Tiada perlawanan peringkat kumpulan dalam kejohanan kali ini, pasukan akan terus bermain dalam peringkat kalah mati. Kesemua perlawanan peringkat kalah mati iatu pusingan 16, suku akhir dan separuh akhir akan dimainkan di tempat sendiri dan tempat lawan dan perlawanan akhir akan dimainkan satu perlawanan tunggal di venue berkecuali. Bermula edisi sebelumnya, MFL memutuskan untuk tidak lagi menggunakan sistem peraturan gol tempat lawan di peringkat kalah mati untuk pusingan 16, suku akhir dan separuh akhir,[1] jika pasukan terikat pada agregat di masa biasa, masa tambahan dan penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika perlu.
Majlis undian telah diadakan pada 15 Jun 2023, jam 19:45 (MST) yang disiarkan secara langsung di Astro Arena (801), Astro Arena Bola (803), Astro Go dan YouTube Astro Arena. Balang A akan diisi oleh lapan pasukan teratas Liga Super, seterusnya layak secara automatik tanpa diundi mengikut kedudukan liga. Balang B diisi oleh enam pasukan tercorot Liga Super termasuk 2 pasukan teratas Liga M3.[perlu rujukan] Pasukan yang berada dalam Balang A akan menjadi tuan rumah perlawanan kedua pusingan 16.
Dalam fasa kalah mati, pasukan bermain menentang satu sama lain melalui perlawanan timbal balik di tempat sendiri dan tempat lawan, kecuali perlawanan akhir. Peraturan gol tempat lawan di peringkat kalah mati (pusingan 16, suku akhir dan separuh akhir) tidak akan digunakan, sekiranya pasukan terikat pada agregat di masa biasa, masa tambahan dan penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika perlu.
Perlawanan pusingan 16 pertama dimainkan pada 3, 4 & 5 Ogos 2023, dan perlawanan pusingan 16 kedua dimainkan pada 18, 19 & 20 Ogos 2023. Pasukan yang kalah di pusingan 16 akan bermain di Piala Cabaran Malaysia 2023.