. PMC 1821107. PMID 17273971.
72. Graves, Joseph L. (2006). „What We Know and What We Don't Know: Human Genetic Variation and the Social Construction of Race“. Is Race "Real"?. Social Science Research Council. Архивирано од изворникот на 2019-06-03. Посетено на 2011-01-22.
73. „Conceptualizing human variation“. Nature Genetics. 36 (11 Suppl): S17–20. November 2004. doi:10.1038/ng1455. PMID 15507998.
74. Hawks, John (2013). Significance of Neandertal and Denisovan Genomes in Human Evolution. Annual Review of Anthropology. 42. Annual Reviews. стр. 433–49. doi:10.1146/annurev-anthro-092412-155548. ISBN 978-0-8243-1942-7.
75. Wright, Sewall (1978). Evolution and the Genetics of Populations. 4, Variability Within and Among Natural Populations. Chicago, Illinois: Univ. Chicago Press. стр. 438.
76. „Human genetic diversity and the nonexistence of biological races“. Human Biology. 75 (4): 449–71. August 2003. doi:10.1353/hub.2003.0058. PMID 14655871.
77. Harris, Kelley; Nielsen, Rasmus (June 2016). „The Genetic Cost of Neanderthal Introgression“. Genetics. 203 (2): 881–891. doi:10.1534/genetics.116.186890. ISSN 0016-6731. PMC 4896200. PMID 27038113.
78. Wall, Jeffrey D.; Yang, Melinda A.; Jay, Flora; Kim, Sung K.; Durand, Eric Y.; Stevison, Laurie S.; Gignoux, Christopher; Woerner, August; Hammer, Michael F. (May 2013). „Higher Levels of Neanderthal Ancestry in East Asians than in Europeans“. Genetics. 194 (1): 199–209. doi:10.1534/genetics.112.148213. ISSN 0016-6731. PMC 3632468. PMID 23410836.
79. „Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia“. Nature. 468 (7327): 1053–60. December 2010. Bibcode:2010Natur.468.1053R. doi:10.1038/nature09710. PMC 4306417. PMID 21179161.
80. „Higher levels of neanderthal ancestry in East Asians than in Europeans“. Genetics. 194 (1): 199–209. May 2013. doi:10.1534/genetics.112.148213. PMC 3632468. PMID 23410836.
81. „Genetic evidence for archaic admixture in Africa“. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (37): 15123–8. September 2011. Bibcode:2011PNAS..10815123H. doi:10.1073/pnas.1109300108. PMC 3174671. PMID 21896735.
82. „Recovering signals of ghost archaic introgression in African populations“. Science Advances. 6 (7): eaax5097. February 2020. Bibcode:2020SciA....6.5097D. doi:10.1126/sciadv.aax5097. PMC 7015685. PMID 32095519.
83. „A variant-centric perspective on geographic patterns of human allele frequency variation“. eLife. 9. 2020. doi:10.7554/eLife.60107. PMC 7755386 . PMID 33350384 .
84. „Insights into human genetic variation and population history from 929 diverse genomes“. Science. 367 (6484). 2020. doi:10.1126/science.aay5012. PMC 7115999. PMID 32193295.
85. Albers, Patrick K.; McVean, Gil (2018-09-13). „Dating genomic variants and shared ancestry in population-scale sequencing data“. bioRxiv (англиски). 18 (1): 416610. doi:10.1101/416610. PMC 6992231. PMID 31951611.
86. Schierup, Mikkel H., уред. (June 2009). „The role of geography in human adaptation“. PLOS Genetics. 5 (6): e1000500. doi:10.1371/journal.pgen.1000500. PMC 2685456. PMID 19503611. See also: Brown, David (22 June 2009). „Among Many Peoples, Little Genomic Variety“. The Washington Post. Посетено на 25 June 2009.. „Geography And History Shape Genetic Differences in Humans“. Science Daily. 7 June 2009. Посетено на 25 June 2009..
87. „Colloquium paper: human adaptations to diet, subsistence, and ecoregion are due to subtle shifts in allele frequency“. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (Suppl 2): 8924–30. May 2010. Bibcode:2010PNAS..107.8924H. doi:10.1073/pnas.0914625107. PMC 3024024. PMID 20445095.
88. „Detecting Genomic Signatures of Natural Selection with Principal Component Analysis: Application to the 1000 Genomes Data“. Molecular Biology and Evolution. 33 (4): 1082–93. April 2016. arXiv:1504.04543. doi:10.1093/molbev/msv334. PMC 4776707. PMID 26715629.
89. Cunha, Eugénia; Ubelaker, Douglas H. (2019-12-23). „Evaluation of ancestry from human skeletal remains: a concise review“. Forensic Sciences Research. 5 (2): 89–97. doi:10.1080/20961790.2019.1697060. ISSN 2096-1790. PMC 7476619. PMID 32939424.
90. Thomas, Richard M.; Parks, Connie L.; Richard, Adam H. (July 2017). „Accuracy Rates of Ancestry Estimation by Forensic Anthropologists Using Identified Forensic Cases“. Journal of Forensic Sciences. 62 (4): 971–974. doi:10.1111/1556-4029.13361. ISSN 1556-4029. PMID 28133721.
91. „Admixture mapping comes of age“. Annual Review of Genomics and Human Genetics. 11: 65–89. 2010. doi:10.1146/annurev-genom-082509-141523. PMC 7454031. PMID 20594047.
92. „Genome-wide patterns of population structure and admixture in West Africans and African Americans“. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (2): 786–91. January 2010. Bibcode:2010PNAS..107..786B. doi:10.1073/pnas.0909559107. PMC 2818934. PMID 20080753.
93. „The admixture structure and genetic variation of the archipelago of Cape Verde and its implications for admixture mapping studies“. PLOS ONE. 7 (11): e51103. 2012. Bibcode:2012PLoSO...751103B. doi:10.1371/journal.pone.0051103. PMC 3511383. PMID 23226471.
94. „Categorization of humans in biomedical research: genes, race and disease“. Genome Biology. 3 (7): comment2007. July 2002. doi:10.1186/gb-2002-3-7-comment2007. PMC 139378. PMID 12184798.
95. „Personalized medicine and human genetic diversity“. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine. 4 (9): a008581. July 2014. doi:10.1101/cshperspect.a008581. PMC 4143101. PMID 25059740.
96. „Analysis of CCR5Delta32 geographic distribution and its correlation with some climatic and geographic factors“. Human Heredity. 53 (1): 49–54. 2002. doi:10.1159/000048605. PMID 11901272.
97. „Patterns of human genetic diversity: implications for human evolutionary history and disease“. Annual Review of Genomics and Human Genetics. 4 (1): 293–340. 2003. doi:10.1146/annurev.genom.4.070802.110226. PMID 14527305.
98. „Genetic structure, self-identified race/ethnicity, and confounding in case-control association studies“. American Journal of Human Genetics. 76 (2): 268–75. February 2005. doi:10.1086/427888. PMC 1196372. PMID 15625622.
99. „Genetic structure of human populations“. Science. 298 (5602): 2381–5. December 2002. Bibcode:2002Sci...298.2381R. doi:10.1126/science.1078311. PMID 12493913.
100. Interpreting polygenic scores, polygenic adaptation, and human phenotypic differences

Надворешни врски

• Општество за варијации на човечки геном