കൊടുങ്ങല്ലൂർ രാജകുടുംബം പടിഞ്ഞാറ്റേടത്തുസ്വരൂപം എന്ന് അറിയപ്പെട്ടിരുന്നു. കേരളത്തിലെ മറ്റു പല രാജകുടുംബങ്ങളിലെയും പോലെ മരുമക്കത്തായ രീതിക്കാരാണിവർ. കുടുംബത്തിലെ സ്ത്രീകളുടെ കുട്ടികളെ മാത്രമേ കുടുംബത്തിലേതെന്നു പറയാറുള്ളൂ. 1739 പൊതുവർഷത്തിൽ കുടുംബത്തിൽ സ്ത്രീപ്രജകളില്ലാതായ അവസ്ഥയിൽ അയിരൂർ ശാർക്കര കുഴിക്കാട്ട് കോവിലകത്തു നിന്നും രണ്ടു പെൺകുട്ടികളെ ദത്തെടുത്തു. ഇപ്പോഴുള്ള കുടുംബാംഗങ്ങളെല്ലാവരും ആ പെൺകുട്ടികളുടെ സന്തതിപരമ്പരയാണ്. അമ്മവഴിക്ക് ഇവർ വളരെ പണ്ട് കാലം തൊട്ടേ അയിരൂർ ശാർക്കര വംശജരാണ്. ഈ വംശത്തിന്റെ ഉത്ഭവത്തെ കുറിച്ച് വ്യക്തമായ അറിവില്ല.
കോവിലകത്തിന്റെ കുലദേവത തൃക്കുലശേഖരപുരം ശ്രീകൃഷ്ണനും പരദേവത കൊടുങ്ങല്ലൂർ ഭഗവതിയുമാണ്. കുടുംബത്തിലെ ഏറ്റവും മുതിർന്ന പുരുഷനെ വലിയതമ്പുരാൻ എന്നും ഏറ്റവും മുതിർന്ന സ്ത്രീയെ വലിയ തമ്പുരാട്ടി എന്നും വിളിക്കുന്നു. ഈ രാജവംശത്തിന്റെ അരിയിട്ടുവാഴ്ച തൃക്കുലശേഖരപുരം ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രത്തിലായിരുന്നു.
ഇന്ന് കൊടുങ്ങല്ലൂർ കോവിലകം രണ്ട് ശാഖകളിൽ വ്യാപിച്ച് കിടക്കുന്നു - പുത്തൻ കോവിലകം, ചിറയ്ക്കൽ കോവിലകം. വെള്ളാങ്ങല്ലൂർ കോവിലകം, പൂഞ്ഞാർ കോവിലകം, പാലപ്പെട്ടി കോവിലകം, എഴുമറ്റൂർ കോവിലകം എന്നീ കോവിലകങ്ങളും കൊടുങ്ങല്ലൂർ കോവിലകവും അമ്മവഴിക്ക് ബന്ധമുള്ളവരാണ്.
കൊടുങ്ങല്ലൂർ കോവിലകത്തെ പഠിക്കുവാൻ നാനാദേശത്ത് നിന്നും ആളുകൾ വന്നിരുന്നു. അതിനാൽ ഈ കൊടുങ്ങല്ലൂർ കളരി എന്നും ഗുരുകുലം എന്നും അറിയപ്പെട്ടിരുന്നു.
അമ്മന്നൂർ മാധവചാക്യാരും പട്ടിക്കാം തൊടി രാവുണ്ണി മേനോനും കഥകളി കൂടിയാട്ടം എന്നിവയിലെ രസാഭിനയം പഠിച്ചത്[1] ഇവിടെ നിന്നായിരുന്നു. പണ്ഡിറ്റ് കറുപ്പന്റെ ഹൈസ്ക്കൂൾ വിദ്യാഭ്യാസവും ഇവിടെ ആയിരുന്നു[2]. മാണി മാധവ ചാക്യാർ തനിക്കു ലഭിച്ച ഏറ്റവും വലിയ പുരസ്കാരമായി കരുതിപ്പോന്ന മുദ്രമോതിരം ഈ ഗുരുകുലത്തിനെ ഭട്ടൻ തമ്പുരാൻ നല്കിയതാണ്. പ്രശസ്തമാന്ത്രികനായിരുന്ന വാഴക്കുന്നം നീലകണ്ഠൻ നമ്പൂതിരിപ്പാട് മാതംഗലീല പഠിച്ചതും ഇവിടെ ആയിരുന്നുവത്രെ[3]
ഈ ഗുരുകുലത്തിലെ പ്രധാന അംഗങ്ങൾ :