जाफना विद्यापीठ (तमिळ: யாழ்ப்பாணப் பல்கலைக்கழகம், सिंहल: යාපනය විශ්වවිද්යාලය) श्रीलंकेच्या जाफना शहरातील सरकारी विद्यापीठ आहे. याची स्थापना १९७४मध्ये श्रीलंका विद्यापीठाचा भाग म्हणून केली गेली होती. १९७९मध्ये यास स्वतंत्र विद्यापीठाचा दर्जा दिला गेला. येथे शेतकी, शास्त्र, कला, व्यापार, अभियांत्रिकी, अनुस्नातक शिक्षण, व्यवस्थापन शिक्षण तसेच वैद्यकीय हे नऊ विभागांतून उच्चशिक्षण दिले जाते.
या विद्यापीठाचे तिरुनलवेली आणि वरूनिया हे दोन प्रभाग आहेत. याशिवाय किलिनोच्ची, कैताडी आणि मरुतनरमडम येथे विद्यालयेही आहेत.
या विद्यापीठाच्या आवारात लपलेल्या एल.टी.टी.ई.च्या नेत्यांना पकडण्यासाठी १२ ऑक्टोबर, इ.स. १९८८ रोजी भारतीय शांतिसेनेने छापा घातला. याचा आधीच सुगावा लागल्याने दबा धरून बसलेल्या शत्रूच्या कचाट्यात सापडून भारतीय पथकाचे अतोनात नुकसान झाले.