Sejarah Balochistan bermula dari tapak penerokaan pertanian terawal yang diketahui di Penara Iran yang bersempadanan dengan Asia Selatan, di Mehrgarh bertarikh 6500 SM. Balochistan di Pakistan secocok dengan wilayah Achaemenid purba di Gedrosia. Balochistan didiami oleh pelbagai kaum, berkemungkinan kaum yang berasal dari Dravidian dan India-Iran, selama berkurun-kurun ekoran kejatuhan tamadun Harappa-Mohenjo-daro yang terletak berdekatan ke arah timur. Setelah beberapa lama, Balochistan telah diserang oleh pelbagai kumpulan-kumpulan Eurasian termasuk Aryan, Parsi, Greek, Kushan, Arab, Turki, Mongol, Mughal, Afghanistan, dan British. Serangan Aryan telah menyebabkan kehilangan Elamo-Dravidian[1] kecuali Brahui yang mungkin tiba kemudian, begitu juga dengan Balochis. Kaum Balochis mula tiba daripada tanahair mereka di utara Iran dan jumlah mereka mula melebihi puak-puak Kurdi yang menduduki bahagian barat Penara Iran.
Di wilayah Baluchistan, Pakistan sekarang, pada kurun ke-7 dibahagikan kepada 2 kawasan utama, bahagian Barat Daya adalah wilayah Kermān yang merupakan sebahagian daripada Empayar Parsi manakala bahagian Timur Laut pula merupakan sebahagian wilayah Parsi, Sistan. Kawasan selatan adalah termasuk dalam Makran. Pada awal 644, Khalifah Umar telah menghantar Suhail ibn Adi dari Busra untuk menakluk wilayah Kerman, Iran; dan beliau kemudian menjadi gabenor Kerman. Dari Kerman, beliau menuju ke barat Baluchistan dan menawan kawasan berdekatan barisan hadapan Parsi.[2] bahagian barat daya Baluchistan telah ditawan semasa kempen Sistan pada tahun yang sama.
Semasa pemerintahan Khalifah Uthman pada 652, Baluchistan telah ditawan semula dalam kempen menentang pemberontakan di Kerman, di bawah arahan Majasha ibn Masood, ia merupakan kali pertama barat Baluchistan telah diperintah secara terus di bawah undang-undang khalifah dan memberi ufti dalam bentuk hasil pertanian.[3]Pada masa itu, barat Baluchistan adalah di bawah kekuasaan Kerman. Pada 654, Abdulrehman ibn Samrah menjadi gabenor Sistan, di bawah arahan beliau tentera Islam untuk menghapuskan pemberontakan di Zarang, yang mana sekarang terletak di selatan Afghanistan. Setelah menawan Zarang, satu pasukan ini bergerak ke utara bagi menakluk kawasan sehingga ke Kabul dan Ghazni di pergunungan Hindu Kush, sementara satu pasukan tentera yang lain bergerak ke arah barat laut Baluchistan dan berjaya menawan kawasan sehingga ke kota purba Dawar dan Qandabil (Bolan),[4] sehingga tahun 654, seluruh (kini merupakan wilayah Baluchistan di Pakistan) telah berada di bawah pemerintahan Khalifah Rashidun kecuali bandar gunung, QaiQan (kini Kalat) yang mempunyai pertahanan yang kukuh, yang mana telah ditakluk semasa pemerintahan Khalifah Ali. [5] Abdulrehman ibn Samrah menjadikan Zaranj sebagai ibu kota wilayahnya dan kekal menjadi gabenor di sini dari 654 hingga 656, sehinggalah Khalifah Uthman dibunuh.
Semasa pemerintahan Khalifah Ali bin Abi Talib, kawasan-kawasan Baluchistan, Makran sekali lagi memberontak. Oleh kerana perang saudara berlaku di dalam empayar Islam. Khalifah Ali tidak dapat menangani kawasan ini sehingga tahun 660 apabila baginda menghantar satu pasukan tentera di bawah arahan Haris ibn Marah Abdi ke arah Makran, Baluchistan dan Sind. Haris ibn Marah Abdi tiba di Makran dan telah berjaya menawannya dengan ketenteraan. Angkatan tentera ini kemudian bergerak ke arah utara iaitu ke arah timur laut Baluchistan dan menawan kembali Qandabil (Bolan). Selepas itu begerak ke arah selatan dan akhirnya menawan Qaiqan (Kalat) selepas berlaku pertempuran sengit[6]. Pada 663, semasa pemerintahan Khalifah Umayyad Muawiyah I, empayar Islam telah kehilangan kawalan ke atas bahagian timur laut Baluchistan dan Kalat apabila Haris ibn Marah dan sejumlah besar tentera terkorban dalam peperangan menentang pemberontakan di Kalat.[7] Tentera Islam kemudian menguasai kembali kawalan di kawasan ini semasa pemerintahan Umayyad. Ia kekal sebahagian daripada empayar Khalifah Abbasiyah.
Berlawanan dengan bukti-bukti lisan dan sejarah, kebanyakan rakyat Balochistan percaya bahawa mereka adalah berasal dari Semitik dan bukannya Iran. Balochistan mendakwa mereka telah meninggalkan Aleppo di Syria pada kira-kira dalam milenia pertama dan berhijrah ke Balochistan,[8] on the other hand it is considered more likely they are an Iranian group who have possibly absorbed some Arab ancestry and cultural traits instead, adalah juga dipercayai bahawa kaum Baloch mempunyai berketurunan Arab, dan kemungkinan mereka telah meninggalkan tanah Arab apabila Iraq berpecah daripada Parsi pada 652 SM dan terdapat bukti-bukti sejarah yang mengaitkan mereka telah mendiami (Khuzestan) dan (Bushehr) sebelum berpindah ke Kerman dan Hormozgan. Pada kurun ke-15, Mir Chakar Khan Rind telah menjadi raja pertama di Baluchistan. Balochistan selepas itu telah dikuasi oleh empayar-empayar yang berpangkalan di Iran dan Afghanistan termasuk juga Empayar Mughal yang berasal dari India. Ahmed Shah Durrani telah mengilhakkan kawasan ini sebagai sebahagian daripada Afghanistan "Raya". Kawasan ini akhirnya kembali dalam kawalan kaum Balochi tempatan, walaubagaimanapun kawasan utara masih dikuasai oleh kaum Pashtun.
Semasa zaman Raj British, terdapat empat negeri-negeri beraja di Balochistan: Makran, Kharan, Las Bela dan Kalat. Pada 1876, Sir Robert Sandeman menandatangani perjanjian dengan Khan dari Kalat dan menjadikan wilayah-wilayah beliau - termasuk Kharan, Makran, dan Las Bela - di bawah pemerintahan tertinggi British. Selepas Perang Afghanistan II pada 1878-80, Perjanjian Gandamak telah ditandatangani pada Mei 1879, Emir Afghanistan telah menyerahkan daerah-daerah Quetta, Pishin,Sibi, Harnai, dan Thal Chotiali kepada British. Pada 1883, British telah menyewa Genting Bolan, di tenggara Quetta, daripada Khan Kalat secara kekal. Pada 1887, beberapa kawasan di Balochistan telah diistiharkan sebagai tanah jajahan British. Pada 1893, Sir Mortimer Durand telah berunding satu perjanjian dengan Amir Abdur Rahman Khan dari Afghanistan untuk menetapkan Garisan Durand yang bermula dari Chitral ke Balochistan sebagai sempadan di antara Afghanistan dan British.
Terdapat dua kejadian gempa bumi membinasakan yang berlaku di Balochistan semasa pemerintahan penjajah British: Gempa bumi Balochistan 1935 telah memusnahkan Quetta dan Gempa bumi Balochistan 1945, dengan pusat gempanya di kawasan Makran. Gempa ini juga telah dirasai oleh kawasan-kawasan lain di Asia Selatan.
Pada 15 Jun, 2006, dianggarkan seramai 600 orang pejuang, yang diketuai oleh tiga komander, bersetuju untuk meletak senjata setelah berunding dengan Shoaib Nausherwani, Menteri Hubungan Dalam Negeri Baluchistan, di daerah Dera Bugti.[9] Pada 26 Ogos, pemimpin puak Balochistan Nawab Akbar Khan Bugti telah terbunuh dalam serangan udara yang dilakukan oleh angkatan tentera Pakistan.[10]
Pada 1998 Pakistan telah menjalankan ujian nuklear di Ras Koh dan padang pasir Kharan, kedua-duanya di Wilayah Kharan di barat laut Balochistan. Selepas rampasan kuasa oleh Musharraf daripada kerajaan Nawaz Sharif, gerakan pemberontakan oleh puak pemisah muncul kembali.